seq1 = pF1KE1454.tfa, 1950 bp
seq2 = pF1KE1454/gi568815579f_54494440.tfa (gi568815579f:54494440_54736875), 242436 bp

>pF1KE1454 1950
>gi568815579f:54494440_54736875 (Chr19)

1-34  (136635-136668)   100% ->
35-70  (136832-136867)   100% ->
71-358  (137061-137348)   99% ->
359-661  (137496-137798)   100% ->
662-958  (138025-138321)   100% ->
959-1261  (138577-138879)   100% ->
1262-1312  (139199-139249)   100% ->
1313-1360  (139535-139582)   100% ->
1361-1483  (140202-140324)   100% ->
1484-1559  (140665-140740)   100% ->
1560-1597  (140820-140857)   100% ->
1598-1650  (141118-141170)   100% ->
1651-1806  (142058-142213)   100% ->
1807-1950  (142293-142436)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCCCCATCCTCACGGTCCTGATCTGTCTCG         GGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 136635 ATGACCCCCATCCTCACGGTCCTGATCTGTCTCGGTG...CAGGGCTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCTGGGCCCCCGGACCCACGTGCAGGCAG         GGCACCTCCCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 136839 TCTGGGCCCCCGGACCCACGTGCAGGCAGGTG...CAGGGCACCTCCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 AGCCCACCCTCTGGGCTGAACCAGGCTCTGTGATCACCCAGGGGAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137073 AGCCCACCCTCTGGGCTGAACCAGGCTCTGTGATCACCCAGGGGAGTCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTGACCCTCAGGTGTCAGGGGGGCCAGGAGACCCAGGAGTACCGTCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137123 GTGACCCTCAGGTGTCAGGGGGGCCAGGAGACCCAGGAGTACCGTCTATA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TAGAGAAAAGAAAACAGCACCCTGGATTACACGGATCCCACAGGAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137173 TAGAGAAAAGAAAACAGCACCCTGGATTACACGGATCCCACAGGAGCTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGAAGAAGGGCCAGTTCCCCATCCCATCCATCACCTGGGAACATGCAGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||
 137223 TGAAGAAGGGCCAGTTCCCCATCCCATCCATCACCTGGGAACACACAGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGGTATCGCTGTTACTATGGTAGCGACACTGCAGGCCGCTCAGAGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137273 CGGTATCGCTGTTACTATGGTAGCGACACTGCAGGCCGCTCAGAGAGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGACCCCCTGGAGCTGGTGGTGACAG         GAGCCTACATCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 137323 TGACCCCCTGGAGCTGGTGGTGACAGGTG...TAGGAGCCTACATCAAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCACCCTCTCAGCCCAGCCCAGCCCCGTGGTGAACTCAGGAGGGAATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137511 CCACCCTCTCAGCCCAGCCCAGCCCCGTGGTGAACTCAGGAGGGAATGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCCTCCAGTGTGACTCACAGGTGGCATTTGATGGCTTCATTCTGTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137561 ACCCTCCAGTGTGACTCACAGGTGGCATTTGATGGCTTCATTCTGTGTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGAAGGAGAAGATGAACACCCACAATGCCTGAACTCCCAGCCCCATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137611 GGAAGGAGAAGATGAACACCCACAATGCCTGAACTCCCAGCCCCATGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTGGGTCGTCCCGCGCCATCTTCTCCGTGGGCCCCGTGAGCCCGAGTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137661 GTGGGTCGTCCCGCGCCATCTTCTCCGTGGGCCCCGTGAGCCCGAGTCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGGTGGTGGTACAGGTGCTATGCTTATGACTCGAACTCTCCCTATGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137711 AGGTGGTGGTACAGGTGCTATGCTTATGACTCGAACTCTCCCTATGAGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTCTCTACCCAGTGATCTCCTGGAGCTCCTGGTCCTAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 137761 GTCTCTACCCAGTGATCTCCTGGAGCTCCTGGTCCTAGGTG...CAGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTTCTAAGAAGCCATCACTCTCAGTGCAGCCAGGTCCTATCGTGGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138028 TTTCTAAGAAGCCATCACTCTCAGTGCAGCCAGGTCCTATCGTGGCCCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GAGGAGACCCTGACTCTGCAGTGTGGCTCTGATGCTGGCTACAACAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138078 GAGGAGACCCTGACTCTGCAGTGTGGCTCTGATGCTGGCTACAACAGATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGTTCTGTATAAGGACGGGGAACGTGACTTCCTTCAGCTCGCTGGCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138128 TGTTCTGTATAAGGACGGGGAACGTGACTTCCTTCAGCTCGCTGGCGCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGCCCCAGGCTGGGCTCTCCCAGGCCAACTTCACCCTGGGCCCTGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138178 AGCCCCAGGCTGGGCTCTCCCAGGCCAACTTCACCCTGGGCCCTGTGAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CGCTCCTACGGGGGCCAGTACAGATGCTACGGTGCACACAACCTCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138228 CGCTCCTACGGGGGCCAGTACAGATGCTACGGTGCACACAACCTCTCCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CGAGTGGTCGGCCCCCAGCGACCCCCTGGACATCCTGATCGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 138278 CGAGTGGTCGGCCCCCAGCGACCCCCTGGACATCCTGATCGCAGGTG...

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    959    GACAGTTCTATGACAGAGTCTCCCTCTCGGTGCAGCCGGGCCCCACG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138574 CAGGACAGTTCTATGACAGAGTCTCCCTCTCGGTGCAGCCGGGCCCCACG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GTGGCCTCAGGAGAGAACGTGACCCTGCTGTGTCAGTCACAGGGATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138624 GTGGCCTCAGGAGAGAACGTGACCCTGCTGTGTCAGTCACAGGGATGGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GCAAACTTTCCTTCTGACCAAGGAGGGGGCAGCTGATGACCCATGGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138674 GCAAACTTTCCTTCTGACCAAGGAGGGGGCAGCTGATGACCCATGGCGTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TAAGATCAACGTACCAATCTCAAAAATACCAGGCTGAATTCCCCATGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138724 TAAGATCAACGTACCAATCTCAAAAATACCAGGCTGAATTCCCCATGGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CCTGTGACCTCAGCCCATGCGGGGACCTACAGGTGCTACGGCTCACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138774 CCTGTGACCTCAGCCCATGCGGGGACCTACAGGTGCTACGGCTCACAGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CTCCAAACCCTACCTGCTGACTCACCCCAGTGACCCCCTGGAGCTCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138824 CTCCAAACCCTACCTGCTGACTCACCCCAGTGACCCCCTGGAGCTCGTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TCTCAG         GACCGTCTGGGGGCCCCAGCTCCCCGACAACAGGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138874 TCTCAGGTG...CAGGACCGTCTGGGGGCCCCAGCTCCCCGACAACAGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CCCACCTCCACATCTG         GCCCTGAGGACCAGCCCCTCACCCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 139234 CCCACCTCCACATCTGGTG...CAGGCCCTGAGGACCAGCCCCTCACCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CACCGGGTCGGATCCCCAGAGTG         GTCTGGGAAGGCACCTGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 139560 CACCGGGTCGGATCCCCAGAGTGGTG...AAGGTCTGGGAAGGCACCTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GGGTTGTGATCGGCATCTTGGTGGCCGTCATCCTACTGCTCCTCCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140220 GGGTTGTGATCGGCATCTTGGTGGCCGTCATCCTACTGCTCCTCCTCCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CTCCTCCTCTTCCTCATCCTCCGACATCGACGTCAGGGCAAACACTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140270 CTCCTCCTCTTCCTCATCCTCCGACATCGACGTCAGGGCAAACACTGGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 ATCGA         CCCAGAGAAAGGCTGATTTCCAACATCCTGCAGGGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140320 ATCGAGTG...CAGCCCAGAGAAAGGCTGATTTCCAACATCCTGCAGGGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CTGTGGGGCCAGAGCCCACAGACAGAGGCCTGCAGTGGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 140701 CTGTGGGGCCAGAGCCCACAGACAGAGGCCTGCAGTGGAGGTA...CAGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 TCCAGCCCAGCTGCCGATGCCCAGGAAGAAAACCTCT         ATGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 140821 TCCAGCCCAGCTGCCGATGCCCAGGAAGAAAACCTCTGTG...CAGATGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TGCCGTGAAGCACACACAGCCTGAGGATGGGGTGGAGATGGACACTCGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 141122 TGCCGTGAAGCACACACAGCCTGAGGATGGGGTGGAGATGGACACTCGGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651         AGCCCACACGATGAAGACCCCCAGGCAGTGACGTATGCCGAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141172 TG...CAGAGCCCACACGATGAAGACCCCCAGGCAGTGACGTATGCCGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GTGAAACACTCCAGACCTAGGAGAGAAATGGCCTCTCCTCCTTCCCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142100 GTGAAACACTCCAGACCTAGGAGAGAAATGGCCTCTCCTCCTTCCCCACT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 GTCTGGGGAATTCCTGGACACAAAGGACAGACAGGCGGAAGAGGACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142150 GTCTGGGGAATTCCTGGACACAAAGGACAGACAGGCGGAAGAGGACAGGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 AGATGGACACTGAG         GCTGCTGCATCTGAAGCCCCCCAGGAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 142200 AGATGGACACTGAGGTG...CAGGCTGCTGCATCTGAAGCCCCCCAGGAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GTGACCTACGCCCAGCTGCACAGCTTGACCCTTAGACGGAAGGCAACTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
 142320 GTGACCTACGCCCAGCTGCACAGCTTGACCCTCAGACGGGAGGCAACTGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 GCCTCCTCCATCCCAGGAAGGGCCCTCTCCAGCTGTGCCCAGCATCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142370 GCCTCCTCCATCCCAGGAAGGGCCCTCTCCAGCTGTGCCCAGCATCTACG

   2050     .    :    .
   1934 CCACTCTGGCCATCCAC
        |||||||||||||||||
 142420 CCACTCTGGCCATCCAC