seq1 = pF1KE1394.tfa, 1566 bp
seq2 = pF1KE1394/gi568815593f_69404245.tfa (gi568815593f:69404245_69653668), 249424 bp

>pF1KE1394 1566
>gi568815593f:69404245_69653668 (Chr5)

1-50  (100001-100050)   100% ->
51-729  (104897-105575)   99% ->
730-891  (109704-109865)   100% ->
892-1037  (130450-130595)   100% ->
1038-1253  (140660-140875)   100% ->
1254-1425  (143686-143857)   100% ->
1426-1467  (147300-147341)   100% ->
1468-1566  (149326-149424)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCATCCAGGCCTCTTGAAAGTCCACCTCCTTACAGGCCTGATGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCATCCAGGCCTCTTGAAAGTCCACCTCCTTACAGGCCTGATGAATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51          CAAACCGAATCATTATGCACCAAGCAATGACATATATGGTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTA...CAGCAAACCGAATCATTATGCACCAAGCAATGACATATATGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAGAGATGCATGTTCGACCAATGCTCTCTCAGCCAGCCTACTCTTTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104938 GAGAGATGCATGTTCGACCAATGCTCTCTCAGCCAGCCTACTCTTTTTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCAGAAGATGAAATTCTTCACTTCTACAAATGGACCTCTCCTCCAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104988 CCAGAAGATGAAATTCTTCACTTCTACAAATGGACCTCTCCTCCAGGAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATTCGGATCCTGTCTATGCTCATTATTGTGATGTGCATTGCCATCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105038 GATTCGGATCCTGTCTATGCTCATTATTGTGATGTGCATTGCCATCTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCTGTGTGGCCTCCACGCTTGCCTGGGACAGAGGCTATGGAACTTCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105088 CCTGTGTGGCCTCCACGCTTGCCTGGGACAGAGGCTATGGAACTTCCCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTAGGAGGTAGTGTAGGCTACCCTTATGGAGGAAGTGGCTTTGGTAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105138 TTAGGAGGTAGTGTAGGCTACCCTTATGGAGGAAGTGGCTTTGGTAGCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGGAAGTGGCTATGGCTATGGCTATGGTTATGGCTATGGCTACGGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105188 CGGAAGTGGCTATGGCTATGGCTATGGTTATGGCTATGGCTACGGAGGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATACAGACCCAAGAGCAGCAAAGGGCTTCATGTTGGCCATGGCTGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105238 ATACAGACCCAAGAGCAGCAAAGGGCTTCATGTTGGCCATGGCTGCCTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TGTTTCATTGCCGCGTTGGTGATCTTTGTTACCAGTGTTATAAGATCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105288 TGTTTCATTGCCGCGTTGGTGATCTTTGTTACCAGTGTTATAAGATCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AATGTCCAGAACAAGAAGATACTACTTAAGTGTGATAATAGTGAGTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105338 AATGTCCAGAACAAGAAGATACTACTTAAGTGTGATAATAGTGAGTGCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCCTGGGCATCATGGTGTTTATTGCCACAATTGTCTATATAATGGGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105388 TCCTGGGCATCATGGTGTTTATTGCCACAATTGTCTATATAATGGGAGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AACCCAACTGCTCAGTCTTCTGGATCTCTATATGGTTCACAAATATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105438 AACCCAACTGCTCAGTCTTCTGGATCTCTATATGGTTCACAAATATATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCTCTGCAACCAATTTTATACACCTGCAGCTACTGGACTCTACGTGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105488 CCTCTGCAACCAATTTTATACACCTGCAGCTACTGGACTCTACGTGGATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGTATTCGTATCACTACTGTGTTGTGGATCCCCAGGAG         GCC
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 105538 AGTATTTGTATCACTACTGTGTTGTGGATCCCCAGGAGGTA...TAGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 ATTGCCATTGTACTGGGGTTCATGATTATTGTGGCTTTTGCTTTAATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109707 ATTGCCATTGTACTGGGGTTCATGATTATTGTGGCTTTTGCTTTAATAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TTTCTTTGCTGTGAAAACTCGAAGAAAGATGGACAGGTATGACAAGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109757 TTTCTTTGCTGTGAAAACTCGAAGAAAGATGGACAGGTATGACAAGTCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ATATTTTGTGGGACAAGGAACACATTTATGATGAGCAGCCCCCCAATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109807 ATATTTTGTGGGACAAGGAACACATTTATGATGAGCAGCCCCCCAATGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GAGGAGTGG         GTTAAAAATGTGTCTGCAGGCACACAGGACGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 109857 GAGGAGTGGGTA...AAGGTTAAAAATGTGTCTGCAGGCACACAGGACGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GCCTTCACCCCCATCTGACTATGTGGAAAGAGTTGACAGTCCCATGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130482 GCCTTCACCCCCATCTGACTATGTGGAAAGAGTTGACAGTCCCATGGCAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 ACTCTTCCAATGGCAAAGTGAATGACAAGCGGTTTTATCCAGAGTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130532 ACTCTTCCAATGGCAAAGTGAATGACAAGCGGTTTTATCCAGAGTCTTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 TATAAATCCACGCC         GGTTCCTGAAGTGGTTCAGGAGCTTCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 130582 TATAAATCCACGCCGTA...TAGGGTTCCTGAAGTGGTTCAGGAGCTTCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 ATTAACTTCGCCTGTGGATGACTTCAGGCAGCCTCGTTACAGCAGCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140687 ATTAACTTCGCCTGTGGATGACTTCAGGCAGCCTCGTTACAGCAGCGGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GTAACTTTGAGACACCTTCAAAAAGAGCACCTGCAAAGGGAAGAGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140737 GTAACTTTGAGACACCTTCAAAAAGAGCACCTGCAAAGGGAAGAGCAGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 AGGTCAAAGAGAACAGAGCAAGATCACTATGAGACAGACTACACAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140787 AGGTCAAAGAGAACAGAGCAAGATCACTATGAGACAGACTACACAACTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CGGCGAGTCCTGTGATGAGCTGGAGGAGGACTGGATCAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 140837 CGGCGAGTCCTGTGATGAGCTGGAGGAGGACTGGATCAGGTA...TAGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 AATATCCACCTATCACTTCAGATCAACAAAGACAACTGTACAAGAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143688 AATATCCACCTATCACTTCAGATCAACAAAGACAACTGTACAAGAGGAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 TTTGACACTGGCCTACAGGAATACAAGAGCTTACAATCAGAACTTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143738 TTTGACACTGGCCTACAGGAATACAAGAGCTTACAATCAGAACTTGATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 GATCAATAAAGAACTCTCCCGTTTGGATAAAGAATTGGATGACTATAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143788 GATCAATAAAGAACTCTCCCGTTTGGATAAAGAATTGGATGACTATAGAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 AAGAAAGTGAAGAGTACATG         GCTGCTGCTGATGAATACAAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 143838 AAGAAAGTGAAGAGTACATGGTA...TAGGCTGCTGCTGATGAATACAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 AGACTGAAGCAAGTGAAGGGA         TCTGCAGATTACAAAAGTAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 147321 AGACTGAAGCAAGTGAAGGGAGTA...TAGTCTGCAGATTACAAAAGTAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 GAAGAATCATTGCAAGCAGTTAAAGAGCAAATTGTCACACATCAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149346 GAAGAATCATTGCAAGCAGTTAAAGAGCAAATTGTCACACATCAAGAAGA

   1600     .    :    .    :    .
   1538 TGGTTGGAGACTATGATAGACAGAAAACA
        |||||||||||||||||||||||||||||
 149396 TGGTTGGAGACTATGATAGACAGAAAACA