seq1 = pF1KE1415.tfa, 771 bp
seq2 = pF1KE1415/gi568815587f_72092174.tfa (gi568815587f:72092174_72296174), 204001 bp

>pF1KE1415 771
>gi568815587f:72092174_72296174 (Chr11)

1-168  (100001-100168)   100% ->
169-357  (103098-103286)   100% ->
358-493  (103439-103574)   100% ->
494-771  (103724-104001)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCAGCGGATGACAACACAGCTGCTGCTCCTTCTAGTGTGGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCAGCGGATGACAACACAGCTGCTGCTCCTTCTAGTGTGGGTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTAGTAGGGGAGGCTCAGACAAGGATTGCATGGGCCAGGACTGAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTAGTAGGGGAGGCTCAGACAAGGATTGCATGGGCCAGGACTGAGCTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAATGTCTGCATGAACGCCAAGCACCACAAGGAAAAGCCAGGCCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCAATGTCTGCATGAACGCCAAGCACCACAAGGAAAAGCCAGGCCCCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACAAGTTGCATGAGCAG         TGTCGACCCTGGAGGAAGAATGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100151 GACAAGTTGCATGAGCAGGTG...CAGTGTCGACCCTGGAGGAAGAATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGCTGTTCTACCAACACCAGCCAGGAAGCCCATAAGGATGTTTCCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103121 CTGCTGTTCTACCAACACCAGCCAGGAAGCCCATAAGGATGTTTCCTACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TATATAGATTCAACTGGAACCACTGTGGAGAGATGGCACCTGCCTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103171 TATATAGATTCAACTGGAACCACTGTGGAGAGATGGCACCTGCCTGCAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGGCATTTCATCCAGGACACCTGCCTCTACGAGTGCTCCCCCAACTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103221 CGGCATTTCATCCAGGACACCTGCCTCTACGAGTGCTCCCCCAACTTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCCCTGGATCCAGCAG         GTGGATCAGAGCTGGCGCAAAGAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103271 GCCCTGGATCCAGCAGGTA...CAGGTGGATCAGAGCTGGCGCAAAGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGGTACTGAACGTGCCCCTGTGCAAAGAGGACTGTGAGCAATGGTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103464 GGGTACTGAACGTGCCCCTGTGCAAAGAGGACTGTGAGCAATGGTGGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GATTGTCGCACCTCCTACACCTGCAAGAGCAACTGGCACAAGGGCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103514 GATTGTCGCACCTCCTACACCTGCAAGAGCAACTGGCACAAGGGCTGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTGGACTTCAG         GGTTTAACAAGTGCGCAGTGGGAGCTGCCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103564 CTGGACTTCAGGTG...CAGGGTTTAACAAGTGCGCAGTGGGAGCTGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCCAACCTTTCCATTTCTACTTCCCCACACCCACTGTTCTGTGCAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103754 GCCAACCTTTCCATTTCTACTTCCCCACACCCACTGTTCTGTGCAATGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATCTGGACTCACTCCTACAAGGTCAGCAACTACAGCCGAGGGAGTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103804 ATCTGGACTCACTCCTACAAGGTCAGCAACTACAGCCGAGGGAGTGGCCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTGCATCCAGATGTGGTTCGACCCAGCCCAGGGCAACCCCAATGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103854 CTGCATCCAGATGTGGTTCGACCCAGCCCAGGGCAACCCCAATGAGGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGGCGAGGTTCTATGCTGCAGCCATGAGTGGGGCTGGGCCCTGGGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103904 TGGCGAGGTTCTATGCTGCAGCCATGAGTGGGGCTGGGCCCTGGGCAGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    724 TGGCCTTTCCTGCTTAGCCTGGCCCTAATGCTGCTGTGGCTGCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103954 TGGCCTTTCCTGCTTAGCCTGGCCCTAATGCTGCTGTGGCTGCTCAGC