seq1 = pF1KE1360.tfa, 717 bp
seq2 = pF1KE1360/gi568815585f_48671179.tfa (gi568815585f:48671179_48871826), 200648 bp

>pF1KE1360 717
>gi568815585f:48671179_48871826 (Chr13)

1-717  (99947-100648)   94%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAAGCCGTGTGGGGTGCGCCTGAGCGGGGAAGCCCGCAAACAGGT
        | ||||||||| ||| |||||||||||||||------|----||||||||
  99947 ACGGCCAAGCCATGTAGGGTGCGCCTGAGCG      C    AAACAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGGTCTTCAGACAGAATCTTTTCCAGGAGGCTGAGGAATTCCTCTACA
        ||||||||||   |-----|||||||||||||||||||||||||||||||
  99987 GGAGGTCTTCCTTC     CTTTTCCAGGAGGCTGAGGAATTCCTCTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GATTCTTGCCACAGAAAATCATATACCTGAATCAGCTCTTGCAAGAGGAC
        ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |
 100032 GATTCTTGCCACAGAAAATCACATACCTGAATCAGCTCTTGCGAGAGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCCTCAATGTGGCTGACTTGACTTCCCTCCGGGCCCCACTGGACATCCC
        ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100082 TCCCTCAGTGTGGCTGACCTGACTTCCCTCCGGGCCCCACTGGACATCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATCCCAGACCCTCCACCCAAGGATGATGAGATGGAAACAGATAAGCAGG
        || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100132 CAACCCAGACCCTCCACCCAAGGATGATGAGATGGAAACAGATAAGTAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGAAGAAAGAAGTCCCTAAGTGTGGATTTCTCCCTGGGAATGAGAAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100182 AGAAGAAAGAAGTCCCTAAGTGTGGATTTCTCCCTGGGAATAAGAAAGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGTCCCTGCTTGCCCTGGTTAAGCCAGAAGTCTGGACTCTCAAAGAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 100232 CTGTCCCTGCTTGCCCTGGTTAAGCCAGAATTCTGGACTCTCAAAGAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ATGCATTCTGGTGATTACATGGATCCAACACCTGATCCCCAAGATTGAAG
        || |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
 100282 ATTCATTCTGGTGATTACATGGATCCAGCACCTAATCCCCAAGATTGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATGGAAATGATTTTGGGGTAGCAATCCAGGAGAAGGTGCTGGAGAGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100332 ATGGAAATGATTTTGGGGTAGCAATCCAGGAGAAGGTGCTGGAGAGGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AATGCCGTCAAGACCAAAGTGGAAGCTTTCCAGACAACCATTTCCAAGTA
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100382 AATGCTGTCAAGACCAAAGTGGAAGCTTTCCAGACAACCATTTCCAAGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTCTCAGAACGTGGGGATGCTGTGGCCAAGGCCTCCAAGGAGACTCATG
         |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
 100432 ATTCTCAGAACGTGGGGATGCTGCGGCCAAGGCCTCCGAGGAGACTCATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TAATGGATTACCGGGCCTTGGTGCATGAGCGAGATGAGGCAGCCTATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100482 TAATGGATTACCGGGCCTTGGTGCATGAGCGAGATGAGGCAGCCTATGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAGCTCAGGGCCATGGTGCTGGACCTGAGGGCCTTCTATGCTGAGCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100532 GAGCTCAGGGCCATGGTGCTGGACCTGAGGGCCTTCTATGCTGAGCTTTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TCATATCATCAGCAGCAACCTGGAGAAAATTGTCAACCCAAAGGGTGAAG
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100582 TCATATCATCAACAGCAACCTGGAGAAAATTGTCAACCCAAAGGGTGAAA

    700     .    :    .
    701 AAAAGCCATCTATGTAC
        | |||||||||||||||
 100632 AGAAGCCATCTATGTAC