seq1 = pF1KE1360.tfa, 717 bp
seq2 = pF1KE1360/gi568815584r_24043412.tfa (gi568815584r:24043412_24246581), 203170 bp

>pF1KE1360 717
>gi568815584r:24043412_24246581 (Chr14)

(complement)

1-48  (100001-100048)   100% ->
49-81  (100342-100374)   100% ->
82-144  (100810-100872)   100% ->
145-231  (101117-101203)   100% ->
232-262  (101309-101339)   100% ->
263-360  (101427-101524)   98% ->
361-429  (102114-102182)   100% ->
430-497  (102323-102390)   100% ->
498-552  (102553-102607)   100% ->
553-639  (102911-102997)   100% ->
640-717  (103093-103170)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAAGCCGTGTGGGGTGCGCCTGAGCGGGGAAGCCCGCAAACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100001 ATGGCCAAGCCGTGTGGGGTGCGCCTGAGCGGGGAAGCCCGCAAACAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        GTGGAGGTCTTCAGACAGAATCTTTTCCAGGAG         G
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100051 A...TAGGTGGAGGTCTTCAGACAGAATCTTTTCCAGGAGGTA...CAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 CTGAGGAATTCCTCTACAGATTCTTGCCACAGAAAATCATATACCTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100811 CTGAGGAATTCCTCTACAGATTCTTGCCACAGAAAATCATATACCTGAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CAGCTCTTGCAA         GAGGACTCCCTCAATGTGGCTGACTTGAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100861 CAGCTCTTGCAAGTG...CAGGAGGACTCCCTCAATGTGGCTGACTTGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 TTCCCTCCGGGCCCCACTGGACATCCCCATCCCAGACCCTCCACCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101146 TTCCCTCCGGGCCCCACTGGACATCCCCATCCCAGACCCTCCACCCAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ATGATGAG         ATGGAAACAGATAAGCAGGAGAAGAAAGAAG  
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101196 ATGATGAGGTG...TAGATGGAAACAGATAAGCAGGAGAAGAAAGAAGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    263        TCCCTAAGTGTGGATTTCTCCCTGGGAATGAGAAAGTCCTGTC
        >...>>>||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101342 A...CAGTCCATAAGTGTGGATTTCTCCCTGGGAATGAGAAAGTCCTGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 CCTGCTTGCCCTGGTTAAGCCAGAAGTCTGGACTCTCAAAGAGAAATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101470 CCTGCTTGCCCTGGTTAAGCCAGAAGTCTGGACTCTCAAAGAGAAATGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 TTCTG         GTGATTACATGGATCCAACACCTGATCCCCAAGATT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101520 TTCTGGTA...CAGGTGATTACATGGATCCAACACCTGATCCCCAAGATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 GAAGATGGAAATGATTTTGGGGTAGCAATCCAG         GAGAAGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 102150 GAAGATGGAAATGATTTTGGGGTAGCAATCCAGGTA...CAGGAGAAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    438 GCTGGAGAGGGTGAATGCCGTCAAGACCAAAGTGGAAGCTTTCCAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102331 GCTGGAGAGGGTGAATGCCGTCAAGACCAAAGTGGAAGCTTTCCAGACAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 CCATTTCCAA         GTACTTCTCAGAACGTGGGGATGCTGTGGCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 102381 CCATTTCCAAGTG...CAGGTACTTCTCAGAACGTGGGGATGCTGTGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    529 AAGGCCTCCAAGGAGACTCATGTA         ATGGATTACCGGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102584 AAGGCCTCCAAGGAGACTCATGTAGTG...CAGATGGATTACCGGGCCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    570 GGTGCATGAGCGAGATGAGGCAGCCTATGGGGAGCTCAGGGCCATGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102928 GGTGCATGAGCGAGATGAGGCAGCCTATGGGGAGCTCAGGGCCATGGTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    620 TGGACCTGAGGGCCTTCTAT         GCTGAGCTTTATCATATCATC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102978 TGGACCTGAGGGCCTTCTATGTG...CAGGCTGAGCTTTATCATATCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    661 AGCAGCAACCTGGAGAAAATTGTCAACCCAAAGGGTGAAGAAAAGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103114 AGCAGCAACCTGGAGAAAATTGTCAACCCAAAGGGTGAAGAAAAGCCATC

    800     .
    711 TATGTAC
        |||||||
 103164 TATGTAC