seq1 = pF1KE1405.tfa, 300 bp
seq2 = pF1KE1405/gi568815597r_161122408.tfa (gi568815597r:161122408_161323401), 200994 bp

>pF1KE1405 300
>gi568815597r:161122408_161323401 (Chr1)

(complement)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-185  (100352-100484)   100% ->
186-300  (100880-100994)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCTGCTCGCAGCAACTGTGCTACTCCTCACCATCTGCAGCCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCTGCTCGCAGCAACTGTGCTACTCCTCACCATCTGCAGCCTTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AG         GAGCTTTGGTTCGGAGACAGGCAAAGGAGCCATGTGTGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGTG...CAGGAGCTTTGGTTCGGAGACAGGCAAAGGAGCCATGTGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAGCCTGGTTTCTCAGTACTTCCAGACCGTGACTGACTATGGCAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100391 AGAGCCTGGTTTCTCAGTACTTCCAGACCGTGACTGACTATGGCAAGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGATGGAGAAGGTCAAGAGCCCAGAGCTTCAGGCCGAGGCCAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100441 CTGATGGAGAAGGTCAAGAGCCCAGAGCTTCAGGCCGAGGCCAAGTA...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    186    GTCTTACTTTGAAAAGTCAAAGGAGCAGCTGACACCCCTGATCAAGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100877 CAGGTCTTACTTTGAAAAGTCAAAGGAGCAGCTGACACCCCTGATCAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGCTGGAACGGAACTGGTTAACTTCTTGAGCTATTTCGTGGAACTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100927 AGGCTGGAACGGAACTGGTTAACTTCTTGAGCTATTTCGTGGAACTTGGA

    300     .    :    .
    283 ACACAGCCTGCCACCCAG
        ||||||||||||||||||
 100977 ACACAGCCTGCCACCCAG