seq1 = pF1KE1445.tfa, 879 bp
seq2 = pF1KE1445/gi568815594r_109589333.tfa (gi568815594r:109589333_109803395), 214063 bp

>pF1KE1445 879
>gi568815594r:109589333_109803395 (Chr4)

(complement)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-83  (105054-105096)   100% ->
84-230  (105628-105774)   100% ->
231-307  (106910-106986)   100% ->
308-483  (108696-108871)   100% ->
484-643  (112387-112546)   100% ->
644-879  (113828-114063)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTCGGCCTCGGGGCTCCGCAGGGGGCACCCGGCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGAGCTCGGCCTCGGGGCTCCGCAGGGGGCACCCGGCAGGTA...TAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGGGGAAGAAAACATGACAGAAACAGATGCCTTCTATAAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 105055 TGGGGAAGAAAACATGACAGAAACAGATGCCTTCTATAAAAGGTA...CA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     84  AGAAATGTTTGATCCGGCAGAAAAGTACAAAATGGACCACAGGAGGAGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105627 GAGAAATGTTTGATCCGGCAGAAAAGTACAAAATGGACCACAGGAGGAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GGAATTGCTTTAATCTTCAATCATGAGAGGTTCTTTTGGCACTTAACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105677 GGAATTGCTTTAATCTTCAATCATGAGAGGTTCTTTTGGCACTTAACACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCCAGAAAGGCGGGGCACCTGCGCAGATAGAGACAATCTTACCCGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 105727 GCCAGAAAGGCGGGGCACCTGCGCAGATAGAGACAATCTTACCCGCAGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    231        GTTTTCAGATCTAGGATTTGAAGTGAAATGCTTTAATGATCTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105777 A...TAGGTTTTCAGATCTAGGATTTGAAGTGAAATGCTTTAATGATCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAAGCAGAAGAACTACTGCTCAAAATTCATGAGG         TGTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 106953 AAAGCAGAAGAACTACTGCTCAAAATTCATGAGGGTA...TAGTGTCAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGTTAGCCACGCAGATGCCGATTGCTTTGTGTGTGTCTTCCTGAGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108703 TGTTAGCCACGCAGATGCCGATTGCTTTGTGTGTGTCTTCCTGAGCCATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GCGAAGGCAATCACATTTATGCATATGATGCTAAAATCGAAATTCAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108753 GCGAAGGCAATCACATTTATGCATATGATGCTAAAATCGAAATTCAGACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTAACTGGCTTGTTCAAAGGAGACAAGTGTCACAGCCTGGTTGGAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108803 TTAACTGGCTTGTTCAAAGGAGACAAGTGTCACAGCCTGGTTGGAAAACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAAGATATTTATCATTCAG         GCATGTCGGGGAAACCAGCACG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 108853 CAAGATATTTATCATTCAGGTA...TAGGCATGTCGGGGAAACCAGCACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATGTGCCAGTCATTCCTTTGGATGTAGTAGATAATCAGACAGAGAAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112409 ATGTGCCAGTCATTCCTTTGGATGTAGTAGATAATCAGACAGAGAAGTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GACACCAACATAACTGAGGTGGATGCAGCCTCCGTTTACACGCTGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112459 GACACCAACATAACTGAGGTGGATGCAGCCTCCGTTTACACGCTGCCTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGGAGCTGACTTCCTCATGTGTTACTCTGTTGCAGAAG         GAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 112509 TGGAGCTGACTTCCTCATGTGTTACTCTGTTGCAGAAGGTG...TAGGAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATTATTCTCACCGGGAAACTGTGAACGGCTCATGGTACATTCAAGATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113831 ATTATTCTCACCGGGAAACTGTGAACGGCTCATGGTACATTCAAGATTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TGTGAGATGTTGGGAAAATATGGCTCCTCCTTAGAGTTCACAGAACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113881 TGTGAGATGTTGGGAAAATATGGCTCCTCCTTAGAGTTCACAGAACTCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CACACTGGTGAACAGGAAAGTTTCTCAGCGCCGAGTGGACTTTTGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113931 CACACTGGTGAACAGGAAAGTTTCTCAGCGCCGAGTGGACTTTTGCAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACCCAAGTGCAATTGGAAAGAAGCAGGTTCCCTGTTTTGCCTCAATGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113981 ACCCAAGTGCAATTGGAAAGAAGCAGGTTCCCTGTTTTGCCTCAATGCTA

    900     .    :    .    :    .    :
    847 ACTAAAAAGCTGCATTTCTTTCCAAAATCTAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 114031 ACTAAAAAGCTGCATTTCTTTCCAAAATCTAAT