seq1 = pF1KE1374.tfa, 1284 bp
seq2 = pF1KE1374/gi568815579f_3281709.tfa (gi568815579f:3281709_3552666), 270958 bp

>pF1KE1374 1284
>gi568815579f:3281709_3552666 (Chr19)

1-30  (84929-84958)   100% ->
31-562  (100004-100535)   100% ->
563-634  (143398-143469)   100% ->
635-709  (151810-151884)   100% ->
710-833  (152569-152692)   100% ->
834-958  (153375-153499)   100% ->
959-1084  (167306-167431)   100% ->
1085-1269  (170774-170958)   100% ->
1270-1284  (181044-181058)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTATTCGTCCCCGCTCTGCCTCACCCAG         GATGAGTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  84929 ATGTATTCGTCCCCGCTCTGCCTCACCCAGGTA...CAGGATGAGTTCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCCGTTCATCGAGGCCCTGCTGCCTCACGTCCGCGCCTTCGCCTACACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100015 CCCGTTCATCGAGGCCCTGCTGCCTCACGTCCGCGCCTTCGCCTACACCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGTTCAACCTGCAGGCGCGGAAGCGCAAGTACTTCAAGAAGCACGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100065 GGTTCAACCTGCAGGCGCGGAAGCGCAAGTACTTCAAGAAGCACGAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGGATGTCGAAGGACGAGGAGCGTGCGGTCAAGGACGAGCTGCTGGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100115 CGGATGTCGAAGGACGAGGAGCGTGCGGTCAAGGACGAGCTGCTGGGCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAAGCCCGAGGTCAAGCAGAAGTGGGCGTCGCGGCTGCTGGCCAAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100165 GAAGCCCGAGGTCAAGCAGAAGTGGGCGTCGCGGCTGCTGGCCAAGCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCAAGGACATCCGGCCCGAGTGCCGCGAGGACTTCGTGCTGAGCATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100215 GCAAGGACATCCGGCCCGAGTGCCGCGAGGACTTCGTGCTGAGCATCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGCAAGAAGGCGCCGGGCTGCGTGCTCTCCAACCCCGACCAGAAGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100265 GGCAAGAAGGCGCCGGGCTGCGTGCTCTCCAACCCCGACCAGAAGGGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GATGCGGCGCATCGACTGTCTCCGGCAGGCGGACAAGGTGTGGCGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100315 GATGCGGCGCATCGACTGTCTCCGGCAGGCGGACAAGGTGTGGCGGCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACCTGGTCATGGTCATCCTGTTCAAGGGCATCCCGCTGGAGAGCACCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100365 ACCTGGTCATGGTCATCCTGTTCAAGGGCATCCCGCTGGAGAGCACCGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGCGAGCGCCTGGTCAAGGCTGCGCAGTGCGGTCACCCGGTCCTGTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100415 GGCGAGCGCCTGGTCAAGGCTGCGCAGTGCGGTCACCCGGTCCTGTGCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCAGCCGCACCACATTGGCGTGGCCGTCAAGGAGCTGGACCTCTACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100465 GCAGCCGCACCACATTGGCGTGGCCGTCAAGGAGCTGGACCTCTACCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCTACTTCGTGCGTGAGCGAG         ATGCAGAGCAAAGCGGCAGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100515 CCTACTTCGTGCGTGAGCGAGGTG...CAGATGCAGAGCAAAGCGGCAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CCCCGGACAGGGATGGGCTCTGACCAGGAGGACAGCAAGCCCATCACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143418 CCCCGGACAGGGATGGGCTCTGACCAGGAGGACAGCAAGCCCATCACGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GG         ACACGACCGACTTCCAGGAGAGCTTTGTCACCTCCGGCG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143468 GGGTG...CAGACACGACCGACTTCCAGGAGAGCTTTGTCACCTCCGGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGTTCAGCGTCACTGAGCTCATCCAAGTGTCCCGGA         CACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 151849 TGTTCAGCGTCACTGAGCTCATCCAAGTGTCCCGGAGTG...CAGCACCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTGGTGACTGGAACAGGACCCAACTTCTCCCTGGGGGAGCTGCAGGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152574 GTGGTGACTGGAACAGGACCCAACTTCTCCCTGGGGGAGCTGCAGGGGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCTGGCATACGACCTGAACCCAGCCAGCACTGGCCTCAGAAGAACGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152624 CCTGGCATACGACCTGAACCCAGCCAGCACTGGCCTCAGAAGAACGCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCAGCACCTCCTCCAGTGG         GAGCAAGCGGCACAAATCGGGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 152674 CCAGCACCTCCTCCAGTGGGTA...AAGGAGCAAGCGGCACAAATCGGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TCGATGGAGGAAGACGTGGACACGAGCCCTGGCGGCGATTACTACACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153397 TCGATGGAGGAAGACGTGGACACGAGCCCTGGCGGCGATTACTACACTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GCCCAGCTCGCCCACGAGTAGCAGCCGCAACTGGACGGAGGACATGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153447 GCCCAGCTCGCCCACGAGTAGCAGCCGCAACTGGACGGAGGACATGGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GAG         GCATCTCGTCCCCGGTGAAGAAGACAGAGATGGACAAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153497 GAGGTA...CAGGCATCTCGTCCCCGGTGAAGAAGACAGAGATGGACAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TCACCATTCAACAGCCCGTCCCCCCAGGACTCTCCCCGCCTCTCCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167344 TCACCATTCAACAGCCCGTCCCCCCAGGACTCTCCCCGCCTCTCCAGCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CACCCAGCACCACCGGCCCGTCATCGCCGTGCACAGCG         GGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 167394 CACCCAGCACCACCGGCCCGTCATCGCCGTGCACAGCGGTA...CAGGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TCGCCCGGAGCCCACACCCGTCCTCCGCTCTGCATTTCCCTACGACGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170777 TCGCCCGGAGCCCACACCCGTCCTCCGCTCTGCATTTCCCTACGACGTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ATCCTACCCCAGACGGCCTCCACCTACTTCCCCCACACGGCCATCCGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170827 ATCCTACCCCAGACGGCCTCCACCTACTTCCCCCACACGGCCATCCGCTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CCCACCTCATCTCAACCCCCAGGACCCGCTCAAAGATCTTGTCTCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170877 CCCACCTCATCTCAACCCCCAGGACCCGCTCAAAGATCTTGTCTCGCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CCTGCGACCCAGCCAGCCAGCAACCTGGACCG         TCCTGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 170927 CCTGCGACCCAGCCAGCCAGCAACCTGGACCGGTG...CAGTCCTGGTAT

   1350     .
   1279 CTGGGA
        ||||||
 181053 CTGGGA