seq1 = pF1KE1433.tfa, 1497 bp
seq2 = pF1KE1433/gi568815597f_43259216.tfa (gi568815597f:43259216_43463126), 203911 bp

>pF1KE1433 1497
>gi568815597f:43259216_43463126 (Chr1)

1-181  (100001-100181)   100% ->
182-330  (100275-100423)   100% ->
331-427  (100510-100606)   100% ->
428-556  (100754-100882)   100% ->
557-753  (100978-101174)   100% ->
754-848  (101284-101378)   100% ->
849-1077  (101518-101746)   100% ->
1078-1203  (101905-102030)   100% ->
1204-1321  (102980-103097)   100% ->
1322-1497  (103736-103911)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCACAGTTCGCGTTCGAGAGTGACCTGCACTCGCTGCTTCAGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCACAGTTCGCGTTCGAGAGTGACCTGCACTCGCTGCTTCAGCTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCACCCATCCCCAATGCACCCCCTGCGCGCTGGCAGCGCAAAGCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCACCCATCCCCAATGCACCCCCTGCGCGCTGGCAGCGCAAAGCCAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGCCGCAGGCCCGGCCCCCTCACCCATGCGGGCCGCCAACCGATCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGCCGCAGGCCCGGCCCCCTCACCCATGCGGGCCGCCAACCGATCCCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCGCCGGCAGGACTCCGGGCCGAACTCCTG         GCAAATCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100151 AGCGCCGGCAGGACTCCGGGCCGAACTCCTGGTC...CAGGCAAATCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTCCAAGGTTCAGACCACTCCTAGCAAACCTGGCGGTGACCGCTATATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100285 TTCCAAGGTTCAGACCACTCCTAGCAAACCTGGCGGTGACCGCTATATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCATCGCAGTGCTGCCCAGATGGAGGTGGCCAGCTTCCTCCTGAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100335 CCCATCGCAGTGCTGCCCAGATGGAGGTGGCCAGCTTCCTCCTGAGCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGAACCAGCCTGAAAACAGCCAGACGCCCACCAAGAAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100385 GAGAACCAGCCTGAAAACAGCCAGACGCCCACCAAGAAGGTA...CAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACATCAGAAAGCCTGGGCTTTGAACCTGAACGGTTTTGATGTAGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100512 ACATCAGAAAGCCTGGGCTTTGAACCTGAACGGTTTTGATGTAGAGGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCAAGATCCTTCGGCTCAGTGGAAAACCACAAAATGCGCCAGAGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100562 CCAAGATCCTTCGGCTCAGTGGAAAACCACAAAATGCGCCAGAGGGTA..

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    428     GTTATCAGAACAGACTGAAAGTACTCTACAGCCAAAAGGCCACTCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100612 .CAGGTTATCAGAACAGACTGAAAGTACTCTACAGCCAAAAGGCCACTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGGCTCCAGCCGGAAGACCTGCCGTTACATTCCTTCCCTGCCAGACCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100800 TGGCTCCAGCCGGAAGACCTGCCGTTACATTCCTTCCCTGCCAGACCGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCCTGGATGCGCCTGAAATCCGAAATGACTATT         ACCTGAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100850 TCCTGGATGCGCCTGAAATCCGAAATGACTATTGTA...CAGACCTGAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTTGTGGATTGGAGTTCTGGGAATGTACTGGCCGTGGCACTGGACAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100986 CTTGTGGATTGGAGTTCTGGGAATGTACTGGCCGTGGCACTGGACAACAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGTGTACCTGTGGAGTGCAAGCTCTGGTGACATCCTGCAGCTTTTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101036 TGTGTACCTGTGGAGTGCAAGCTCTGGTGACATCCTGCAGCTTTTGCAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGGAGCAGCCTGGGGAATATATATCCTCTGTGGCCTGGATCAAAGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101086 TGGAGCAGCCTGGGGAATATATATCCTCTGTGGCCTGGATCAAAGAGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AACTACTTGGCTGTGGGCACCAGCAGTGCTGAGGTGCAG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101136 AACTACTTGGCTGTGGGCACCAGCAGTGCTGAGGTGCAGGTG...TAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ATGGGATGTGCAGCAGCAGAAACGGCTTCGAAATATGACCAGTCACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101286 ATGGGATGTGCAGCAGCAGAAACGGCTTCGAAATATGACCAGTCACTCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCCGAGTGGGCTCCCTAAGCTGGAACAGCTATATCCTGTCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101336 CCCGAGTGGGCTCCCTAAGCTGGAACAGCTATATCCTGTCCAGGTC...C

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    849   TGGTTCACGTTCTGGCCACATCCACCACCATGATGTTCGGGTAGCAGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101516 AGTGGTTCACGTTCTGGCCACATCCACCACCATGATGTTCGGGTAGCAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ACACCATGTGGCCACACTGAGTGGCCACAGCCAGGAAGTGTGTGGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101566 ACACCATGTGGCCACACTGAGTGGCCACAGCCAGGAAGTGTGTGGGCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCTGGGCCCCAGATGGACGACATTTGGCCAGTGGTGGTAATGATAACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101616 GCTGGGCCCCAGATGGACGACATTTGGCCAGTGGTGGTAATGATAACTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GTCAATGTGTGGCCTAGTGCTCCTGGAGAGGGTGGCTGGGTTCCTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101666 GTCAATGTGTGGCCTAGTGCTCCTGGAGAGGGTGGCTGGGTTCCTCTGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GACATTCACCCAGCATCAAGGGGCTGTCAAG         GCCGTAGCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 101716 GACATTCACCCAGCATCAAGGGGCTGTCAAGGTG...TAGGCCGTAGCAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GGTGTCCCTGGCAGTCCAATGTCCTGGCAACAGGAGGGGGCACCAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101915 GGTGTCCCTGGCAGTCCAATGTCCTGGCAACAGGAGGGGGCACCAGTGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CGACACATTCGCATCTGGAATGTGTGCTCTGGGGCCTGTCTGAGTGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101965 CGACACATTCGCATCTGGAATGTGTGCTCTGGGGCCTGTCTGAGTGCCGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GGATGCCCATTCCCAG         GTGTGCTCCATCCTCTGGTCTCCCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 102015 GGATGCCCATTCCCAGGTA...CAGGTGTGCTCCATCCTCTGGTCTCCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ATTACAAGGAGCTCATCTCAGGCCATGGCTTTGCACAGAACCAGCTAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103005 ATTACAAGGAGCTCATCTCAGGCCATGGCTTTGCACAGAACCAGCTAGTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 ATTTGGAAGTACCCAACCATGGCCAAGGTGGCTGAACTCAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103055 ATTTGGAAGTACCCAACCATGGCCAAGGTGGCTGAACTCAAAGGTA...C

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1322   GTCACACATCCCGGGTCCTGAGTCTGACCATGAGCCCAGATGGGGCCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103734 AGGTCACACATCCCGGGTCCTGAGTCTGACCATGAGCCCAGATGGGGCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CAGTGGCATCCGCAGCAGCAGATGAGACCCTGAGGCTATGGCGCTGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103784 CAGTGGCATCCGCAGCAGCAGATGAGACCCTGAGGCTATGGCGCTGTTTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GAGTTGGACCCTGCGCGGCGGCGGGAGCGGGAGAAGGCCAGTGCAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103834 GAGTTGGACCCTGCGCGGCGGCGGGAGCGGGAGAAGGCCAGTGCAGCCAA

   1550     .    :    .    :    .
   1470 AAGCAGCCTCATCCACCAAGGCATCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 103884 AAGCAGCCTCATCCACCAAGGCATCCGC