seq1 = pF1KE1426.tfa, 1257 bp
seq2 = pF1KE1426/gi568815594r_176583929.tfa (gi568815594r:176583929_176892311), 308383 bp

>pF1KE1426 1257
>gi568815594r:176583929_176892311 (Chr4)

(complement)

1-147  (100001-100147)   100% ->
148-361  (162566-162779)   100% ->
362-552  (164344-164534)   100% ->
553-704  (180662-180813)   100% ->
705-811  (204385-204491)   100% ->
812-1145  (204792-205125)   100% ->
1146-1257  (208272-208383)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACTTGCTGGGCTTCTTCTCTGTGGCGTGTTCTCTGCTCGCCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCACTTGCTGGGCTTCTTCTCTGTGGCGTGTTCTCTGCTCGCCGCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTCCCGGGTCCTCGCGAGGCGCCCGCCGCCGCCGCCGCCTTCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCTCCCGGGTCCTCGCGAGGCGCCCGCCGCCGCCGCCGCCTTCGAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGGACTCGACCTCTCGGACGCGGAGCCCGACGCGGGCGAGGCCACG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100101 CCGGACTCGACCTCTCGGACGCGGAGCCCGACGCGGGCGAGGCCACGGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    148       GCTTATGCAAGCAAAGATCTGGAGGAGCAGTTACGGTCTGTGTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ...CAGGCTTATGCAAGCAAAGATCTGGAGGAGCAGTTACGGTCTGTGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGTGTAGATGAACTCATGACTGTACTCTACCCAGAATATTGGAAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162610 CAGTGTAGATGAACTCATGACTGTACTCTACCCAGAATATTGGAAAATGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAAGTGTCAGCTAAGGAAAGGAGGCTGGCAACATAACAGAGAACAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162660 ACAAGTGTCAGCTAAGGAAAGGAGGCTGGCAACATAACAGAGAACAGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AACCTCAACTCAAGGACAGAAGAGACTATAAAATTTGCTGCAGCACATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162710 AACCTCAACTCAAGGACAGAAGAGACTATAAAATTTGCTGCAGCACATTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TAATACAGAGATCTTGAAAA         GTATTGATAATGAGTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 162760 TAATACAGAGATCTTGAAAAGTA...CAGGTATTGATAATGAGTGGAGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGACTCAATGCATGCCACGGGAGGTGTGTATAGATGTGGGGAAGGAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164365 AGACTCAATGCATGCCACGGGAGGTGTGTATAGATGTGGGGAAGGAGTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGAGTCGCGACAAACACCTTCTTTAAACCTCCATGTGTGTCCGTCTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164415 GGAGTCGCGACAAACACCTTCTTTAAACCTCCATGTGTGTCCGTCTACAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ATGTGGGGGTTGCTGCAATAGTGAGGGGCTGCAGTGCATGAACACCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164465 ATGTGGGGGTTGCTGCAATAGTGAGGGGCTGCAGTGCATGAACACCAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CGAGCTACCTCAGCAAGACG         TTATTTGAAATTACAGTGCCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 164515 CGAGCTACCTCAGCAAGACGGTG...TAGTTATTTGAAATTACAGTGCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTCTCTCAAGGCCCCAAACCAGTAACAATCAGTTTTGCCAATCACACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180683 CTCTCTCAAGGCCCCAAACCAGTAACAATCAGTTTTGCCAATCACACTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTGCCGATGCATGTCTAAACTGGATGTTTACAGACAAGTTCATTCCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180733 CTGCCGATGCATGTCTAAACTGGATGTTTACAGACAAGTTCATTCCATTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTAGACGTTCCCTGCCAGCAACACTACCACA         GTGTCAGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 180783 TTAGACGTTCCCTGCCAGCAACACTACCACAGTG...AAGGTGTCAGGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCGAACAAGACCTGCCCCACCAATTACATGTGGAATAATCACATCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204395 GCGAACAAGACCTGCCCCACCAATTACATGTGGAATAATCACATCTGCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ATGCCTGGCTCAGGAAGATTTTATGTTTTCCTCGGATGCTGGAGATG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 204445 ATGCCTGGCTCAGGAAGATTTTATGTTTTCCTCGGATGCTGGAGATGGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    812       ACTCAACAGATGGATTCCATGACATCTGTGGACCAAACAAGGAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204495 ...TAGACTCAACAGATGGATTCCATGACATCTGTGGACCAAACAAGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CTGGATGAAGAGACCTGTCAGTGTGTCTGCAGAGCGGGGCTTCGGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204836 CTGGATGAAGAGACCTGTCAGTGTGTCTGCAGAGCGGGGCTTCGGCCTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CAGCTGTGGACCCCACAAAGAACTAGACAGAAACTCATGCCAGTGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204886 CAGCTGTGGACCCCACAAAGAACTAGACAGAAACTCATGCCAGTGTGTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GTAAAAACAAACTCTTCCCCAGCCAATGTGGGGCCAACCGAGAATTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204936 GTAAAAACAAACTCTTCCCCAGCCAATGTGGGGCCAACCGAGAATTTGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GAAAACACATGCCAGTGTGTATGTAAAAGAACCTGCCCCAGAAATCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204986 GAAAACACATGCCAGTGTGTATGTAAAAGAACCTGCCCCAGAAATCAACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CCTAAATCCTGGAAAATGTGCCTGTGAATGTACAGAAAGTCCACAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205036 CCTAAATCCTGGAAAATGTGCCTGTGAATGTACAGAAAGTCCACAGAAAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GCTTGTTAAAAGGAAAGAAGTTCCACCACCAAACATGCAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 205086 GCTTGTTAAAAGGAAAGAAGTTCCACCACCAAACATGCAGGTA...TAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TGTTACAGACGGCCATGTACGAACCGCCAGAAGGCTTGTGAGCCAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208273 TGTTACAGACGGCCATGTACGAACCGCCAGAAGGCTTGTGAGCCAGGATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TTCATATAGTGAAGAAGTGTGTCGTTGTGTCCCTTCATATTGGAAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208323 TTCATATAGTGAAGAAGTGTGTCGTTGTGTCCCTTCATATTGGAAAAGAC

   1300     .    :
   1247 CACAAATGAGC
        |||||||||||
 208373 CACAAATGAGC