seq1 = pF1KE1437.tfa, 3033 bp
seq2 = pF1KE1437/gi568815596f_172635984.tfa (gi568815596f:172635984_173151764), 515781 bp

>pF1KE1437 3033
>gi568815596f:172635984_173151764 (Chr2)

1-65  (100001-100065)   100% ->
66-208  (159042-159184)   100% ->
209-297  (161542-161630)   100% ->
298-444  (178296-178442)   100% ->
445-517  (281819-281891)   100% ->
518-537  (286298-286317)   100% ->
538-591  (324777-324830)   100% ->
592-698  (325139-325245)   100% ->
699-820  (329579-329700)   100% ->
821-1004  (331278-331461)   100% ->
1005-1089  (347513-347597)   100% ->
1090-1150  (349450-349510)   100% ->
1151-1227  (352213-352289)   100% ->
1228-1374  (352710-352856)   100% ->
1375-1490  (354827-354942)   100% ->
1491-1579  (360483-360571)   100% ->
1580-1653  (365283-365356)   100% ->
1654-1809  (378477-378631)   98% ->
1810-1898  (380366-380454)   100% ->
1899-1929  (381191-381221)   100% ->
1930-2008  (381443-381521)   100% ->
2009-2155  (382673-382819)   99% ->
2156-2253  (384635-384732)   98% ->
2254-2379  (390589-390714)   100% ->
2380-2558  (391098-391276)   100% ->
2559-2649  (394181-394271)   100% ->
2650-2700  (397931-397981)   100% ->
2701-2788  (400142-400229)   100% ->
2789-2853  (400645-400709)   100% ->
2854-2908  (412617-412671)   100% ->
2909-3033  (415657-415781)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCGCTGCGCACGCTGCCCATTCTTCCTCCTCTGCCGAGTGGATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTCGCTGCGCACGCTGCCCATTCTTCCTCCTCTGCCGAGTGGATCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCCTGGATAAAAG         ACCACTGGAGCGATCCAGCGAAGATG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGCCTGGATAAAAGGTA...CAGACCACTGGAGCGATCCAGCGAAGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGATATAATCTTCACTCGACTGAAAGAAGTTAAAGCTTTTGAGAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159068 TGGATATAATCTTCACTCGACTGAAAGAAGTTAAAGCTTTTGAGAAATTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CACCCAAATCTCCTTCATCAGATTTGCTTATGTGGTTATTATGAGAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159118 CACCCAAATCTCCTTCATCAGATTTGCTTATGTGGTTATTATGAGAATCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAAAAGGGAATAACAT         TATTTCGCCAGGGTGATATTGGAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 159168 GGAAAAGGGAATAACATGTA...CAGTATTTCGCCAGGGTGATATTGGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAAACTGGTATGCTGTCCTGGCAGGGTCTTTGGATGTTAAAGTATCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161566 CAAACTGGTATGCTGTCCTGGCAGGGTCTTTGGATGTTAAAGTATCTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACCAGCAGTCACCAG         GATGCTGTGACCATCTGTACCCTGGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 161616 ACCAGCAGTCACCAGGTA...CAGGATGCTGTGACCATCTGTACCCTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AATTGGGACGGCCTTTGGAGAGTCCATTCTGGACAACACACCCCGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178322 AATTGGGACGGCCTTTGGAGAGTCCATTCTGGACAACACACCCCGCCATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAACCATCGTTACCAGGGAGAGCAGTGAACTGCTCCGCATCGAGCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178372 CAACCATCGTTACCAGGGAGAGCAGTGAACTGCTCCGCATCGAGCAGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACTTCAAGGCACTATGGGAG         AAATATCGACAGTATATGGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 178422 GACTTCAAGGCACTATGGGAGGTG...CAGAAATATCGACAGTATATGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGGACTTCTGGCTCCTCCTTATGGTGTTATGGAAACGGGCTCTAACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281839 AGGACTTCTGGCTCCTCCTTATGGTGTTATGGAAACGGGCTCTAACAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACA         GGATTCCTGACAAGGAGAAC         ACACCTCTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 281889 ACAGTA...TAGGGATTCCTGACAAGGAGAACGTG...CAGACACCTCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ATTGAACCTCACGTTCCTCTTCGTCCTGCTAACACCATTACCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 324786 ATTGAACCTCACGTTCCTCTTCGTCCTGCTAACACCATTACCAAGGTA..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592     GTCCCTTCAGAGAAGATCCTCAGAGCTGGAAAAATTTTACGAAATG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324836 .CAGGTCCCTTCAGAGAAGATCCTCAGAGCTGGAAAAATTTTACGAAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CCATTCTCTCTCGAGCACCTCACATGATAAGAGATAGAAAATACCACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 325185 CCATTCTCTCTCGAGCACCTCACATGATAAGAGATAGAAAATACCACCTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AAGACATACAG         ACAATGCTGTGTGGGAACTGAACTGGTGGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 325235 AAGACATACAGGTA...TAGACAATGCTGTGTGGGAACTGAACTGGTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CTGGATGATGCAGCAGACACCATGTGTTCACTCCCGGACTCAAGCTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 329609 CTGGATGATGCAGCAGACACCATGTGTTCACTCCCGGACTCAAGCTGTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GCATGTGGCAAGTCCTGTTAGAAGATGGTGTTCTCAACCACG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 329659 GCATGTGGCAAGTCCTGTTAGAAGATGGTGTTCTCAACCACGGTA...TA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    821  TGGACCAGGAGCACCATTTCCAAGACAAATATTTATTCTATCGATTTCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 331277 GTGGACCAGGAGCACCATTTCCAAGACAAATATTTATTCTATCGATTTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GGATGATGAGCACGAGGATGCCCCTTTGCCTACTGAGGAGGAGAAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 331327 GGATGATGAGCACGAGGATGCCCCTTTGCCTACTGAGGAGGAGAAGAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AGTGTGATGAGGAGCTCCAGGACACCATGCTGCTGCTGTCACAGATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 331377 AGTGTGATGAGGAGCTCCAGGACACCATGCTGCTGCTGTCACAGATGGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CCCGACGCCCACATGAGGATGATCCTTCGCAAACC         ACCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 331427 CCCGACGCCCACATGAGGATGATCCTTCGCAAACCGTG...TAGACCTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CCAGAGGACTGTGGATGACCTAGAGATTATCTATGAGGAGCTTCTTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 347519 CCAGAGGACTGTGGATGACCTAGAGATTATCTATGAGGAGCTTCTTCATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TTAAAGCCTTATCCCATCTTTCTACCACA         GTGAAACGAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 347569 TTAAAGCCTTATCCCATCTTTCTACCACAGTA...TAGGTGAAACGAGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 TTAGCAGGTGTTCTCATTTTTGAGTCTCACGCCAAAGGAGGGACTGTGT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 349462 TTAGCAGGTGTTCTCATTTTTGAGTCTCACGCCAAAGGAGGGACTGTGTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151         TGTTTAACCAGGGGGAAGAAGGTACCTCCTGGTACATTATTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 349512 TA...TAGTGTTTAACCAGGGGGAAGAAGGTACCTCCTGGTACATTATTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TAAAAGGATCAGTGAATGTAGTCATTTACGGCAAG         GGTGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 352255 TAAAAGGATCAGTGAATGTAGTCATTTACGGCAAGGTA...CAGGGTGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 GTCTGCACCCTGCATGAAGGAGATGACTTCGGCAAGTTAGCACTAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 352716 GTCTGCACCCTGCATGAAGGAGATGACTTCGGCAAGTTAGCACTAGTGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 TGATGCCCCACGAGCTGCCTCTATCGTCTTACGAGAAGATAACTGCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 352766 TGATGCCCCACGAGCTGCCTCTATCGTCTTACGAGAAGATAACTGCCATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 TCTTAAGAGTAGACAAGGAGGATTTCAACCGGATCCTAAGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 352816 TCTTAAGAGTAGACAAGGAGGATTTCAACCGGATCCTAAGGGTG...CAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 GACGTGGAGGCGAATACAGTCAGACTTAAAGAACATGACCAAGATGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354827 GACGTGGAGGCGAATACAGTCAGACTTAAAGAACATGACCAAGATGTCTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 GGTGCTGGAGAAGGTCCCAGCAGGGAACAGAGCTTCTAATCAAGGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354877 GGTGCTGGAGAAGGTCCCAGCAGGGAACAGAGCTTCTAATCAAGGAAACT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 CACAGCCTCAGCAAAA         GTATACTGTGATGTCAGGAACACCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 354927 CACAGCCTCAGCAAAAGTA...CAGGTATACTGTGATGTCAGGAACACCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 GAAAAAATTTTAGAGCATTTTCTAGAAACAATACGCCTTGAGGCAACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 360508 GAAAAAATTTTAGAGCATTTTCTAGAAACAATACGCCTTGAGGCAACTTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 AAATGAAGCAACAG         ATTCTGTTTTAAATGACTTTATTATGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 360558 AAATGAAGCAACAGGTA...CAGATTCTGTTTTAAATGACTTTATTATGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 TGCACTGTGTTTTTATGCCAAATACCCAGCTTTGCCCGGCACTGGTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 365310 TGCACTGTGTTTTTATGCCAAATACCCAGCTTTGCCCGGCACTGGTGGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1654       GCCCACTACCACGCACAGCCTTCACAAGGTACAGAACAGGAGAA
        ...>>>|| |-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 365360 ...TCGGCAC CTACCACGCACAGCCTTCACAAGGTACAGAACAGGAGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 AATGGATTATGCCCTCAACAATAAGAGGCGAGTCATCCGCCTGGTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 378520 AATGGATTATGCCCTCAACAATAAGAGGCGAGTCATCCGCCTGGTTCTAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 AGTGGGCTGCCATGTATGGAGACCTCCTGCAAGAGGATGACGTGTCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 378570 AGTGGGCTGCCATGTATGGAGACCTCCTGCAAGAGGATGACGTGTCTATG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 GCCTTCCTGGAG         GAGTTTTATGTATCTGTATCAGATGATGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 378620 GCCTTCCTGGAGGTA...CAGGAGTTTTATGTATCTGTATCAGATGATGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839 CCGGATGATTGCTGCCCTCAAGGAGCAACTGCCAGAGTTGGAGAAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 380395 CCGGATGATTGCTGCCCTCAAGGAGCAACTGCCAGAGTTGGAGAAGATTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889 TCAAGCAAAT         CTCAGAAGATGCAAAGGCACCACAAAAGAAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 380445 TCAAGCAAATGTA...TAGCTCAGAAGATGCAAAGGCACCACAAAAGAAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930          CACAAGGTTCTTTTGCAACAGTTCAATACGGGCGATGAGAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 381222 GTA...CAGCACAAGGTTCTTTTGCAACAGTTCAATACGGGCGATGAGAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1971 AGCCCAGAAGCGCCAGCCTATCCGCGGCTCTGATGAAG         TTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 381484 AGCCCAGAAGCGCCAGCCTATCCGCGGCTCTGATGAAGGTG...TAGTTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2012 TGTTTAAGGTCTATTGCATGGACCCCACCTACACAACCATTCGGGTGCCA
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 382676 TGTTTAAGGTCTATTGCATGGACCACACCTACACAACCATTCGGGTGCCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2062 GTGGCCACTTCGGTGAAGGAAGTCATCAGTGCAGTTGCCGACAAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 382726 GTGGCCACTTCGGTGAAGGAAGTCATCAGTGCAGTTGCCGACAAGCTGGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2112 CTCCGGGGAGGGCCTGATCATAGTCAAGATGAGTTCCGGAGGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 382776 CTCCGGGGAGGGCCTGATCATAGTCAAGATGAGTTCCGGAGGAGGTA...

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2156    AAAAGGTGGTGCTCAAACCTAATGATGTTTCAGTATTTATGACGCTC
        >>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 384632 CAGAAAAGGTGGTGCTCAAACCTAATGATGTTTCAGTATTTACGACGCTC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2203 ACCATTAATGGACGCCTGTTTGCTTGCCCGCGAGAGCAATTCGATTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 384682 ACCATTAATGGACGCCTGTTTGCTTGCCCGCGAGAGCAATTCGATTCACT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2253 G         ACTCCCTTACCAGAACAGGAAGGCCCAACTGTTGGAACAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 384732 GGTA...TAGACTCCCTTACCAGAACAGGAAGGCCCAACTGTTGGAACAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2294 TGGGAACTTTTGAACTGATGAGCTCCAAAGATTTAGCATACCAGATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 390629 TGGGAACTTTTGAACTGATGAGCTCCAAAGATTTAGCATACCAGATGACA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2344 ATTTATGATTGGGAACTCTTCAACTGCGTGCATGAG         CTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 390679 ATTTATGATTGGGAACTCTTCAACTGCGTGCATGAGGTA...TAGCTGGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2385 GCTAATCTATCACACATTTGGAAGGCATAATTTTAAAAAGACCACAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 391103 GCTAATCTATCACACATTTGGAAGGCATAATTTTAAAAAGACCACAGCAA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2435 ACTTGGATTTGTTCCTGAGGAGATTTAATGAAATTCAGTTTTGGGTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 391153 ACTTGGATTTGTTCCTGAGGAGATTTAATGAAATTCAGTTTTGGGTCGTC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2485 ACTGAGATCTGCCTTTGTTCTCAGCTCAGCAAGCGTGTTCAGCTATTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 391203 ACTGAGATCTGCCTTTGTTCTCAGCTCAGCAAGCGTGTTCAGCTATTAAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2535 AAAATTTATTAAGATAGCAGCCCA         CTGTAAGGAGTATAAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 391253 AAAATTTATTAAGATAGCAGCCCAGTA...CAGCTGTAAGGAGTATAAAA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2576 ATCTGAATTCCTTTTTTGCCATCGTCATGGGACTAAGTAACGTTGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 394198 ATCTGAATTCCTTTTTTGCCATCGTCATGGGACTAAGTAACGTTGCTGTG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2626 AGCCGCTTGGCACTAACGTGGGAG         AAACTGCCAAGCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 394248 AGCCGCTTGGCACTAACGTGGGAGGTA...CAGAAACTGCCAAGCAAGTT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2667 CAAGAAGTTCTATGCGGAGTTTGAAAGTTTAATG         GACCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 397948 CAAGAAGTTCTATGCGGAGTTTGAAAGTTTAATGGTA...AAGGACCCTT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2708 CAAGGAACCACAGGGCCTACAGGCTGACAGTAGCTAAGCTGGAACCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 400149 CAAGGAACCACAGGGCCTACAGGCTGACAGTAGCTAAGCTGGAACCTCCT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2758 CTCATCCCCTTCATGCCTTTGCTCATTAAAG         ATATGACATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 400199 CTCATCCCCTTCATGCCTTTGCTCATTAAAGGTA...CAGATATGACATT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2799 TACTCATGAGGGGAACAAGACGTTCATTGACAATCTAGTAAACTTTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 400655 TACTCATGAGGGGAACAAGACGTTCATTGACAATCTAGTAAACTTTGAAA

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2849 AAATG         CGCATGATTGCAAATACGGCCAGAACAGTGAGATAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 400705 AAATGGTA...TAGCGCATGATTGCAAATACGGCCAGAACAGTGAGATAC

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2890 TACAGGAGCCAACCCTTCA         ATCCTGATGCAGCTCAAGCTAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 412653 TACAGGAGCCAACCCTTCAGTA...CAGATCCTGATGCAGCTCAAGCTAA

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2931 TAAGAACCATCAGGATGTCCGGAGTTATGTACGGCAATTAAATGTGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 415679 TAAGAACCATCAGGATGTCCGGAGTTATGTACGGCAATTAAATGTGATTG

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2981 ACAACCAGAGAACTTTATCACAGATGTCACACAGATTAGAGCCTCGTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 415729 ACAACCAGAGAACTTTATCACAGATGTCACACAGATTAGAGCCTCGTCGA

   3300 
   3031 CCA
        |||
 415779 CCA