seq1 = pF1KE1357.tfa, 456 bp
seq2 = pF1KE1357/gi568815575f_119474712.tfa (gi568815575f:119474712_119683252), 208541 bp

>pF1KE1357 456
>gi568815575f:119474712_119683252 (ChrX)

1-44  (100001-100044)   100% ->
45-125  (100190-100270)   100% ->
126-151  (100664-100689)   100% ->
152-241  (106796-106885)   100% ->
242-330  (107877-107965)   100% ->
331-456  (108416-108541)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCACCCCGGCTCGGCGGCGCCTCATGCGGGACTTCAAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100001 ATGTCCACCCCGGCTCGGCGGCGCCTCATGCGGGACTTCAAGAGGTA...

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     45    GTTGCAGGAGGATCCTCCAGCCGGAGTCAGCGGGGCTCCGTCCGAGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100187 AAGGTTGCAGGAGGATCCTCCAGCCGGAGTCAGCGGGGCTCCGTCCGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACAACATAATGGTGTGGAACGCGGTCATTTTCGG         GCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100237 ACAACATAATGGTGTGGAACGCGGTCATTTTCGGGTG...CAGGCCTGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GGGACCCCGTTTGAGGATG         GAACATTTAAACTTACAATAGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100671 GGGACCCCGTTTGAGGATGGTA...CAGGAACATTTAAACTTACAATAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 ATTCACTGAAGAATATCCAAATAAACCACCTACAGTTAGATTTGTCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106818 ATTCACTGAAGAATATCCAAATAAACCACCTACAGTTAGATTTGTCTCTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGATGTTCCATCCAAATG         TCTATGCAGATGGTAGTATATGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 106868 AGATGTTCCATCCAAATGGCA...TAGTCTATGCAGATGGTAGTATATGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 CTGGACATACTTCAGAACCGTTGGAGTCCAACCTATGATGTGTCTTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107900 CTGGACATACTTCAGAACCGTTGGAGTCCAACCTATGATGTGTCTTCCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TCTAACATCCATACAG         TCTCTGTTGGATGAACCCAATCCCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 107950 TCTAACATCCATACAGGTG...TAGTCTCTGTTGGATGAACCCAATCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 ATAGTCCAGCAAACAGCCAGGCTGCTCAGCTGTACCAGGAGAACAAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108441 ATAGTCCAGCAAACAGCCAGGCTGCTCAGCTGTACCAGGAGAACAAACGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GAATATGAAAAGCGTGTTTCTGCAATAGTAGAACAAAGCTGGCGTGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108491 GAATATGAAAAGCGTGTTTCTGCAATAGTAGAACAAAGCTGGCGTGATTG

    500 
    456 T
        |
 108541 T