seq1 = pF1KE1334.tfa, 1131 bp
seq2 = pF1KE1334/gi568815587r_104803456.tfa (gi568815587r:104803456_105055004), 251549 bp

>pF1KE1334 1131
>gi568815587r:104803456_105055004 (Chr11)

(complement)

1-262  (99997-100258)   98% ->
263-372  (103000-103109)   100% ->
373-546  (103907-104080)   100% ->
547-781  (105228-105462)   100% ->
782-925  (106329-106472)   99% ->
926-1035  (107813-107922)   100% ->
1036-1131  (110154-110249)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGAAGGCAACCACAGAAAAAAGCCACTTAAGGTGTTGGAATCCCT
         |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99997 CTAACAGAAGGCAACCACAGAAAAAAGCCACTTAAGGTGTTGGAATCCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCAAAGATTTCCTCACTGGTGTTTTGGATAACTTGGTGGAACAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100047 GGGCAAAGATTTCCTCACTGGTGTTTTGGATAACTTGGTGGAACAAAATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TACTGAACTGGAAGGAAGAGGAAAAAAAGAAATATTACGATGCTAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100097 TACTGAACTGGAAGGAAGAGGAAAAAAAGAAATATTACGATGCTAAAACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAAGACAAAGTTCGGGTCATGGCAGACTCTATGCAAGAGAAGCAACGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100147 GAAGACAAAGTTCGGGTCATGGCAGACTCTATGCAAGAGAAGCAACGTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCAGGACAAATGCTTCTTCAAACCTTTTTTAACATAGACCAAATATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100197 GGCAGGACAAATGCTTCTTCAAACCTTTTTTAACATAGACCAAATATCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCAATAAAAAAG         CTCATCCGAATATGGAGGCTGGACCACCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100247 CCAATAAAAAAGGTA...CAGCTCATCCGAATATGGAGGCTGGACCACCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGTCAGGAGAATCTACAGATGCCCTCAAGCTTTGTCCTCATGAAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103029 GAGTCAGGAGAATCTACAGATGCCCTCAAGCTTTGTCCTCATGAAGAATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTGAGACTATGTAAAGAAAGAGCTGAAGAG         ATCTATCCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 103079 CCTGAGACTATGTAAAGAAAGAGCTGAAGAGGTG...CAGATCTATCCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAAAGGAGAGAAACAACCGCACACGCCTGGCTCTCATCATATGCAATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103917 TAAAGGAGAGAAACAACCGCACACGCCTGGCTCTCATCATATGCAATACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGTTTGACCATCTGCCTCCGAGGAATGGAGCTGACTTTGACATCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103967 GAGTTTGACCATCTGCCTCCGAGGAATGGAGCTGACTTTGACATCACAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GATGAAGGAGCTACTTGAGGGTCTGGACTATAGTGTAGATGTAGAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104017 GATGAAGGAGCTACTTGAGGGTCTGGACTATAGTGTAGATGTAGAAGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ATCTGACAGCCAGG         GATATGGAGTCAGCGCTGAGGGCATTT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 104067 ATCTGACAGCCAGGGTA...CAGGATATGGAGTCAGCGCTGAGGGCATTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCTACCAGACCAGAGCACAAGTCCTCTGACAGCACATTCTTGGTACTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105255 GCTACCAGACCAGAGCACAAGTCCTCTGACAGCACATTCTTGGTACTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTCTCATGGCATCCTGGAGGGAATCTGCGGAACTGTGCATGATGAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105305 GTCTCATGGCATCCTGGAGGGAATCTGCGGAACTGTGCATGATGAGAAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AACCAGATGTGCTGCTTTATGACACCATCTTCCAGATATTCAACAACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105355 AACCAGATGTGCTGCTTTATGACACCATCTTCCAGATATTCAACAACCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AACTGCCTCAGTCTGAAGGACAAACCCAAGGTCATCATTGTCCAGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105405 AACTGCCTCAGTCTGAAGGACAAACCCAAGGTCATCATTGTCCAGGCCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CAGAGGTG         CAAACCGTGGGGAACTGTGGGTCAGAGACTCTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 105455 CAGAGGTGGTG...TAGCAAACCGTGGGGAACTGTGGGTCAGAGACTCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CAGCATCCTTGGAAGTGGCCTCTTCACAGTCATCTGAGAACCTGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 106362 CAGCATCCTTGGAAGTGGCCTCTTCACAGTCATCTGAGAACCTAGAGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GATGCTGTTTACAAGACCCACGTGGAGAAGGACTTCATTGCTTTCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106412 GATGCTGTTTACAAGACCCACGTGGAGAAGGACTTCATTGCTTTCTGCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TTCAACGCCAC         ACAACGTGTCCTGGAGAGACAGCACAATGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 106462 TTCAACGCCACGTA...TAGACAACGTGTCCTGGAGAGACAGCACAATGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GCTCTATCTTCATCACACAACTCATCACATGCTTCCAGAAATATTCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107843 GCTCTATCTTCATCACACAACTCATCACATGCTTCCAGAAATATTCTTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TGCTGCCACCTAGAGGAAGTATTTCGGAAG         GTACAGCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 107893 TGCTGCCACCTAGAGGAAGTATTTCGGAAGGTA...CAGGTACAGCAATC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 ATTTGAAACTCCAAGGGCCAAAGCTCAAATGCCCACCATAGAACGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110165 ATTTGAAACTCCAAGGGCCAAAGCTCAAATGCCCACCATAGAACGACTGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .
   1097 CCATGACAAGATATTTCTACCTCTTTCCTGGCAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110215 CCATGACAAGATATTTCTACCTCTTTCCTGGCAAT