seq1 = pF1KE1361.tfa, 297 bp
seq2 = pF1KE1361/gi568815594f_73640659.tfa (gi568815594f:73640659_73842033), 201375 bp

>pF1KE1361 297
>gi568815594f:73640659_73842033 (Chr4)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-200  (100884-101019)   100% ->
201-291  (101291-101379)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTTCCAAGCTGGCCGTGGCTCTCTTGGCAGCCTTCCTGATTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTTCCAAGCTGGCCGTGGCTCTCTTGGCAGCCTTCCTGATTTCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCTCTGTGTGAAG         GTGCAGTTTTGCCAAGGAGTGCTAAAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCTCTGTGTGAAGGTA...CAGGTGCAGTTTTGCCAAGGAGTGCTAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AACTTAGATGTCAGTGCATAAAGACATACTCCAAACCTTTCCACCCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100911 AACTTAGATGTCAGTGCATAAAGACATACTCCAAACCTTTCCACCCCAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTATCAAAGAACTGAGAGTGATTGAGAGTGGACCACACTGCGCCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100961 TTTATCAAAGAACTGAGAGTGATTGAGAGTGGACCACACTGCGCCAACAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAAATTAT         TGTAAAGCTTTCTGATGGAAGAGAGCTCTGTC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101011 AGAAATTATGTA...CAGTGTAAAGCTTTCTGATGGAAGAGAGCTCTGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGACCCCAAGGAAAACTGGGTGCAGAGGGTTGTGGAGAAGTTTTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101323 TGGACCCCAAGGAAAACTGGGTGCAGAGGGTTGTGGAGAAGTTTTTGAAG

    300     .
    283 AGGGCTGAG
        |||--| ||
 101373 AGG  TAAG