seq1 = pF1KE1378.tfa, 747 bp
seq2 = pF1KE1378/gi568815580f_9002744.tfa (gi568815580f:9002744_9234276), 231533 bp

>pF1KE1378 747
>gi568815580f:9002744_9234276 (Chr18)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-120  (115095-115160)   100% ->
121-183  (116583-116645)   100% ->
184-300  (116731-116847)   100% ->
301-469  (119770-119938)   100% ->
470-579  (122131-122240)   100% ->
580-656  (124088-124164)   100% ->
657-747  (131443-131533)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCTTCTCCGCGGCGCTCCGGGCCCGGGCGGCTGGCCTCACCGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCTTCTCCGCGGCGCTCCGGGCCCGGGCGGCTGGCCTCACCGCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGG         GGAAGACATGTAAGGAATTTGCATAAGACAGTTATGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGGGTA...TAGGGAAGACATGTAAGGAATTTGCATAAGACAGTTATGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAAATGGAGCTGGAGGAGCTTTATTTGTG         CACAGAGATACT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 115132 AAAATGGAGCTGGAGGAGCTTTATTTGTGGTA...TAGCACAGAGATACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CCTGAGAATAACCCTGATACTCCATTTGATTTCACACCAGAAAACTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116595 CCTGAGAATAACCCTGATACTCCATTTGATTTCACACCAGAAAACTATAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 G         AGGATAGAGGCAATTGTAAAAAACTATCCAGAAGGCCATA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116645 GGTA...CAGAGGATAGAGGCAATTGTAAAAAACTATCCAGAAGGCCATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AAGCAGCAGCTGTTCTTCCAGTCCTGGATTTAGCCCAAAGGCAGAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116771 AAGCAGCAGCTGTTCTTCCAGTCCTGGATTTAGCCCAAAGGCAGAATGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TGGTTGCCCATCTCTGCTATGAACAAG         GTTGCAGAAGTTTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 116821 TGGTTGCCCATCTCTGCTATGAACAAGGTA...TAGGTTGCAGAAGTTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 ACAAGTACCTCCAATGAGAGTATATGAAGTAGCAACTTTTTATACAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119784 ACAAGTACCTCCAATGAGAGTATATGAAGTAGCAACTTTTTATACAATGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATAATCGAAAGCCAGTTGGAAAGTATCACATTCAGGTCTGCACTACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119834 ATAATCGAAAGCCAGTTGGAAAGTATCACATTCAGGTCTGCACTACTACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCCTGCATGCTTCGAAACTCTGACAGCATACTGGAGGCCATTCAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119884 CCCTGCATGCTTCGAAACTCTGACAGCATACTGGAGGCCATTCAGAAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCTTG         GAATAAAGGTTGGGGAGACTACACCTGACAAACTTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119934 GCTTGGTA...TAGGAATAAAGGTTGGGGAGACTACACCTGACAAACTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TCACTCTTATAGAAGTGGAATGTTTAGGGGCCTGTGTGAACGCACCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122167 TCACTCTTATAGAAGTGGAATGTTTAGGGGCCTGTGTGAACGCACCAATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTTCAAATAAATGACAATTACTAT         GAGGATTTGACAGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 122217 GTTCAAATAAATGACAATTACTATGTG...CAGGAGGATTTGACAGCTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGATATTGAAGAAATTATTGATGAGCTCAAGGCTGGCAAAATCCCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124105 GGATATTGAAGAAATTATTGATGAGCTCAAGGCTGGCAAAATCCCAAAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAGGGCCAAG         GAGTGGACGCTTCTCTTGTGAGCCAGCTGGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 124155 CAGGGCCAAGGTA...CAGGAGTGGACGCTTCTCTTGTGAGCCAGCTGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GGTCTTACCTCTTTGACTGAACCACCCAAGGGACCTGGATTTGGTGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131474 GGTCTTACCTCTTTGACTGAACCACCCAAGGGACCTGGATTTGGTGTACA

    800     .    :
    738 AGCAGGCCTT
        ||||||||||
 131524 AGCAGGCCTT