seq1 = pF1KE1431.tfa, 2292 bp
seq2 = pF1KE1431/gi568815592f_31846222.tfa (gi568815592f:31846222_32052027), 205806 bp

>pF1KE1431 2292
>gi568815592f:31846222_32052027 (Chr6)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-298  (100152-100385)   99% ->
299-484  (100786-100971)   99% ->
485-658  (101127-101300)   100% ->
659-760  (101521-101622)   100% ->
761-897  (101724-101860)   100% ->
898-1036  (102153-102291)   100% ->
1037-1168  (102609-102740)   100% ->
1169-1270  (103022-103123)   100% ->
1271-1408  (103199-103336)   100% ->
1409-1506  (103829-103926)   100% ->
1507-1624  (104065-104182)   100% ->
1625-1778  (104398-104551)   100% ->
1779-1855  (104647-104723)   100% ->
1856-1956  (104923-105023)   100% ->
1957-2089  (105120-105252)   100% ->
2090-2139  (105334-105383)   100% ->
2140-2292  (105654-105806)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAGCAATCTCAGCCCCCAACTCTGCCTGATGCCCTTTATCTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGAGCAATCTCAGCCCCCAACTCTGCCTGATGCCCTTTATCTTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTCTTGTCTGGAG         GTGTGACCACCACTCCATGGTCTTTGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTCTTGTCTGGAGGTA...CAGGTGTGACCACCACTCCATGGTCTTTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTGGCCCCAGGGATCCTGCTCTCTGGAGGGGGTAGAGATCAAAGGCGGC
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100179 CCCGGCCCCAGGGATCCTGCTCTCTGGAGGGGGTAGAGATCAAAGGCGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCCTTCCGACTTCTCCAAGAGGGCCAGGCACTGGAGTACGTGTGTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100229 TCCTTCCGACTTCTCCAAGAGGGCCAGGCACTGGAGTACGTGTGTCCTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGCTTCTACCCGTACCCTGTGCAGACACGTACCTGCAGATCTACGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100279 TGGCTTCTACCCGTACCCTGTGCAGACACGTACCTGCAGATCTACGGGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCTGGAGCACCCTGAAGACTCAAGACCAAAAGACTGTCAGGAAGGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100329 CCTGGAGCACCCTGAAGACTCAAGACCAAAAGACTGTCAGGAAGGCAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGCAGAG         CAATCCACTGTCCAAGACCACACGACTTCGAGAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100379 TGCAGAGGTT...AAGCAATCCACTGTCCAAGACCACACGACTTCGAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGGGGAATACTGGCCCCGGTCTCCCTACTACAATGTGAGTGATGAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100820 CGGGGAATACTGGCCCCGGTCTCCCTACTACAATGTGAGTGATGAGATCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTTTCCACTGCTATGACGGTTACACTCTCCGGGGCTCTGCCAATCGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100870 CTTTCCACTGCTATGACGGTTACACTCTCCGGGGCTCTGCCAATCGCACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGCCAAGTGAATGGCCGGTGGAGTGGGCAGACAGCGATCTGTGACAACGG
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 100920 TGCCAAGTGAATGGCCGATGGAGTGGGCAGACAGCGATCTGTGACAACGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AG         CGGGGTACTGCTCCAACCCGGGCATCCCCATTGGCACAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100970 AGGTG...CAGCGGGGTACTGCTCCAACCCGGGCATCCCCATTGGCACAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGAAGGTGGGCAGCCAGTACCGCCTTGAAGACAGCGTCACCTACCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101166 GGAAGGTGGGCAGCCAGTACCGCCTTGAAGACAGCGTCACCTACCACTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGCCGGGGGCTTACCCTGCGTGGCTCCCAGCGGCGAACGTGTCAGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101216 AGCCGGGGGCTTACCCTGCGTGGCTCCCAGCGGCGAACGTGTCAGGAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGGCTCTTGGAGCGGGACGGAGCCTTCCTGCCAAG         ACTCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 101266 TGGCTCTTGGAGCGGGACGGAGCCTTCCTGCCAAGGTG...CAGACTCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCATGTACGACACCCCTCAAGAGGTGGCCGAAGCTTTCCTGTCTTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101527 TCATGTACGACACCCCTCAAGAGGTGGCCGAAGCTTTCCTGTCTTCCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ACAGAGACCATAGAAGGAGTCGATGCTGAGGATGGGCACGGCCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101577 ACAGAGACCATAGAAGGAGTCGATGCTGAGGATGGGCACGGCCCAGGTT.

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761      GGGAACAACAGAAGCGGAAGATCGTCCTGGACCCTTCAGGCTCCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101627 ..CAGGGGAACAACAGAAGCGGAAGATCGTCCTGGACCCTTCAGGCTCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGAACATCTACCTGGTGCTAGATGGATCAGACAGCATTGGGGCCAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101769 TGAACATCTACCTGGTGCTAGATGGATCAGACAGCATTGGGGCCAGCAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TTCACAGGAGCCAAAAAGTGTCTAGTCAACTTAATTGAGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101819 TTCACAGGAGCCAAAAAGTGTCTAGTCAACTTAATTGAGAAGGTG...CA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    898  GTGGCAAGTTATGGTGTGAAGCCAAGATATGGTCTAGTGACATATGCCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102152 GGTGGCAAGTTATGGTGTGAAGCCAAGATATGGTCTAGTGACATATGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CATACCCCAAAATTTGGGTCAAAGTGTCTGAAGCAGACAGCAGTAATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102202 CATACCCCAAAATTTGGGTCAAAGTGTCTGAAGCAGACAGCAGTAATGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GACTGGGTCACGAAGCAGCTCAATGAAATCAATTATGAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102252 GACTGGGTCACGAAGCAGCTCAATGAAATCAATTATGAAGGTC...CAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCACAAGTTGAAGTCAGGGACTAACACCAAGAAGGCCCTCCAGGCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102610 CCACAAGTTGAAGTCAGGGACTAACACCAAGAAGGCCCTCCAGGCAGTGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACAGCATGATGAGCTGGCCAGATGACGTCCCTCCTGAAGGCTGGAACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102660 ACAGCATGATGAGCTGGCCAGATGACGTCCCTCCTGAAGGCTGGAACCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ACCCGCCATGTCATCATCCTCATGACTGATG         GATTGCACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 102710 ACCCGCCATGTCATCATCCTCATGACTGATGGTC...CAGGATTGCACAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CATGGGCGGGGACCCAATTACTGTCATTGATGAGATCCGGGACTTGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103032 CATGGGCGGGGACCCAATTACTGTCATTGATGAGATCCGGGACTTGCTAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ACATTGGCAAGGATCGCAAAAACCCAAGGGAGGATTATCTGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 103082 ACATTGGCAAGGATCGCAAAAACCCAAGGGAGGATTATCTGGGTG...CA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1271  ATGTCTATGTGTTTGGGGTCGGGCCTTTGGTGAACCAAGTGAACATCAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103198 GATGTCTATGTGTTTGGGGTCGGGCCTTTGGTGAACCAAGTGAACATCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TGCTTTGGCTTCCAAGAAAGACAATGAGCAACATGTGTTCAAAGTCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103248 TGCTTTGGCTTCCAAGAAAGACAATGAGCAACATGTGTTCAAAGTCAAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ATATGGAAAACCTGGAAGATGTTTTCTACCAAATGATCG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 103298 ATATGGAAAACCTGGAAGATGTTTTCTACCAAATGATCGGTA...CAGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GAAAGCCAGTCTCTGAGTCTCTGTGGCATGGTTTGGGAACACAGGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103831 GAAAGCCAGTCTCTGAGTCTCTGTGGCATGGTTTGGGAACACAGGAAGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TACCGATTACCACAAGCAACCATGGCAGGCCAAGATCTCAGTCATT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 103881 TACCGATTACCACAAGCAACCATGGCAGGCCAAGATCTCAGTCATTGTA.

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507      CGCCCTTCAAAGGGACACGAGAGCTGTATGGGGGCTGTGGTGTCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103931 ..CAGCGCCCTTCAAAGGGACACGAGAGCTGTATGGGGGCTGTGGTGTCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GAGTACTTTGTGCTGACAGCAGCACATTGTTTCACTGTGGATGACAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104110 GAGTACTTTGTGCTGACAGCAGCACATTGTTTCACTGTGGATGACAAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 ACACTCAATCAAGGTCAGCGTAG         GAGGGGAGAAGCGGGACC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 104160 ACACTCAATCAAGGTCAGCGTAGGTA...CAGGAGGGGAGAAGCGGGACC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TGGAGATAGAAGTAGTCCTATTTCACCCCAACTACAACATTAATGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104416 TGGAGATAGAAGTAGTCCTATTTCACCCCAACTACAACATTAATGGGAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 AAAGAAGCAGGAATTCCTGAATTTTATGACTATGACGTTGCCCTGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104466 AAAGAAGCAGGAATTCCTGAATTTTATGACTATGACGTTGCCCTGATCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 GCTCAAGAATAAGCTGAAATATGGCCAGACTATCAG         GCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 104516 GCTCAAGAATAAGCTGAAATATGGCCAGACTATCAGGTG...TAGGCCCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TTTGTCTCCCCTGCACCGAGGGAACAACTCGAGCTTTGAGGCTTCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104652 TTTGTCTCCCCTGCACCGAGGGAACAACTCGAGCTTTGAGGCTTCCTCCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 ACTACCACTTGCCAGCAACAAA         AGGAAGAGCTGCTCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 104702 ACTACCACTTGCCAGCAACAAAGTA...CAGAGGAAGAGCTGCTCCCTGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 ACAGGATATCAAAGCTCTGTTTGTGTCTGAGGAGGAGAAAAAGCTGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104942 ACAGGATATCAAAGCTCTGTTTGTGTCTGAGGAGGAGAAAAAGCTGACTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 GGAAGGAGGTCTACATCAAGAATGGGGATAAG         AAAGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 104992 GGAAGGAGGTCTACATCAAGAATGGGGATAAGGTG...CAGAAAGGCAGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 TGTGAGAGAGATGCTCAATATGCCCCAGGCTATGACAAAGTCAAGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105129 TGTGAGAGAGATGCTCAATATGCCCCAGGCTATGACAAAGTCAAGGACAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 CTCAGAGGTGGTCACCCCTCGGTTCCTTTGTACTGGAGGAGTGAGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105179 CTCAGAGGTGGTCACCCCTCGGTTCCTTTGTACTGGAGGAGTGAGTCCCT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 ATGCTGACCCCAATACTTGCAGAG         GTGATTCTGGCGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 105229 ATGCTGACCCCAATACTTGCAGAGGTG...CAGGTGATTCTGGCGGCCCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 TTGATAGTTCACAAGAGAAGTCGTTTCATTCAA         GTTGGTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 105351 TTGATAGTTCACAAGAGAAGTCGTTTCATTCAAGTG...CAGGTTGGTGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 AATCAGCTGGGGAGTAGTGGATGTCTGCAAAAACCAGAAGCGGCAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105662 AATCAGCTGGGGAGTAGTGGATGTCTGCAAAAACCAGAAGCGGCAAAAGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 AGGTACCTGCTCACGCCCGAGACTTTCACATCAACCTCTTTCAAGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105712 AGGTACCTGCTCACGCCCGAGACTTTCACATCAACCTCTTTCAAGTGCTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2248 CCCTGGCTGAAGGAGAAACTCCAAGATGAGGATTTGGGTTTTCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105762 CCCTGGCTGAAGGAGAAACTCCAAGATGAGGATTTGGGTTTTCTA