seq1 = pF1KE1384.tfa, 1794 bp
seq2 = pF1KE1384/gi568815586f_51954329.tfa (gi568815586f:51954329_52158941), 204613 bp

>pF1KE1384 1794
>gi568815586f:51954329_52158941 (Chr12)

1-876  (100001-100876)   100% ->
877-1006  (101702-101831)   100% ->
1007-1158  (102166-102317)   100% ->
1159-1361  (102729-102931)   100% ->
1362-1540  (103024-103202)   100% ->
1541-1794  (104360-104613)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCTGTATCCAAGCCCAATATGGGACACCAGCACCGAGTCCGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCTGTATCCAAGCCCAATATGGGACACCAGCACCGAGTCCGGGACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGTGACCACCTGGCAAGCGACCCCCTGACCCCTGAGTTCATCAAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGTGACCACCTGGCAAGCGACCCCCTGACCCCTGAGTTCATCAAGCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCATGGACCTGGCCAGCCCCGAGGCAGCCCCCGCTGCCCCCACTGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCATGGACCTGGCCAGCCCCGAGGCAGCCCCCGCTGCCCCCACTGCCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCAGCTTCAGCACCTTCATGGACGGCTACACAGGAGAGTTTGACACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCAGCTTCAGCACCTTCATGGACGGCTACACAGGAGAGTTTGACACCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTCTACCAGCTGCCAGGAACAGTCCAGCCATGCTCCTCAGCCTCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTCTACCAGCTGCCAGGAACAGTCCAGCCATGCTCCTCAGCCTCCTCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGCCTCCTCCACATCCTCGTCCTCAGCCACCTCCCCTGCCTCTGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGGCCTCCTCCACATCCTCGTCCTCAGCCACCTCCCCTGCCTCTGCCTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCAAGTTCGAGGACTTCCAGGTGTACGGCTGCTACCCCGGCCCCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCAAGTTCGAGGACTTCCAGGTGTACGGCTGCTACCCCGGCCCCCTGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGGCCCAGTGGATGAGGCCCTGTCCTCCAGTGGCTCTGACTACTATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGGCCCAGTGGATGAGGCCCTGTCCTCCAGTGGCTCTGACTACTATGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCCCCTGCTCGGCCCCGTCGCCCTCCACGCCCAGCTTCCAGCCGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCCCCTGCTCGGCCCCGTCGCCCTCCACGCCCAGCTTCCAGCCGCCCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTCTCTCCCTGGGATGGCTCCTTCGGCCACTTCTCGCCCAGCCAGACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTCTCTCCCTGGGATGGCTCCTTCGGCCACTTCTCGCCCAGCCAGACTTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CGAAGGCCTGCGGGCATGGACAGAGCAGCTGCCCAAAGCCTCTGGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CGAAGGCCTGCGGGCATGGACAGAGCAGCTGCCCAAAGCCTCTGGGCCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CACAGCCTCCAGCCTTCTTTTCCTTCAGTCCTCCCACCGGCCCCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CACAGCCTCCAGCCTTCTTTTCCTTCAGTCCTCCCACCGGCCCCAGCCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGCCTGGCCCAGAGCCCCCTGAAGTTGTTCCCCTCACAGGCCACCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGCCTGGCCCAGAGCCCCCTGAAGTTGTTCCCCTCACAGGCCACCCACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCTGGGGGAGGGAGAGAGCTATTCCATGCCTACGGCCTTCCCAGGTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCTGGGGGAGGGAGAGAGCTATTCCATGCCTACGGCCTTCCCAGGTTTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CACCCACTTCTCCACACCTTGAGGGCTCGGGGATACTGGATACACCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CACCCACTTCTCCACACCTTGAGGGCTCGGGGATACTGGATACACCCGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ACCTCAACCAAGGCCCGGAGCGGGGCCCCAGGTGGAAGTGAAGGCCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ACCTCAACCAAGGCCCGGAGCGGGGCCCCAGGTGGAAGTGAAGGCCGCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGCTGTGTGTGGGGACAACGCTTCATGCCAGCATTATGGTGTCCGCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGCTGTGTGTGGGGACAACGCTTCATGCCAGCATTATGGTGTCCGCACAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GTGAGGGCTGCAAGGGCTTCTTCAAG         CGCACAGTGCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100851 GTGAGGGCTGCAAGGGCTTCTTCAAGGTA...CAGCGCACAGTGCAGAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AACGCCAAGTACATCTGCCTGGCTAACAAGGACTGCCCTGTGGACAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101717 AACGCCAAGTACATCTGCCTGGCTAACAAGGACTGCCCTGTGGACAAGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GCGGCGAAACCGCTGCCAGTTCTGCCGCTTCCAGAAGTGCCTGGCGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101767 GCGGCGAAACCGCTGCCAGTTCTGCCGCTTCCAGAAGTGCCTGGCGGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GCATGGTGAAGGAAG         TTGTCCGAACAGACAGCCTGAAGGGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101817 GCATGGTGAAGGAAGGTG...CAGTTGTCCGAACAGACAGCCTGAAGGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CGGCGGGGCCGGCTACCTTCAAAACCCAAGCAGCCCCCAGATGCCTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102192 CGGCGGGGCCGGCTACCTTCAAAACCCAAGCAGCCCCCAGATGCCTCCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TGCCAATCTCCTCACTTCCCTGGTCCGTGCACACCTGGACTCAGGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102242 TGCCAATCTCCTCACTTCCCTGGTCCGTGCACACCTGGACTCAGGGCCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GCACTGCCAAACTGGACTACTCCAAG         TTCCAGGAGCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 102292 GCACTGCCAAACTGGACTACTCCAAGGTG...TAGTTCCAGGAGCTGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 CTGCCCCACTTTGGGAAGGAAGATGCTGGGGATGTACAGCAGTTCTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102744 CTGCCCCACTTTGGGAAGGAAGATGCTGGGGATGTACAGCAGTTCTACGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CCTGCTCTCCGGTTCTCTGGAGGTCATCCGCAAGTGGGCGGAGAAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102794 CCTGCTCTCCGGTTCTCTGGAGGTCATCCGCAAGTGGGCGGAGAAGATCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CTGGCTTTGCTGAGCTGTCACCGGCTGACCAGGACCTGTTGCTGGAGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102844 CTGGCTTTGCTGAGCTGTCACCGGCTGACCAGGACCTGTTGCTGGAGTCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GCCTTCCTGGAGCTCTTCATCCTCCGCCTGGCGTACAG         GTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102894 GCCTTCCTGGAGCTCTTCATCCTCCGCCTGGCGTACAGGTG...CAGGTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 TAAGCCAGGCGAGGGCAAGCTCATCTTCTGCTCAGGCCTGGTGCTACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103027 TAAGCCAGGCGAGGGCAAGCTCATCTTCTGCTCAGGCCTGGTGCTACACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 GGCTGCAGTGTGCCCGTGGCTTCGGGGACTGGATTGACAGTATCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103077 GGCTGCAGTGTGCCCGTGGCTTCGGGGACTGGATTGACAGTATCCTGGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 TTCTCAAGGTCCCTGCACAGCTTGCTTGTCGATGTCCCTGCCTTCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103127 TTCTCAAGGTCCCTGCACAGCTTGCTTGTCGATGTCCCTGCCTTCGCCTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 CCTCTCTGCCCTTGTCCTCATCACCG         ACCGGCATGGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 103177 CCTCTCTGCCCTTGTCCTCATCACCGGTG...CAGACCGGCATGGGCTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 AGGAGCCGCGGCGGGTGGAGGAGCTGCAGAACCGCATCGCCAGCTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104375 AGGAGCCGCGGCGGGTGGAGGAGCTGCAGAACCGCATCGCCAGCTGCCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 AAGGAGCACGTGGCAGCTGTGGCGGGCGAGCCCCAGCCAGCCAGCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104425 AAGGAGCACGTGGCAGCTGTGGCGGGCGAGCCCCAGCCAGCCAGCTGCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 GTCACGTCTGTTGGGCAAACTGCCCGAGCTGCGGACCCTGTGCACCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104475 GTCACGTCTGTTGGGCAAACTGCCCGAGCTGCGGACCCTGTGCACCCAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 GCCTGCAGCGCATCTTCTACCTCAAGCTGGAGGACTTGGTGCCCCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104525 GCCTGCAGCGCATCTTCTACCTCAAGCTGGAGGACTTGGTGCCCCCTCCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .
   1756 CCCATCATTGACAAGATCTTCATGGACACGCTGCCCTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104575 CCCATCATTGACAAGATCTTCATGGACACGCTGCCCTTC