seq1 = pF1KE1434.tfa, 2352 bp
seq2 = pF1KE1434/gi568815594f_153602908.tfa (gi568815594f:153602908_153805259), 202352 bp

>pF1KE1434 2352
>gi568815594f:153602908_153805259 (Chr4)

1-2352  (100001-102352)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCACATACTTTGTGGATGGTGTGGGTCTTGGGGGTCATCATCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCACATACTTTGTGGATGGTGTGGGTCTTGGGGGTCATCATCAGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCAAGGAAGAATCCTCCAATCAGGCTTCTCTGTCTTGTGACCGCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCAAGGAAGAATCCTCCAATCAGGCTTCTCTGTCTTGTGACCGCAATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTATCTGCAAGGGCAGCTCAGGATCTTTAAACTCCATTCCCTCAGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTATCTGCAAGGGCAGCTCAGGATCTTTAAACTCCATTCCCTCAGGGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACAGAAGCTGTAAAAAGCCTTGACCTGTCCAACAACAGGATCACCTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACAGAAGCTGTAAAAAGCCTTGACCTGTCCAACAACAGGATCACCTACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TAGCAACAGTGACCTACAGAGGTGTGTGAACCTCCAGGCTCTGGTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TAGCAACAGTGACCTACAGAGGTGTGTGAACCTCCAGGCTCTGGTGCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CATCCAATGGAATTAACACAATAGAGGAAGATTCTTTTTCTTCCCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CATCCAATGGAATTAACACAATAGAGGAAGATTCTTTTTCTTCCCTGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGTCTTGAACATTTAGACTTATCCTATAATTACTTATCTAATTTATCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGTCTTGAACATTTAGACTTATCCTATAATTACTTATCTAATTTATCGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTCCTGGTTCAAGCCCCTTTCTTCTTTAACATTCTTAAACTTACTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTCCTGGTTCAAGCCCCTTTCTTCTTTAACATTCTTAAACTTACTGGGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATCCTTACAAAACCCTAGGGGAAACATCTCTTTTTTCTCATCTCACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATCCTTACAAAACCCTAGGGGAAACATCTCTTTTTTCTCATCTCACAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTGCAAATCCTGAGAGTGGGAAATATGGACACCTTCACTAAGATTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTGCAAATCCTGAGAGTGGGAAATATGGACACCTTCACTAAGATTCAAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AAAAGATTTTGCTGGACTTACCTTCCTTGAGGAACTTGAGATTGATGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AAAAGATTTTGCTGGACTTACCTTCCTTGAGGAACTTGAGATTGATGCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CAGATCTACAGAGCTATGAGCCAAAAAGTTTGAAGTCAATTCAGAACGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100551 CAGATCTACAGAGCTATGAGCCAAAAAGTTTGAAGTCAATTCAGAATGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGTCATCTGATCCTTCATATGAAGCAGCATATTTTACTGCTGGAGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGTCATCTGATCCTTCATATGAAGCAGCATATTTTACTGCTGGAGATTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGTAGATGTTACAAGTTCCGTGGAATGTTTGGAACTGCGAGATACTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGTAGATGTTACAAGTTCCGTGGAATGTTTGGAACTGCGAGATACTGATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGGACACTTTCCATTTTTCAGAACTATCCACTGGTGAAACAAATTCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGGACACTTTCCATTTTTCAGAACTATCCACTGGTGAAACAAATTCATTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATTAAAAAGTTTACATTTAGAAATGTGAAAATCACCGATGAAAGTTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ATTAAAAAGTTTACATTTAGAAATGTGAAAATCACCGATGAAAGTTTGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TCAGGTTATGAAACTTTTGAATCAGATTTCTGGATTGTTAGAATTAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TCAGGTTATGAAACTTTTGAATCAGATTTCTGGATTGTTAGAATTAGAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTGATGACTGTACCCTTAATGGAGTTGGTAATTTTAGAGCATCTGATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TTGATGACTGTACCCTTAATGGAGTTGGTAATTTTAGAGCATCTGATAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GACAGAGTTATAGATCCAGGTAAAGTGGAAACGTTAACAATCCGGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GACAGAGTTATAGATCCAGGTAAAGTGGAAACGTTAACAATCCGGAGGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GCATATTCCAAGGTTTTACTTATTTTATGATCTGAGCACTTTATATTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GCATATTCCAAGGTTTTACTTATTTTATGATCTGAGCACTTTATATTCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TTACAGAAAGAGTTAAAAGAATCACAGTAGAAAACAGTAAAGTTTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TTACAGAAAGAGTTAAAAGAATCACAGTAGAAAACAGTAAAGTTTTTCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GTTCCTTGTTTACTTTCACAACATTTAAAATCATTAGAATACTTGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GTTCCTTGTTTACTTTCACAACATTTAAAATCATTAGAATACTTGGATCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CAGTGAAAATTTGATGGTTGAAGAATACTTGAAAAATTCAGCCTGTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CAGTGAAAATTTGATGGTTGAAGAATACTTGAAAAATTCAGCCTGTGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 ATGCCTGGCCCTCTCTACAAACTTTAATTTTAAGGCAAAATCATTTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 ATGCCTGGCCCTCTCTACAAACTTTAATTTTAAGGCAAAATCATTTGGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 TCATTGGAAAAAACCGGAGAGACTTTGCTCACTCTGAAAAACTTGACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 TCATTGGAAAAAACCGGAGAGACTTTGCTCACTCTGAAAAACTTGACTAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CATTGATATCAGTAAGAATAGTTTTCATTCTATGCCTGAAACTTGTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CATTGATATCAGTAAGAATAGTTTTCATTCTATGCCTGAAACTTGTCAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 GGCCAGAAAAGATGAAATATTTGAACTTATCCAGCACACGAATACACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 GGCCAGAAAAGATGAAATATTTGAACTTATCCAGCACACGAATACACAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GTAACAGGCTGCATTCCCAAGACACTGGAAATTTTAGATGTTAGCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GTAACAGGCTGCATTCCCAAGACACTGGAAATTTTAGATGTTAGCAACAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CAATCTCAATTTATTTTCTTTGAATTTGCCGCAACTCAAAGAACTTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 CAATCTCAATTTATTTTCTTTGAATTTGCCGCAACTCAAAGAACTTTATA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 TTTCCAGAAATAAGTTGATGACTCTACCAGATGCCTCCCTCTTACCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 TTTCCAGAAATAAGTTGATGACTCTACCAGATGCCTCCCTCTTACCCATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 TTACTAGTATTGAAAATCAGTAGGAATGCAATAACTACGTTTTCTAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 TTACTAGTATTGAAAATCAGTAGGAATGCAATAACTACGTTTTCTAAGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 GCAACTTGACTCATTTCACACACTGAAGACTTTGGAAGCTGGTGGCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 GCAACTTGACTCATTTCACACACTGAAGACTTTGGAAGCTGGTGGCAATA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 ACTTCATTTGCTCCTGTGAATTCCTCTCCTTCACTCAGGAGCAGCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 ACTTCATTTGCTCCTGTGAATTCCTCTCCTTCACTCAGGAGCAGCAAGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 CTGGCCAAAGTCTTGATTGATTGGCCAGCAAATTACCTGTGTGACTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 CTGGCCAAAGTCTTGATTGATTGGCCAGCAAATTACCTGTGTGACTCTCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 ATCCCATGTGCGTGGCCAGCAGGTTCAGGATGTCCGCCTCTCGGTGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 ATCCCATGTGCGTGGCCAGCAGGTTCAGGATGTCCGCCTCTCGGTGTCGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 AATGTCACAGGACAGCACTGGTGTCTGGCATGTGCTGTGCTCTGTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 AATGTCACAGGACAGCACTGGTGTCTGGCATGTGCTGTGCTCTGTTCCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 CTGATCCTGCTCACGGGGGTCCTGTGCCACCGTTTCCATGGCCTGTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 CTGATCCTGCTCACGGGGGTCCTGTGCCACCGTTTCCATGGCCTGTGGTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 TATGAAAATGATGTGGGCCTGGCTCCAGGCCAAAAGGAAGCCCAGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 TATGAAAATGATGTGGGCCTGGCTCCAGGCCAAAAGGAAGCCCAGGAAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 CTCCCAGCAGGAACATCTGCTATGATGCATTTGTTTCTTACAGTGAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101901 CTCCCAGCAGGAACATCTGCTATGATGCATTTGTTTCTTACAGTGAGCGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 GATGCCTACTGGGTGGAGAACCTTATGGTCCAGGAGCTGGAGAACTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 GATGCCTACTGGGTGGAGAACCTTATGGTCCAGGAGCTGGAGAACTTCAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2001 TCCCCCCTTCAAGTTGTGTCTTCATAAGCGGGACTTCATTCCTGGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 TCCCCCCTTCAAGTTGTGTCTTCATAAGCGGGACTTCATTCCTGGCAAGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2051 GGATCATTGACAATATCATTGACTCCATTGAAAAGAGCCACAAAACTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 GGATCATTGACAATATCATTGACTCCATTGAAAAGAGCCACAAAACTGTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2101 TTTGTGCTTTCTGAAAACTTTGTGAAGAGTGAGTGGTGCAAGTATGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102101 TTTGTGCTTTCTGAAAACTTTGTGAAGAGTGAGTGGTGCAAGTATGAACT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2151 GGACTTCTCCCATTTCCGTCTTTTTGATGAGAACAATGATGCTGCCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102151 GGACTTCTCCCATTTCCGTCTTTTTGATGAGAACAATGATGCTGCCATTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2201 TCATTCTTCTGGAGCCCATTGAGAAAAAAGCCATTCCCCAGCGCTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102201 TCATTCTTCTGGAGCCCATTGAGAAAAAAGCCATTCCCCAGCGCTTCTGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2251 AAGCTGCGGAAGATAATGAACACCAAGACCTACCTGGAGTGGCCCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102251 AAGCTGCGGAAGATAATGAACACCAAGACCTACCTGGAGTGGCCCATGGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2301 CGAGGCTCAGCGGGAAGGATTTTGGGTAAATCTGAGAGCTGCGATAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102301 CGAGGCTCAGCGGGAAGGATTTTGGGTAAATCTGAGAGCTGCGATAAAGT

   2350 
   2351 CC
        ||
 102351 CC