seq1 = pF1KE1367.tfa, 1110 bp
seq2 = pF1KE1367/gi568815578r_1343752.tfa (gi568815578r:1343752_1566824), 223073 bp

>pF1KE1367 1110
>gi568815578r:1343752_1566824 (Chr20)

(complement)

1-105  (100001-100105)   100% ->
106-203  (102399-102496)   100% ->
204-278  (108551-108625)   100% ->
279-444  (111693-111858)   100% ->
445-537  (112520-112612)   100% ->
538-647  (113685-113794)   100% ->
648-785  (114195-114332)   100% ->
786-950  (120995-121159)   100% ->
951-1110  (122914-123073)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGAGCGACAGGAGGCGCTGAGGGAGTTCGTGGCGGTGACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGGAGCGACAGGAGGCGCTGAGGGAGTTCGTGGCGGTGACGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCGAGGAGGACCGGGCCCGCTTCTTTCTCGAGTCGGCCGGCTGGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCGAGGAGGACCGGGCCCGCTTCTTTCTCGAGTCGGCCGGCTGGGACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCAG         ATCGCGCTAGCGAGCTTTTATGAGGACGGAGGGGAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCAGGTA...CAGATCGCGCTAGCGAGCTTTTATGAGGACGGAGGGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAGACATTGTGACCATTTCGCAGGCAACCCCCAGTTCAGTGTCCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102435 GAAGACATTGTGACCATTTCGCAGGCAACCCCCAGTTCAGTGTCCAGAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACAGCCCCCAG         TGATAATAGAGTGACATCCTTCAGAGACC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 102485 CACAGCCCCCAGGTA...CAGTGATAATAGAGTGACATCCTTCAGAGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCATTCATGACCAAGATGAAGATGAGGAGGAAGAGGAAGGCCAGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 108580 TCATTCATGACCAAGATGAAGATGAGGAGGAAGAGGAAGGCCAGAGGTG.

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    279      GTTTTATGCTGGGGGCTCAGAGAGAAGTGGACAGCAGATTGTTGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108630 ..CAGGTTTTATGCTGGGGGCTCAGAGAGAAGTGGACAGCAGATTGTTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCCTCCCAGGAAGAAAAGTCCCAACGAGCTGGTGGATGATCTCTTTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111738 CCCTCCCAGGAAGAAAAGTCCCAACGAGCTGGTGGATGATCTCTTTAAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTGCCAAAGAGCATGGAGCTGTAGCTGTGGAGCGAGTGACCAAGAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111788 GTGCCAAAGAGCATGGAGCTGTAGCTGTGGAGCGAGTGACCAAGAGCCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGAGAGACCAGTAAACCGAGA         CCATTTGCAGGAGGTGGCTA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 111838 GGAGAGACCAGTAAACCGAGAGTG...TAGCCATTTGCAGGAGGTGGCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCGCCTTGGGGCAGCACCAGAGGAAGAGTCTGCCTATGTGGCAGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112540 CCGCCTTGGGGCAGCACCAGAGGAAGAGTCTGCCTATGTGGCAGGAGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGAGGCAGCATTCCAGCCAAGAT         GTTCATGTAGTATTGAAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 112590 AGAGGCAGCATTCCAGCCAAGATGTG...CAGGTTCATGTAGTATTGAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTCTGGAAGAGTGGATTCAGCCTGGATAATGGAGAACTCAGAAGCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113703 CTCTGGAAGAGTGGATTCAGCCTGGATAATGGAGAACTCAGAAGCTACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGACCCATCCAATGCCCAGTTTCTGGAGTCTATCCGCAGAGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 113753 AGACCCATCCAATGCCCAGTTTCTGGAGTCTATCCGCAGAGGGTG...CA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    648  GGAGGTGCCAGCAGAGCTTCGGAGGCTAGCTCACGGTGGACAGGTGAAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114194 GGGAGGTGCCAGCAGAGCTTCGGAGGCTAGCTCACGGTGGACAGGTGAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTGGATATGGAGGACCATCGGGACGAGGACTTTGTGAAGCCCAAAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114244 TTGGATATGGAGGACCATCGGGACGAGGACTTTGTGAAGCCCAAAGGAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTTCAAAGCCTTCACTGGCGAGGGTCAGAAACTGGGCAG         CA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 114294 CTTCAAAGCCTTCACTGGCGAGGGTCAGAAACTGGGCAGGTA...CAGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTGCCCCCCAGGTGTTGAGTACCAGCTCTCCAGCCCAACAGGCAGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120997 CTGCCCCCCAGGTGTTGAGTACCAGCTCTCCAGCCCAACAGGCAGAAAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAAGCCAAAGCCAGCTCTTCCATCTTAATCGACGAATCAGAGCCTACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121047 GAAGCCAAAGCCAGCTCTTCCATCTTAATCGACGAATCAGAGCCTACCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AAACATCCAAATTCGGCTTGCAGACGGCGGGAGGCTGGTGCAGAAATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121097 AAACATCCAAATTCGGCTTGCAGACGGCGGGAGGCTGGTGCAGAAATTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACCACAGCCACAG         GATCAGCGACATCCGACTCTTCATCGTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 121147 ACCACAGCCACAGGTA...CAGGATCAGCGACATCCGACTCTTCATCGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GATGCCCGGCCAGCCATGGCTGCCACCAGCTTTATCCTCATGACTACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122942 GATGCCCGGCCAGCCATGGCTGCCACCAGCTTTATCCTCATGACTACTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCCGAACAAAGAGCTGGCTGATGAGAGCCAGACCCTGAAGGAAGCCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122992 CCCGAACAAAGAGCTGGCTGATGAGAGCCAGACCCTGAAGGAAGCCAACC

   1150     .    :    .    :    .    :
   1079 TGCTCAATGCTGTCATCGTGCAGCGGTTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 123042 TGCTCAATGCTGTCATCGTGCAGCGGTTAACA