seq1 = pF1KE1363.tfa, 1755 bp
seq2 = pF1KE1363/gi568815595f_150452354.tfa (gi568815595f:150452354_150683908), 231555 bp

>pF1KE1363 1755
>gi568815595f:150452354_150683908 (Chr3)

1-28  (94450-94477)   100% ->
29-98  (100003-100072)   100% ->
99-173  (106035-106109)   100% ->
174-292  (110189-110307)   100% ->
293-392  (111162-111261)   100% ->
393-475  (111946-112028)   100% ->
476-549  (115340-115413)   98% ->
550-694  (115549-115693)   100% ->
695-811  (115823-115939)   100% ->
812-1383  (119605-120176)   100% ->
1384-1497  (123296-123409)   100% ->
1498-1626  (129265-129393)   100% ->
1627-1692  (130847-130912)   100% ->
1693-1755  (131493-131555)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCCGTCCACGCCGCTCTTGACAG         TCCGAGGATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
  94450 ATGGCGCCGTCCACGCCGCTCTTGACAGGTG...TAGTCCGAGGATCAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGGACTGTACATGGTGAATGGACCACCACATTTTACAGAAAGCACAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100016 AGGACTGTACATGGTGAATGGACCACCACATTTTACAGAAAGCACAGTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTCCAAG         GGAATCTGGGAAGAATTGCAAAGTCTGTATCTTT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100066 TTCCAAGGTA...CAGGGAATCTGGGAAGAATTGCAAAGTCTGTATCTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AGTAAGGATGGGACCTTGTTTGCCTGGGGCAATGGAGAAAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106069 AGTAAGGATGGGACCTTGTTTGCCTGGGGCAATGGAGAAAAGTT...CAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 AGTAAATATTATCAGTGTCACTAACAAGGGACTACTGCACTCCTTCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110189 AGTAAATATTATCAGTGTCACTAACAAGGGACTACTGCACTCCTTCGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TCCTGAAGGCAGTTTGCCTTGAATTCTCACCCAAAAATACTGTCCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110239 TCCTGAAGGCAGTTTGCCTTGAATTCTCACCCAAAAATACTGTCCTGGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACGTGGCAGCCTTACACTA         CTTCTAAAGATGGCACAGCTGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 110289 ACGTGGCAGCCTTACACTAGTA...CAGCTTCTAAAGATGGCACAGCTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GATACCCAACCTACAACTTTATGATGTGAAAACTGGGACATGTTTGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111184 GATACCCAACCTACAACTTTATGATGTGAAAACTGGGACATGTTTGAAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTTTCATCCAGAAAAAAATGCAAAATTG         GTGTCCATCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 111234 CTTTCATCCAGAAAAAAATGCAAAATTGGTA...TAGGTGTCCATCCTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TCAGAAGATGAAACTCTTTGTGCCCGCAATGTTAACAATGAAGTTCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111959 TCAGAAGATGAAACTCTTTGTGCCCGCAATGTTAACAATGAAGTTCACTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTTTGAAAACAACAATTTTA         ACACAATTGCAAATAAATTGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 112009 CTTTGAAAACAACAATTTTAGTA...TAGACACAATTGCAAATAAATTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 ATTTGCAAAAAATTAATGACTTTGTATTATCACCTGGACCCCAACCATAC
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 115361 ATTTGCAAAAAATTAATGATTTTGTATTATCACCTGGACCCCAACCATAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AAG         GTGGCTGTCTATGTTCCAGGAAGTAAAGGTGCACCTTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115411 AAGGTA...TAGGTGGCTGTCTATGTTCCAGGAAGTAAAGGTGCACCTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 ATTTGTTAGATTATATCAGTACCCCAACTTTGCTGGACCTCATGCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115587 ATTTGTTAGATTATATCAGTACCCCAACTTTGCTGGACCTCATGCAGCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TAGCTAATAAAAGTTTCTTTAAGGCAGATAAAGTTACAATGCTGTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115637 TAGCTAATAAAAGTTTCTTTAAGGCAGATAAAGTTACAATGCTGTGGAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AAAAAAG         CTACTGCTGTGTTGGTAATAGCTAGCACAGATGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115687 AAAAAAGGTA...TAGCTACTGCTGTGTTGGTAATAGCTAGCACAGATGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TGACAAGACAGGAGCTTCCTACTATGGAGAACAAACTCTACACTACATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115857 TGACAAGACAGGAGCTTCCTACTATGGAGAACAAACTCTACACTACATTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CAACAAATGGAGAAAGTGCTGTAGTGCAATTAC         CAAAAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 115907 CAACAAATGGAGAAAGTGCTGTAGTGCAATTACGTG...TAGCAAAAAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GGCCCCATTTATGATGTAGTTTGGAATTCTAGTTCTACTGAGTTTTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119613 GGCCCCATTTATGATGTAGTTTGGAATTCTAGTTCTACTGAGTTTTGTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TGTATATGGTTTTATGCCTGCCAAAGCGACAATTTTCAACTTGAAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119663 TGTATATGGTTTTATGCCTGCCAAAGCGACAATTTTCAACTTGAAATGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ATCCTGTATTTGACTTTGGAACTGGTCCTCGTAATGCAGCCTACTATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119713 ATCCTGTATTTGACTTTGGAACTGGTCCTCGTAATGCAGCCTACTATAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CCTCATGGACATATATTAGTATTAGCTGGATTTGGAAATCTGAGGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119763 CCTCATGGACATATATTAGTATTAGCTGGATTTGGAAATCTGAGGGGACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AATGGAAGTGTGGGATGTGAAAAACTACAAACTTATTTCTAAACCGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119813 AATGGAAGTGTGGGATGTGAAAAACTACAAACTTATTTCTAAACCGGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTTCTGATTCTACATATTTTGCTTGGTGCCCGGATGGTGAGCATATTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119863 CTTCTGATTCTACATATTTTGCTTGGTGCCCGGATGGTGAGCATATTTTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ACAGCTACATGTGCTCCCAGGTTACGGGTTAATAATGGATACAAAATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119913 ACAGCTACATGTGCTCCCAGGTTACGGGTTAATAATGGATACAAAATTTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GCATTATACTGGCTCTATCTTGCACAAGTATGATGTGCCATCAAATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119963 GCATTATACTGGCTCTATCTTGCACAAGTATGATGTGCCATCAAATGCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AATTATGGCAGGTTTCTTGGCAGCCATTTTTGGATGGAATATTTCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120013 AATTATGGCAGGTTTCTTGGCAGCCATTTTTGGATGGAATATTTCCAGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AAAACAATAACTTACCAAGCAGTTCCAAGTGAAGTACCCAATGAGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120063 AAAACAATAACTTACCAAGCAGTTCCAAGTGAAGTACCCAATGAGGAACC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TAAAGTTGCAACAGCTTATAGACCCCCAGCTTTAAGAAATAAACCAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120113 TAAAGTTGCAACAGCTTATAGACCCCCAGCTTTAAGAAATAAACCAATCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CCAATTCCAAATTG         CATGAAGAGGAACCACCTCAGAATATG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 120163 CCAATTCCAAATTGGTA...TAGCATGAAGAGGAACCACCTCAGAATATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 AAACCACAATCAGGAAACGATAAGCCATTATCAAAAACAGCTCTTAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123323 AAACCACAATCAGGAAACGATAAGCCATTATCAAAAACAGCTCTTAAAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TCAAAGGAAGCATGAAGCTAAGAAAGCTGCAAAGCAG         GAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 123373 TCAAAGGAAGCATGAAGCTAAGAAAGCTGCAAAGCAGGTA...CAGGAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CAAGAAGTGACAAGAGTCCAGATTTGGCACCTACTCCTGCCCCACAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129269 CAAGAAGTGACAAGAGTCCAGATTTGGCACCTACTCCTGCCCCACAGAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 ACACCACGAAACACTGTCTCTCAGTCAATTTCTGGGGACCCTGAGATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129319 ACACCACGAAACACTGTCTCTCAGTCAATTTCTGGGGACCCTGAGATAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CAAAAAAATCAAGAACCTAAAGAAG         AAACTGAAAGCAATCG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 129369 CAAAAAAATCAAGAACCTAAAGAAGGTG...CAGAAACTGAAAGCAATCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 AACAACTGAAAGAACAAGCAGCAACTGGAAAACAGCTAGAAAAAAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130863 AACAACTGAAAGAACAAGCAGCAACTGGAAAACAGCTAGAAAAAAATCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693          TTGGAGAAAATTCAGAAAGAAACAGCCCTTCTCCAGGAGCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130913 GTA...TAGTTGGAGAAAATTCAGAAAGAAACAGCCCTTCTCCAGGAGCT

   1850     .    :    .    :
   1734 GGAAGATTTGAAATTGGGTATT
        |||||||||| |||||||||||
 131534 GGAAGATTTGGAATTGGGTATT