seq1 = pF1KE1404.tfa, 1014 bp
seq2 = pF1KE1404/gi568815586r_91004168.tfa (gi568815586r:91004168_91208979), 204812 bp

>pF1KE1404 1014
>gi568815586r:91004168_91208979 (Chr12)

(complement)

1-862  (100001-100862)   100% ->
863-1014  (104661-104812)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTCTAAGTGCATTTACTCTCTTCCTGGCATTGATTGGTGGTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTCTAAGTGCATTTACTCTCTTCCTGGCATTGATTGGTGGTACCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGCCAGTACTATGATTATGATTTTCCCCTATCAATTTATGGGCAATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGCCAGTACTATGATTATGATTTTCCCCTATCAATTTATGGGCAATCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACCAAACTGTGCACCAGAATGTAACTGCCCTGAAAGCTACCCAAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CACCAAACTGTGCACCAGAATGTAACTGCCCTGAAAGCTACCCAAGTGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGTACTGTGATGAGCTGAAATTGAAAAGTGTACCAATGGTGCCTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGTACTGTGATGAGCTGAAATTGAAAAGTGTACCAATGGTGCCTCCTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AATCAAGTATCTTTACCTTAGGAATAACCAGATTGACCATATTGATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AATCAAGTATCTTTACCTTAGGAATAACCAGATTGACCATATTGATGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGCCTTTGAGAATGTAACTGATCTGCAGTGGCTCATTCTAGATCACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGCCTTTGAGAATGTAACTGATCTGCAGTGGCTCATTCTAGATCACAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTTCTAGAAAACTCCAAGATAAAAGGGAGAGTTTTCTCTAAATTGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTTCTAGAAAACTCCAAGATAAAAGGGAGAGTTTTCTCTAAATTGAAACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACTGAAGAAGCTGCATATAAACCACAACAACCTGACAGAGTCTGTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACTGAAGAAGCTGCATATAAACCACAACAACCTGACAGAGTCTGTGGGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CACTTCCCAAATCTCTGGAGGATCTGCAGCTTACTCATAACAAGATCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CACTTCCCAAATCTCTGGAGGATCTGCAGCTTACTCATAACAAGATCACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAGCTGGGCTCTTTTGAAGGATTGGTAAACCTGACCTTCATCCATCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAGCTGGGCTCTTTTGAAGGATTGGTAAACCTGACCTTCATCCATCTCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCACAATCGGCTGAAAGAGGATGCTGTTTCAGCTGCTTTTAAAGGTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCACAATCGGCTGAAAGAGGATGCTGTTTCAGCTGCTTTTAAAGGTCTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AATCACTCGAATACCTTGACTTGAGCTTCAATCAGATAGCCAGACTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AATCACTCGAATACCTTGACTTGAGCTTCAATCAGATAGCCAGACTGCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCTGGTCTCCCTGTCTCTCTTCTAACTCTCTACTTAGACAACAATAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCTGGTCTCCCTGTCTCTCTTCTAACTCTCTACTTAGACAACAATAAGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CAGCAACATCCCTGATGAGTATTTCAAGCGTTTTAATGCATTGCAGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CAGCAACATCCCTGATGAGTATTTCAAGCGTTTTAATGCATTGCAGTATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGCGTTTATCTCACAACGAACTGGCTGATAGTGGAATACCTGGAAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGCGTTTATCTCACAACGAACTGGCTGATAGTGGAATACCTGGAAATTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTCAATGTGTCATCCCTGGTTGAGCTGGATCTGTCCTATAACAAGCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTCAATGTGTCATCCCTGGTTGAGCTGGATCTGTCCTATAACAAGCTTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AAACATACCAACTGTCAATGAAAACCTTGAAAACTATTACCTGGAGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AAACATACCAACTGTCAATGAAAACCTTGAAAACTATTACCTGGAGGTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATCAACTTGAGA         AGTTTGACATAAAGAGCTTCTGCAAGATC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATCAACTTGAGAGTA...TAGAGTTTGACATAAAGAGCTTCTGCAAGATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CTGGGGCCATTATCCTACTCCAAGATCAAGCATTTGCGTTTGGATGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104690 CTGGGGCCATTATCCTACTCCAAGATCAAGCATTTGCGTTTGGATGGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TCGCATCTCAGAAACCAGTCTTCCACCGGATATGTATGAATGTCTACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104740 TCGCATCTCAGAAACCAGTCTTCCACCGGATATGTATGAATGTCTACGTG

   1000     .    :    .    :
    992 TTGCTAACGAAGTCACTCTTAAT
        |||||||||||||||||||||||
 104790 TTGCTAACGAAGTCACTCTTAAT