seq1 = pF1KE1383.tfa, 2067 bp
seq2 = pF1KE1383/gi568815587f_67166700.tfa (gi568815587f:67166700_67385447), 218748 bp

>pF1KE1383 2067
>gi568815587f:67166700_67385447 (Chr11)

1-113  (100001-100113)   99% ->
114-190  (110573-110649)   100% ->
191-264  (112501-112574)   100% ->
265-366  (112719-112820)   100% ->
367-441  (112927-113001)   100% ->
442-503  (113140-113201)   100% ->
504-555  (114033-114084)   100% ->
556-647  (114394-114485)   100% ->
648-747  (114760-114859)   100% ->
748-826  (114951-115029)   100% ->
827-957  (115123-115253)   100% ->
958-1052  (115572-115666)   100% ->
1053-1160  (115736-115843)   100% ->
1161-1227  (116053-116119)   100% ->
1228-1328  (116429-116529)   100% ->
1329-1395  (117008-117074)   100% ->
1396-1491  (117155-117250)   100% ->
1492-1654  (117512-117674)   100% ->
1655-1791  (118148-118284)   100% ->
1792-1905  (118376-118489)   100% ->
1906-2067  (118587-118748)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGACCTGGAGGCGGTGCTGGCCGACGTGAGCTACCTGATGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGACCTGGAGGCGGTGCTGGCCGACGTGAGCTACCTGATGGCCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGAAGAGCAAGGCCACGCCGGCCGCGCGCGCCAGCAAGAAGATACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 100051 GGAGAAGAGCAAGGCCACGCCGGCCGCGCGCGCCAGCAAGAAGATCCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCCCGAGCCCAG         CATCCGCAGTGTCATGCAGAAGTACCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCCCGAGCCCAGGTG...CAGCATCCGCAGTGTCATGCAGAAGTACCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGACCGGGGCGAGGTGACCTTTGAGAAGATCTTTTCCCAGAAGCTGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 110601 GAGGACCGGGGCGAGGTGACCTTTGAGAAGATCTTTTCCCAGAAGCTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191         GGTACCTGCTCTTCCGAGACTTCTGCCTGAACCACCTGGAGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110651 TG...CAGGGTACCTGCTCTTCCGAGACTTCTGCCTGAACCACCTGGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGCCAGGCCCTTGGTGGAATTCTATGAGGAG         ATCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 112543 AGGCCAGGCCCTTGGTGGAATTCTATGAGGAGGTG...CAGATCAAGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TACGAGAAGCTGGAGACGGAGGAGGAGCGTGTGGCCCGCAGCCGGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112728 TACGAGAAGCTGGAGACGGAGGAGGAGCGTGTGGCCCGCAGCCGGGAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTTCGACTCATACATCATGAAGGAGCTGCTGGCCTGCTCGCAT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 112778 CTTCGACTCATACATCATGAAGGAGCTGCTGGCCTGCTCGCATGTG...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    367   CCCTTCTCGAAGAGTGCCACTGAGCATGTCCAAGGCCACCTGGGGAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112925 AGCCCTTCTCGAAGAGTGCCACTGAGCATGTCCAAGGCCACCTGGGGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAGCAGGTGCCTCCGGATCTCTTCCAG         CCATACATCGAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 112975 AAGCAGGTGCCTCCGGATCTCTTCCAGGTG...TAGCCATACATCGAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GATTTGTCAAAACCTCCGAGGGGACGTGTTCCAGAAATTCATTGAGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 113154 GATTTGTCAAAACCTCCGAGGGGACGTGTTCCAGAAATTCATTGAGAGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    504        CGATAAGTTCACACGGTTTTGCCAGTGGAAGAATGTGGAGCTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113204 G...CAGCGATAAGTTCACACGGTTTTGCCAGTGGAAGAATGTGGAGCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AACATCCAC         CTGACCATGAATGACTTCAGCGTGCATCGCAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 114076 AACATCCACGTG...CAGCTGACCATGAATGACTTCAGCGTGCATCGCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CATTGGGCGCGGGGGCTTTGGCGAGGTCTATGGGTGCCGGAAGGCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114426 CATTGGGCGCGGGGGCTTTGGCGAGGTCTATGGGTGCCGGAAGGCTGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CAGGCAAGAT         GTACGCCATGAAGTGCCTGGACAAAAAGCGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 114476 CAGGCAAGATGTG...TAGGTACGCCATGAAGTGCCTGGACAAAAAGCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 ATCAAGATGAAGCAGGGGGAGACCCTGGCCCTGAACGAGCGCATCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114791 ATCAAGATGAAGCAGGGGGAGACCCTGGCCCTGAACGAGCGCATCATGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CTCGCTCGTCAGCACTGGG         GACTGCCCATTCATTGTCTGCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 114841 CTCGCTCGTCAGCACTGGGGTG...TAGGACTGCCCATTCATTGTCTGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 TGTCATACGCGTTCCACACGCCAGACAAGCTCAGCTTCATCCTGGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114973 TGTCATACGCGTTCCACACGCCAGACAAGCTCAGCTTCATCCTGGACCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 ATGAACG         GTGGGGACCTGCACTACCACCTCTCCCAGCACGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115023 ATGAACGGTG...CAGGTGGGGACCTGCACTACCACCTCTCCCAGCACGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 GGTCTTCTCAGAGGCTGACATGCGCTTCTATGCGGCCGAGATCATCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115157 GGTCTTCTCAGAGGCTGACATGCGCTTCTATGCGGCCGAGATCATCCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 GCCTGGAGCACATGCACAACCGCTTCGTGGTCTACCGGGACCTGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 115207 GCCTGGAGCACATGCACAACCGCTTCGTGGTCTACCGGGACCTGAAGGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    958       CCAGCCAACATCCTTCTGGACGAGCATGGCCACGTGCGGATCTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115257 ...CAGCCAGCCAACATCCTTCTGGACGAGCATGGCCACGTGCGGATCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 GGACCTGGGCCTGGCCTGTGACTTCTCCAAGAAGAAGCCCCATGCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115616 GGACCTGGGCCTGGCCTGTGACTTCTCCAAGAAGAAGCCCCATGCCAGCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 T         GGGCACCCACGGGTACATGGCTCCGGAGGTCCTGCAGAAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115666 TGTG...CAGGGGCACCCACGGGTACATGGCTCCGGAGGTCCTGCAGAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 GGCGTGGCCTACGACAGCAGTGCCGACTGGTTCTCTCTGGGGTGCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115776 GGCGTGGCCTACGACAGCAGTGCCGACTGGTTCTCTCTGGGGTGCATGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CTTCAAGTTGCTGCGGGG         GCACAGCCCCTTCCGGCAGCACA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 115826 CTTCAAGTTGCTGCGGGGGTG...CAGGCACAGCCCCTTCCGGCAGCACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 AGACCAAAGACAAGCATGAGATCGACCGCATGACGCTGACGATG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 116076 AGACCAAAGACAAGCATGAGATCGACCGCATGACGCTGACGATGGTG...

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1228    GCCGTGGAGCTGCCCGACTCCTTCTCCCCTGAACTACGCTCCCTGCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116426 AAGGCCGTGGAGCTGCCCGACTCCTTCTCCCCTGAACTACGCTCCCTGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 GGAGGGGTTGCTGCAGAGGGATGTCAACCGGAGATTGGGCTGCCTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116476 GGAGGGGTTGCTGCAGAGGGATGTCAACCGGAGATTGGGCTGCCTGGGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 GAGG         GGCTCAGGAGGTGAAAGAGAGCCCCTTTTTCCGCTCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116526 GAGGGTG...CAGGGCTCAGGAGGTGAAAGAGAGCCCCTTTTTCCGCTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 CTGGACTGGCAGATGGTCTTCTTGCAGAAG         TACCCTCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 117045 CTGGACTGGCAGATGGTCTTCTTGCAGAAGGTA...CAGTACCCTCCCCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1407 GCTGATCCCCCCACGAGGGGAGGTGAACGCGGCCGACGCCTTCGACATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117166 GCTGATCCCCCCACGAGGGGAGGTGAACGCGGCCGACGCCTTCGACATTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 GCTCCTTCGATGAGGAGGACACAAAAGGAATCAAG         TTACTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 117216 GCTCCTTCGATGAGGAGGACACAAAAGGAATCAAGGTA...AAGTTACTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1498 GACAGTGATCAGGAGCTCTACCGCAACTTCCCCCTCACCATCTCGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117518 GACAGTGATCAGGAGCTCTACCGCAACTTCCCCCTCACCATCTCGGAGCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1548 GTGGCAGCAGGAGGTGGCAGAGACTGTCTTCGACACCATCAACGCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117568 GTGGCAGCAGGAGGTGGCAGAGACTGTCTTCGACACCATCAACGCTGAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1598 CAGACCGGCTGGAGGCTCGCAAGAAAGCCAAGAACAAGCAGCTGGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117618 CAGACCGGCTGGAGGCTCGCAAGAAAGCCAAGAACAAGCAGCTGGGCCAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 GAGGAAG         ACTACGCCCTGGGCAAGGACTGCATCATGCATGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117668 GAGGAAGGTG...CAGACTACGCCCTGGGCAAGGACTGCATCATGCATGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1689 CTACATGTCCAAGATGGGCAACCCCTTCCTGACCCAGTGGCAGCGGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118182 CTACATGTCCAAGATGGGCAACCCCTTCCTGACCCAGTGGCAGCGGCGGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1739 ACTTCTACCTGTTCCCCAACCGCCTCGAGTGGCGGGGCGAGGGCGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118232 ACTTCTACCTGTTCCCCAACCGCCTCGAGTGGCGGGGCGAGGGCGAGGCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 CCG         CAGAGCCTGCTGACCATGGAGGAGATCCAGTCGGTGGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118282 CCGGTA...CAGCAGAGCCTGCTGACCATGGAGGAGATCCAGTCGGTGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1830 GGAGACGCAGATCAAGGAGCGCAAGTGCCTGCTCCTCAAGATCCGCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118414 GGAGACGCAGATCAAGGAGCGCAAGTGCCTGCTCCTCAAGATCCGCGGTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1880 GGAAACAGTTCATTTTGCAGTGCGAT         AGCGACCCTGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 118464 GGAAACAGTTCATTTTGCAGTGCGATGTG...CAGAGCGACCCTGAGCTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1921 GTGCAGTGGAAGAAGGAGCTGCGCGACGCCTACCGCGAGGCCCAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118602 GTGCAGTGGAAGAAGGAGCTGCGCGACGCCTACCGCGAGGCCCAGCAGCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1971 GGTGCAGCGGGTGCCCAAGATGAAGAACAAGCCGCGCTCGCCCGTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118652 GGTGCAGCGGGTGCCCAAGATGAAGAACAAGCCGCGCTCGCCCGTGGTGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2021 AGCTGAGCAAGGTGCCGCTGGTCCAGCGCGGCAGTGCCAACGGCCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118702 AGCTGAGCAAGGTGCCGCTGGTCCAGCGCGGCAGTGCCAACGGCCTC