seq1 = pF1KE1428.tfa, 930 bp
seq2 = pF1KE1428/gi568815597f_161481438.tfa (gi568815597f:161481438_161777550), 296113 bp

>pF1KE1428 930
>gi568815597f:161481438_161777550 (Chr1)

1-112  (181805-181916)   100% ->
113-133  (188815-188835)   100% ->
134-391  (189955-190212)   100% ->
392-646  (191538-191792)   100% ->
647-760  (192523-192636)   100% ->
761-817  (193820-193876)   100% ->
818-855  (195891-195928)   100% ->
856-930  (196039-196113)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAATCCTGTCATTCTTACCTGTCCTTGCCACTGAGAGTGACTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181805 ATGGGAATCCTGTCATTCTTACCTGTCCTTGCCACTGAGAGTGACTGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGACTGCAAGTCCCCCCAGCCTTGGGGTCATATGCTTCTGTGGACAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181855 TGACTGCAAGTCCCCCCAGCCTTGGGGTCATATGCTTCTGTGGACAGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTATTCCTGG         CTCCTGTTGCTGGGACACCTG        
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||>>>...>>
 181905 TGCTATTCCTGGGTG...CAGCTCCTGTTGCTGGGACACCTGGTA...CA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    134  CAGCTCCCCCAAAGGCTGTGCTGAAACTCGAGCCCCAGTGGATCAACGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189954 GCAGCTCCCCCAAAGGCTGTGCTGAAACTCGAGCCCCAGTGGATCAACGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTCCAGGAGGACTCTGTGACTCTGACATGCCGGGGGACTCACAGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190004 GCTCCAGGAGGACTCTGTGACTCTGACATGCCGGGGGACTCACAGCCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGAGCGACTCCATTCAGTGGTTCCACAATGGGAATCTCATTCCCACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190054 AGAGCGACTCCATTCAGTGGTTCCACAATGGGAATCTCATTCCCACCCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACGCAGCCCAGCTACAGGTTCAAGGCCAACAACAATGACAGCGGGGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190104 ACGCAGCCCAGCTACAGGTTCAAGGCCAACAACAATGACAGCGGGGAGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACGTGCCAGACTGGCCAGACCAGCCTCAGCGACCCTGTGCATCTGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190154 CACGTGCCAGACTGGCCAGACCAGCCTCAGCGACCCTGTGCATCTGACTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGCTTTCTG         AGTGGCTGGTGCTCCAGACCCCTCACCTGGAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 190204 TGCTTTCTGGTC...CAGAGTGGCTGGTGCTCCAGACCCCTCACCTGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTCCAGGAGGGAGAAACCATCGTGCTGAGGTGCCACAGCTGGAAGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191570 TTCCAGGAGGGAGAAACCATCGTGCTGAGGTGCCACAGCTGGAAGGACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCCTCTGGTCAAGGTCACATTCTTCCAGAATGGAAAATCCAAGAAATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191620 GCCTCTGGTCAAGGTCACATTCTTCCAGAATGGAAAATCCAAGAAATTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCCGTTCGGATCCCAACTTCTCCATCCCACAAGCAAACCACAGTCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191670 CCCGTTCGGATCCCAACTTCTCCATCCCACAAGCAAACCACAGTCACAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGTGATTACCACTGCACAGGAAACATAGGCTACACGCTGTACTCATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191720 GGTGATTACCACTGCACAGGAAACATAGGCTACACGCTGTACTCATCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCCTGTGACCATCACTGTCCAAG         CTCCCAGCTCTTCACCGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 191770 GCCTGTGACCATCACTGTCCAAGGTA...TAGCTCCCAGCTCTTCACCGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGGGGATCATTGTGGCTGTGGTCACTGGGATTGCTGTAGCGGCCATTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192541 TGGGGATCATTGTGGCTGTGGTCACTGGGATTGCTGTAGCGGCCATTGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCTGCTGTAGTGGCCTTGATCTACTGCAGGAAAAAGCGGATTTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 192591 GCTGCTGTAGTGGCCTTGATCTACTGCAGGAAAAAGCGGATTTCAGGTT.

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761      CTCTCCCAGGATACCCTGAGTGCAGGGAAATGGGAGAGACCCTCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192641 ..CAGCTCTCCCAGGATACCCTGAGTGCAGGGAAATGGGAGAGACCCTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTGAGAAACCAG         CCAATCCCACTAATCCTGATGAGGCTGAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 193865 CTGAGAAACCAGGTG...CAGCCAATCCCACTAATCCTGATGAGGCTGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAAGTTGGG         GCTGAGAACACAATCACCTATTCACTTCTCAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 195920 AAAGTTGGGGTG...TAGGCTGAGAACACAATCACCTATTCACTTCTCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCACCCGGATGCTCTGGAAGAGCCTGATGACCAGAACCGTATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196071 GCACCCGGATGCTCTGGAAGAGCCTGATGACCAGAACCGTATT