seq1 = pF1KE1387.tfa, 2946 bp
seq2 = pF1KE1387/gi568815595r_105558973.tfa (gi568815595r:105558973_105967577), 408605 bp

>pF1KE1387 2946
>gi568815595r:105558973_105967577 (Chr3)

(complement)

1-168  (100001-100168)   100% ->
169-419  (113914-114164)   100% ->
420-566  (191036-191182)   100% ->
567-723  (215960-216116)   100% ->
724-845  (221540-221661)   100% ->
846-983  (226947-227084)   100% ->
984-1071  (230320-230407)   100% ->
1072-1203  (233438-233569)   100% ->
1204-1407  (247328-247531)   99% ->
1408-1593  (263405-263590)   100% ->
1594-1959  (265119-265484)   99% ->
1960-2054  (273990-274084)   100% ->
2055-2201  (282112-282258)   100% ->
2202-2296  (285760-285854)   100% ->
2297-2428  (285968-286099)   100% ->
2429-2569  (289007-289147)   100% ->
2570-2689  (297226-297345)   99% ->
2690-2946  (308349-308605)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAAACTCAATGAATGGCAGAAACCCTGGTGGTCGAGGAGGAAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAAACTCAATGAATGGCAGAAACCCTGGTGGTCGAGGAGGAAATCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGAAAAGGTCGAATTTTGGGTATTATTGATGCTATTCAGGATGCAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGAAAAGGTCGAATTTTGGGTATTATTGATGCTATTCAGGATGCAGTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GACCCCCTAAGCAAGCTGCCGCAGATCGCAGGACCGTGGAGAAGACTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GACCCCCTAAGCAAGCTGCCGCAGATCGCAGGACCGTGGAGAAGACTTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGCTCATGGACAAAGTG         GTAAGACTGTGCCAAAATCCCAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100151 AAGCTCATGGACAAAGTGGTA...TAGGTAAGACTGTGCCAAAATCCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACTTCAGTTGAAAAATAGCCCACCATATATACTTGATATTTTGCCTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113937 ACTTCAGTTGAAAAATAGCCCACCATATATACTTGATATTTTGCCTGATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CATATCAGCATTTACGACTTATATTGAGTAAATATGATGACAACCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113987 CATATCAGCATTTACGACTTATATTGAGTAAATATGATGACAACCAGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTTGCCCAACTCAGTGAGAATGAGTACTTTAAAATCTACATTGATAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114037 CTTGCCCAACTCAGTGAGAATGAGTACTTTAAAATCTACATTGATAGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TATGAAAAAGTCAAAACGGGCAATAAGACTCTTTAAAGAAGGCAAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114087 TATGAAAAAGTCAAAACGGGCAATAAGACTCTTTAAAGAAGGCAAGGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GAATGTATGAAGAACAGTCACAGGACAG         ACGAAATCTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 114137 GAATGTATGAAGAACAGTCACAGGACAGGTA...CAGACGAAATCTCACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAACTGTCCCTTATCTTCAGTCACATGCTGGCAGAAATCAAAGCAATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191049 AAACTGTCCCTTATCTTCAGTCACATGCTGGCAGAAATCAAAGCAATCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TCCCAATGGTCAATTCCAGGGAGATAACTTTCGTATCACAAAAGCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191099 TCCCAATGGTCAATTCCAGGGAGATAACTTTCGTATCACAAAAGCAGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTGCTGAATTCTGGAGAAAGTTTTTTGGAGACAA         AACTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 191149 CTGCTGAATTCTGGAGAAAGTTTTTTGGAGACAAGTA...CAGAACTATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTACCATGGAAAGTATTCAGACAGTGCCTTCATGAGGTCCACCAGATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215967 GTACCATGGAAAGTATTCAGACAGTGCCTTCATGAGGTCCACCAGATTAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTCTGGCCTGGAAGCAATGGCTCTAAAATCAACAATTGATTTAACTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216017 CTCTGGCCTGGAAGCAATGGCTCTAAAATCAACAATTGATTTAACTTGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ATGATTACATTTCAGTTTTTGAATTTGATATTTTTACCAGGCTGTTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216067 ATGATTACATTTCAGTTTTTGAATTTGATATTTTTACCAGGCTGTTTCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724          CCTTGGGGCTCTATTTTGCGGAATTGGAATTTCTTAGCTGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216117 GTA...TAGCCTTGGGGCTCTATTTTGCGGAATTGGAATTTCTTAGCTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GACACATCCAGGTTACATGGCATTTCTCACATATGATGAAGTTAAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221581 GACACATCCAGGTTACATGGCATTTCTCACATATGATGAAGTTAAAGCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GACTACAGAAATATAGCACCAAACCCGGAAG         CTATATTTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 221631 GACTACAGAAATATAGCACCAAACCCGGAAGGTA...CAGCTATATTTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CGGTTAAGTTGCACTCGATTGGGACAGTGGGCCATTGGCTATGTGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226957 CGGTTAAGTTGCACTCGATTGGGACAGTGGGCCATTGGCTATGTGACTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGATGGGAATATCTTACAGACCATACCTCATAACAAGCCCTTATTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227007 GGATGGGAATATCTTACAGACCATACCTCATAACAAGCCCTTATTTCAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CCCTGATTGATGGCAGCAGGGAAGGATT         TTATCTTTATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 227057 CCCTGATTGATGGCAGCAGGGAAGGATTGTA...CAGTTATCTTTATCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GATGGGAGGAGTTATAATCCTGATTTAACTGGATTATGTGAACCTACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230333 GATGGGAGGAGTTATAATCCTGATTTAACTGGATTATGTGAACCTACACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TCATGACCATATAAAAGTTACACAG         GAACAATATGAATTAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 230383 TCATGACCATATAAAAGTTACACAGGTA...CAGGAACAATATGAATTAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ATTGTGAAATGGGCTCCACTTTTCAGCTCTGTAAGATTTGTGCAGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233454 ATTGTGAAATGGGCTCCACTTTTCAGCTCTGTAAGATTTGTGCAGAGAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GACAAAGATGTCAAGATTGAGCCTTGTGGGCATTTGATGTGCACCTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233504 GACAAAGATGTCAAGATTGAGCCTTGTGGGCATTTGATGTGCACCTCTTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CCTTACGGCATGGCAG         GAGTCGGATGGTCAGGGCTGCCCTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 233554 CCTTACGGCATGGCAGGTA...TAGGAGTCGGATGGTCAGGGCTGCCCTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TCTGTCGTTGTGAAATAAAAGGAACTGAGCCCATAATCGTGGATCCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 247353 TCTGTCGTTGTGAAATAAAAGGAACTGAGCCCATAATCGTGGACCCCTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GATCCAAGAGATGAAGGCTCCAGGTGTTGCAGCATCATTGACCCCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247403 GATCCAAGAGATGAAGGCTCCAGGTGTTGCAGCATCATTGACCCCTTTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CATGCCGATGCTCGACTTGGACGACGATGATGATCGTGAGGAGTCCTTGA
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247453 CATGCCGATGCTAGACTTGGACGACGATGATGATCGTGAGGAGTCCTTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TGATGAATCGGTTGGCAAACGTCCGAAAG         TGCACTGACAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 247503 TGATGAATCGGTTGGCAAACGTCCGAAAGGTA...TAGTGCACTGACAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CAGAACTCACCAGTCACATCACCAGGATCCTCTCCCCTTGCCCAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 263417 CAGAACTCACCAGTCACATCACCAGGATCCTCTCCCCTTGCCCAGAGAAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 AAAGCCACAGCCTGACCCACTCCAGATCCCACATCTAAGCCTGCCACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 263467 AAAGCCACAGCCTGACCCACTCCAGATCCCACATCTAAGCCTGCCACCCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TGCCTCCTCGCCTGGATCTAATTCAGAAAGGCATAGTTAGATCTCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 263517 TGCCTCCTCGCCTGGATCTAATTCAGAAAGGCATAGTTAGATCTCCCTGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GGCAGCCCAACGGGTTCACCAAAG         TCTTCTCCTTGCATGGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 263567 GGCAGCCCAACGGGTTCACCAAAGGTA...TAGTCTTCTCCTTGCATGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 GAGAAAACAAGATAAACCACTCCCAGCACCACCTCCTCCCTTAAGAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265136 GAGAAAACAAGATAAACCACTCCCAGCACCACCTCCTCCCTTAAGAGATC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 CTCCTCCACCGCCACCTGAAAGACCTCCACCAATCCCACCAGACAATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265186 CTCCTCCACCGCCACCTGAAAGACCTCCACCAATCCCACCAGACAATAGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 CTGAGTAGACACATCCATCATGTGGAAAGCGTGCCTTCCAAAGACCCGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 265236 CTGAGTAGACACATCCATCATGTGGAAAGCGTGCCTTCCAGAGACCCGCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 AATGCCTCTTGAAGCATGGTGCCCTCGGGATGTGTTTGGGACTAATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265286 AATGCCTCTTGAAGCATGGTGCCCTCGGGATGTGTTTGGGACTAATCAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 TTGTGGGATGTCGACTCCTAGGGGAGGGCTCTCCAAAACCTGGAATCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265336 TTGTGGGATGTCGACTCCTAGGGGAGGGCTCTCCAAAACCTGGAATCACA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 GCGAGTTCAAATGTCAATGGAAGGCACAGTAGAGTGGGCTCTGACCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265386 GCGAGTTCAAATGTCAATGGAAGGCACAGTAGAGTGGGCTCTGACCCAGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 GCTTATGCGGAAACACAGACGCCATGATTTGCCTTTAGAAGGAGCTAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 265436 GCTTATGCGGAAACACAGACGCCATGATTTGCCTTTAGAAGGAGCTAAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1960         GTCTTTTCCAATGGTCACCTTGGAAGTGAAGAATATGATGTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265486 TA...CAGGTCTTTTCCAATGGTCACCTTGGAAGTGAAGAATATGATGTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 CCTCCCCGGCTTTCTCCTCCTCCTCCAGTTACCACCCTCCTCCCTAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274032 CCTCCCCGGCTTTCTCCTCCTCCTCCAGTTACCACCCTCCTCCCTAGCAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 AAA         GTGTACTGGTCCGTTAGCAAATTCTCTTTCAGAGAAAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274082 AAAGTG...TAGGTGTACTGGTCCGTTAGCAAATTCTCTTTCAGAGAAAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 CAAGAGACCCAGTAGAGGAAGATGATGATGAATACAAGATTCCTTCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282150 CAAGAGACCCAGTAGAGGAAGATGATGATGAATACAAGATTCCTTCATCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 CACCCTGTTTCCCTGAATTCACAACCATCTCATTGTCATAATGTAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282200 CACCCTGTTTCCCTGAATTCACAACCATCTCATTGTCATAATGTAAAACC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 TCCTGTTCG         GTCTTGTGATAATGGTCACTGTATGCTGAATG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 282250 TCCTGTTCGGTA...TAGGTCTTGTGATAATGGTCACTGTATGCTGAATG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 GAACACATGGTCCATCTTCAGAGAAGAAATCAAACATCCCTGACTTAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 285792 GAACACATGGTCCATCTTCAGAGAAGAAATCAAACATCCCTGACTTAAGC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 ATATATTTAAAGG         GAGATGTTTTTGATTCAGCCTCTGATCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 285842 ATATATTTAAAGGGTA...TAGGAGATGTTTTTGATTCAGCCTCTGATCC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 CGTGCCATTACCACCTGCCAGGCCTCCAACTCGGGACAATCCAAAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 285996 CGTGCCATTACCACCTGCCAGGCCTCCAACTCGGGACAATCCAAAGCATG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2375 GTTCTTCACTCAACAGGACGCCCTCTGATTATGATCTTCTCATCCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 286046 GTTCTTCACTCAACAGGACGCCCTCTGATTATGATCTTCTCATCCCTCCA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2425 TTAG         GTGAAGATGCTTTTGATGCCCTCCCTCCATCTCTCCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 286096 TTAGGTT...CAGGTGAAGATGCTTTTGATGCCCTCCCTCCATCTCTCCC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466 ACCTCCCCCACCTCCTGCAAGGCATAGTCTCATTGAACATTCAAAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289044 ACCTCCCCCACCTCCTGCAAGGCATAGTCTCATTGAACATTCAAAACCTC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2516 CTGGCTCCAGTAGCCGGCCATCCTCAGGACAGGATCTTTTTCTTCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289094 CTGGCTCCAGTAGCCGGCCATCCTCAGGACAGGATCTTTTTCTTCTTCCT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2566 TCAG         ATCCCTTTGTTGATCTAGCAAGTGGCCAAGTTCCTTT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289144 TCAGGTA...AAGATCCCTTTGTTGATCTAGCAAGTGGCCAAGTTCCTTT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2607 GCCTCCCGCTAGAAGGTTACCAGGTGAAAATGTCAAAACTAACAGAACAT
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 297263 GCCTCCTGCTAGAAGGTTACCAGGTGAAAATGTCAAAACTAACAGAACAT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2657 CACAGGACTATGATCAGCTTCCTTCATGTTCAG         ATGGTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 297313 CACAGGACTATGATCAGCTTCCTTCATGTTCAGGTG...CAGATGGTTCA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2698 CAGGCACCAGCCAGACCCCCTAAACCACGACCGCGCAGGACTGCACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308357 CAGGCACCAGCCAGACCCCCTAAACCACGACCGCGCAGGACTGCACCAGA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2748 AATTCACCACAGAAAACCCCATGGGCCTGAGGCGGCATTGGAAAATGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308407 AATTCACCACAGAAAACCCCATGGGCCTGAGGCGGCATTGGAAAATGTCG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2798 ATGCAAAAATTGCAAAACTCATGGGAGAGGGTTATGCCTTTGAAGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308457 ATGCAAAAATTGCAAAACTCATGGGAGAGGGTTATGCCTTTGAAGAGGTG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2848 AAGAGAGCCTTAGAGATAGCCCAGAATAATGTCGAAGTTGCCCGGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308507 AAGAGAGCCTTAGAGATAGCCCAGAATAATGTCGAAGTTGCCCGGAGCAT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2898 CCTCCGAGAATTTGCCTTCCCTCCTCCAGTATCCCCACGTCTAAATCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308557 CCTCCGAGAATTTGCCTTCCCTCCTCCAGTATCCCCACGTCTAAATCTA