seq1 = pF1KE1354.tfa, 2733 bp
seq2 = pF1KE1354/gi568815579f_38547746.tfa (gi568815579f:38547746_38829429), 281684 bp

>pF1KE1354 2733
>gi568815579f:38547746_38829429 (Chr19)

1-162  (100001-100162)   100% ->
163-277  (152855-152969)   100% ->
278-397  (153257-153376)   100% ->
398-484  (157189-157275)   100% ->
485-572  (158299-158386)   100% ->
573-651  (160372-160450)   100% ->
652-733  (161650-161731)   100% ->
734-819  (162512-162597)   100% ->
820-912  (166724-166816)   100% ->
913-1143  (169341-169571)   100% ->
1144-1291  (170182-170329)   100% ->
1292-1442  (173793-173943)   100% ->
1443-1551  (175869-175977)   100% ->
1552-1692  (176192-176332)   100% ->
1693-1875  (176412-176594)   100% ->
1876-2010  (176686-176820)   100% ->
2011-2190  (177979-178158)   100% ->
2191-2337  (179212-179358)   100% ->
2338-2418  (180201-180281)   100% ->
2419-2577  (181251-181409)   100% ->
2578-2733  (181529-181684)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGACTACCACGCGGCGAACCAGTCGTACCAGTACGGCCCCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGACTACCACGCGGCGAACCAGTCGTACCAGTACGGCCCCAGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGGGCAATGGCGCTGGCGGCGGGGGCAGCATGGGCGACTACATGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCGGGCAATGGCGCTGGCGGCGGGGGCAGCATGGGCGACTACATGGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGAGGACGACTGGGACCGGGACCTGCTGCTGGACCCGGCCTGGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGAGGACGACTGGGACCGGGACCTGCTGCTGGACCCGGCCTGGGAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGCAGCGCAAG         ACCTTCACGGCATGGTGCAACTCCCACCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGCAGCGCAAGGTG...CAGACCTTCACGGCATGGTGCAACTCCCACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCGGAAGGCAGGCACACAGATCGAGAACATTGATGAGGACTTCCGAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152884 GCGGAAGGCAGGCACACAGATCGAGAACATTGATGAGGACTTCCGAGACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGCTCAAGCTCATGCTGCTCCTGGAGGTCATATCAG         GGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 152934 GGCTCAAGCTCATGCTGCTCCTGGAGGTCATATCAGGTG...CAGGGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGGTTACCTAAGCCGGAGCGGGGGAAGATGAGAGTGCACAAAATCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153262 CGGTTACCTAAGCCGGAGCGGGGGAAGATGAGAGTGCACAAAATCAACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGTGAACAAAGCGCTGGACTTTATTGCCAGCAAAGGCGTCAAGCTGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153312 TGTGAACAAAGCGCTGGACTTTATTGCCAGCAAAGGCGTCAAGCTGGTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCATCGGGGCAGAAG         AGATTGTGGACGGCAACGCAAAGATG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 153362 CCATCGGGGCAGAAGGTG...CAGAGATTGTGGACGGCAACGCAAAGATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCCTGGGAATGATCTGGACCATCATCCTTAGGTTCGCCATCCAGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157215 ACCCTGGGAATGATCTGGACCATCATCCTTAGGTTCGCCATCCAGGACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTCCGTGGAAG         AGACCTCGGCCAAGGAAGGGCTCCTTCTCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 157265 CTCCGTGGAAGGTG...CAGAGACCTCGGCCAAGGAAGGGCTCCTTCTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGTGCCAGAGAAAGACAGCCCCGTATAAGAACGTCAATGTGCAGAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158329 GGTGCCAGAGAAAGACAGCCCCGTATAAGAACGTCAATGTGCAGAACTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CACATCAG         CTGGAAGGATGGTCTTGCCTTCAATGCCCTGAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 158379 CACATCAGGTA...CAGCTGGAAGGATGGTCTTGCCTTCAATGCCCTGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCACCGGCACAGACCAGAGCTGATTGAGTATGACAAGCTGAGGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 160405 CCACCGGCACAGACCAGAGCTGATTGAGTATGACAAGCTGAGGAAGGTG.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    652      GACGACCCTGTCACCAACCTGAACAATGCCTTCGAAGTGGCTGAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160455 ..TAGGACGACCCTGTCACCAACCTGAACAATGCCTTCGAAGTGGCTGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AAATACCTCGACATCCCCAAGATGCTGGATGCAGAGG         ACAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 161695 AAATACCTCGACATCCCCAAGATGCTGGATGCAGAGGGTA...CAGACAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CGTGAACACGGCCCGGCCCGACGAGAAGGCCATAATGACCTATGTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162516 CGTGAACACGGCCCGGCCCGACGAGAAGGCCATAATGACCTATGTGTCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GCTTCTACCATGCCTTTTCAGGAGCGCAGAAG         GCTGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 162566 GCTTCTACCATGCCTTTTCAGGAGCGCAGAAGGTA...CAGGCTGAAACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GCCGCCAACCGGATCTGTAAGGTGCTGGCTGTCAACCAAGAGAACGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166733 GCCGCCAACCGGATCTGTAAGGTGCTGGCTGTCAACCAAGAGAACGAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCTGATGGAGGACTACGAGAAGCTGGCCAGCGAC         CTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 166783 CCTGATGGAGGACTACGAGAAGCTGGCCAGCGACGTG...CAGCTCCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AGTGGATCCGGCGCACCATCCCCTGGCTGGAGGACCGTGTGCCCCAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169348 AGTGGATCCGGCGCACCATCCCCTGGCTGGAGGACCGTGTGCCCCAAAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ACTATCCAGGAGATGCAGCAGAAGCTGGAGGACTTCCGCGACTACCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169398 ACTATCCAGGAGATGCAGCAGAAGCTGGAGGACTTCCGCGACTACCGGCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGTGCACAAGCCGCCCAAGGTGCAGGAGAAGTGCCAGCTGGAGATCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169448 TGTGCACAAGCCGCCCAAGGTGCAGGAGAAGTGCCAGCTGGAGATCAACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCAACACGCTGCAGACCAAGCTGCGCCTCAGCAACCGGCCCGCCTTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169498 TCAACACGCTGCAGACCAAGCTGCGCCTCAGCAACCGGCCCGCCTTCATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CCCTCCGAGGGCAAGATGGTCTCG         GACATCAACAATGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 169548 CCCTCCGAGGGCAAGATGGTCTCGGTG...CAGGACATCAACAATGGCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GCAGCACTTGGAGCAGGCTGAGAAGGGCTACGAGGAGTGGCTGCTGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170199 GCAGCACTTGGAGCAGGCTGAGAAGGGCTACGAGGAGTGGCTGCTGAATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGATCCGCAGGCTGGAGCGGCTCGACCACCTGGCAGAGAAGTTCCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170249 AGATCCGCAGGCTGGAGCGGCTCGACCACCTGGCAGAGAAGTTCCGGCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AAGGCCTCCATCCACGAGGCCTGGACTGACG         GGAAGGAAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 170299 AAGGCCTCCATCCACGAGGCCTGGACTGACGGTA...CAGGGAAGGAAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CATGCTGAAGCACCGGGACTACGAGACGGCCACACTATCGGACATCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173803 CATGCTGAAGCACCGGGACTACGAGACGGCCACACTATCGGACATCAAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CCCTCATTCGCAAGCACGAGGCCTTCGAGAGCGACCTGGCTGCGCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173853 CCCTCATTCGCAAGCACGAGGCCTTCGAGAGCGACCTGGCTGCGCACCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GACCGCGTGGAGCAGATCGCCGCCATTGCCCAGGAGCTCAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 173903 GACCGCGTGGAGCAGATCGCCGCCATTGCCCAGGAGCTCAAGTA...CAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CGAGCTGGATTACTACGACTCCCACAATGTCAACACCCGGTGCCAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175869 CGAGCTGGATTACTACGACTCCCACAATGTCAACACCCGGTGCCAGAAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TCTGTGACCAGTGGGACGCCCTCGGCTCTCTGACACATAGTCGCAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175919 TCTGTGACCAGTGGGACGCCCTCGGCTCTCTGACACATAGTCGCAGGGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GCCCTGGAG         AAAACAGAGAAGCAGCTGGAGGCCATCGACCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 175969 GCCCTGGAGGTG...TAGAAAACAGAGAAGCAGCTGGAGGCCATCGACCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GCTGCACCTGGAATACGCCAAGCGCGCGGCCCCCTTCAACAACTGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176224 GCTGCACCTGGAATACGCCAAGCGCGCGGCCCCCTTCAACAACTGGATGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AGAGCGCCATGGAGGACCTCCAGGACATGTTCATCGTCCATACCATCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176274 AGAGCGCCATGGAGGACCTCCAGGACATGTTCATCGTCCATACCATCGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GAGATTGAG         GGCCTGATCTCAGCCCATGACCAGTTCAAGTC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 176324 GAGATTGAGGTT...TAGGGCCTGATCTCAGCCCATGACCAGTTCAAGTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CACCCTGCCGGACGCCGATAGGGAGCGCGAGGCCATCCTGGCCATCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176444 CACCCTGCCGGACGCCGATAGGGAGCGCGAGGCCATCCTGGCCATCCACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 AGGAGGCCCAGAGGATCGCTGAGAGCAACCACATCAAGCTGTCGGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176494 AGGAGGCCCAGAGGATCGCTGAGAGCAACCACATCAAGCTGTCGGGCAGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 AACCCCTACACCACCGTCACCCCGCAAATCATCAACTCCAAGTGGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176544 AACCCCTACACCACCGTCACCCCGCAAATCATCAACTCCAAGTGGGAGAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 G         GTGCAGCAGCTGGTGCCAAAACGGGACCATGCCCTCCTGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176594 GGTG...CAGGTGCAGCAGCTGGTGCCAAAACGGGACCATGCCCTCCTGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 AGGAGCAGAGCAAGCAGCAGTCCAACGAGCACCTGCGCCGCCAGTTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176726 AGGAGCAGAGCAAGCAGCAGTCCAACGAGCACCTGCGCCGCCAGTTCGCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 AGCCAGGCCAATGTTGTGGGGCCCTGGATCCAGACCAAGATGGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 176776 AGCCAGGCCAATGTTGTGGGGCCCTGGATCCAGACCAAGATGGAGGTG..

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011     GAGATCGGGCGCATCTCCATTGAGATGAACGGGACCCTGGAGGACC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176826 .TAGGAGATCGGGCGCATCTCCATTGAGATGAACGGGACCCTGGAGGACC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 AGCTGAGCCACCTGAAGCAGTATGAACGCAGCATCGTGGACTACAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178025 AGCTGAGCCACCTGAAGCAGTATGAACGCAGCATCGTGGACTACAAGCCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 AACCTGGACCTGCTGGAGCAGCAGCACCAGCTCATCCAGGAGGCCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178075 AACCTGGACCTGCTGGAGCAGCAGCACCAGCTCATCCAGGAGGCCCTCAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 CTTCGACAACAAGCACACCAACTATACCATGGAG         CACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 178125 CTTCGACAACAAGCACACCAACTATACCATGGAGGTG...CAGCACATCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 GCGTGGGCTGGGAGCAGCTGCTCACCACCATTGCCCGCACCATCAACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179219 GCGTGGGCTGGGAGCAGCTGCTCACCACCATTGCCCGCACCATCAACGAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 GTGGAGAACCAGATCCTCACCCGCGACGCCAAGGGCATCAGCCAGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179269 GTGGAGAACCAGATCCTCACCCGCGACGCCAAGGGCATCAGCCAGGAGCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 GATGCAGGAGTTCCGGGCGTCCTTCAACCACTTCGACAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 179319 GATGCAGGAGTTCCGGGCGTCCTTCAACCACTTCGACAAGGTG...CAGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 ATCATGGCGGGGCGCTGGGGCCCGAGGAGTTCAAGGCCTGCCTCATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180202 ATCATGGCGGGGCGCTGGGGCCCGAGGAGTTCAAGGCCTGCCTCATCAGC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2389 CTGGGCTACGACGTGGAGAACGACCGGCAG         GGTGAGGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 180252 CTGGGCTACGACGTGGAGAACGACCGGCAGGTA...CAGGGTGAGGCCGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 GTTCAACCGCATCATGAGCCTGGTCGACCCCAACCATAGCGGCCTTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181262 GTTCAACCGCATCATGAGCCTGGTCGACCCCAACCATAGCGGCCTTGTGA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2480 CCTTCCAAGCCTTCATCGACTTCATGTCGCGGGAGACCACCGACACGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181312 CCTTCCAAGCCTTCATCGACTTCATGTCGCGGGAGACCACCGACACGGAC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2530 ACGGCTGACCAGGTCATCGCTTCCTTCAAGGTCTTAGCAGGGGACAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 181362 ACGGCTGACCAGGTCATCGCTTCCTTCAAGGTCTTAGCAGGGGACAAGGT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2578        AACTTCATCACAGCTGAGGAGCTGCGGAGAGAGCTGCCCCCCG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181412 G...CAGAACTTCATCACAGCTGAGGAGCTGCGGAGAGAGCTGCCCCCCG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2621 ACCAGGCCGAGTACTGCATCGCCCGCATGGCGCCATACCAGGGCCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181572 ACCAGGCCGAGTACTGCATCGCCCGCATGGCGCCATACCAGGGCCCTGAC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2671 GCCGTGCCCGGTGCCCTCGACTACAAGTCCTTCTCCACGGCCTTGTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181622 GCCGTGCCCGGTGCCCTCGACTACAAGTCCTTCTCCACGGCCTTGTATGG

   2900     .    :
   2721 CGAGAGCGACCTG
        |||||||||||||
 181672 CGAGAGCGACCTG