seq1 = pF1KE1333.tfa, 1791 bp
seq2 = pF1KE1333/gi568815597f_207013026.tfa (gi568815597f:207013026_207244714), 231689 bp

>pF1KE1333 1791
>gi568815597f:207013026_207244714 (Chr1)

1-142  (100001-100142)   100% ->
143-328  (101075-101260)   100% ->
329-428  (102391-102490)   100% ->
429-514  (110897-110982)   100% ->
515-706  (111150-111341)   100% ->
707-889  (113688-113870)   100% ->
890-1084  (118521-118715)   100% ->
1085-1273  (121379-121567)   100% ->
1274-1444  (128081-128251)   100% ->
1445-1620  (130793-130968)   100% ->
1621-1791  (131519-131689)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACCCCCCAAAAACTCCATCTGGGGCTCTTCATAGAAAAAGGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCACCCCCCAAAAACTCCATCTGGGGCTCTTCATAGAAAAAGGAAAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCAGCCTGGCCCTTCTCCAGGCTGTGGAAAGTCTCTGATCCAATTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCAGCCTGGCCCTTCTCCAGGCTGTGGAAAGTCTCTGATCCAATTCTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCAAATGACCTTGATCGCTGCTCTGTTGCCTGCTGTTCTTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100101 TCCAAATGACCTTGATCGCTGCTCTGTTGCCTGCTGTTCTTGGTG...CA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    143  GCAATTGTGGTCCTCCACCCACTTTATCATTTGCTGCCCCGATGGATAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101074 GGCAATTGTGGTCCTCCACCCACTTTATCATTTGCTGCCCCGATGGATAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TACGTTGACTGAGACACGCTTCAAAACTGGAACTACTCTGAAATACACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101124 TACGTTGACTGAGACACGCTTCAAAACTGGAACTACTCTGAAATACACCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCCTCCCTGGCTACGTCAGATCCCATTCAACTCAGACGCTTACCTGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101174 GCCTCCCTGGCTACGTCAGATCCCATTCAACTCAGACGCTTACCTGTAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCTGATGGCGAATGGGTGTATAACACCTTCTGTATCT         ACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 101224 TCTGATGGCGAATGGGTGTATAACACCTTCTGTATCTGTA...CAGACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACGATGCAGACACCCAGGAGAGTTACGTAATGGGCAAGTAGAGATTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102395 ACGATGCAGACACCCAGGAGAGTTACGTAATGGGCAAGTAGAGATTAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGATTTATCTTTTGGATCACAAATAGAATTCAGCTGTTCAGAAGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102445 CAGATTTATCTTTTGGATCACAAATAGAATTCAGCTGTTCAGAAGGGTG.

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    429      ATTTTTCTTAATTGGCTCAACCACTAGTCGTTGTGAAGTCCAAGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102495 ..CAGATTTTTCTTAATTGGCTCAACCACTAGTCGTTGTGAAGTCCAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TAGAGGAGTTGGCTGGAGTCATCCTCTCCCACAATGTGAAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 110942 TAGAGGAGTTGGCTGGAGTCATCCTCTCCCACAATGTGAAAGTA...CAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGTCAAGTGTAAGCCTCCTCCAGACATCAGGAATGGAAGGCACAGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111150 TTGTCAAGTGTAAGCCTCCTCCAGACATCAGGAATGGAAGGCACAGCGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAAGAAAATTTCTACGCATACGGCTTTTCTGTCACCTACAGCTGTGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111200 GAAGAAAATTTCTACGCATACGGCTTTTCTGTCACCTACAGCTGTGACCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCGCTTCTCACTCTTGGGCCATGCCTCCATTTCTTGCACTGTGGAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111250 CCGCTTCTCACTCTTGGGCCATGCCTCCATTTCTTGCACTGTGGAGAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAACAATAGGTGTTTGGAGACCAAGCCCTCCTACCTGTGAAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 111300 AAACAATAGGTGTTTGGAGACCAAGCCCTCCTACCTGTGAAAGTA...TA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    707  AAATCACCTGTCGCAAGCCAGATGTTTCACATGGGGAAATGGTCTCTGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113687 GAAATCACCTGTCGCAAGCCAGATGTTTCACATGGGGAAATGGTCTCTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ATTTGGACCCATCTATAATTACAAAGACACTATTGTGTTTAAGTGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113737 ATTTGGACCCATCTATAATTACAAAGACACTATTGTGTTTAAGTGCCAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAGGTTTTGTTCTCAGAGGCAGCAGTGTAATTCATTGTGATGCTGATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113787 AAGGTTTTGTTCTCAGAGGCAGCAGTGTAATTCATTGTGATGCTGATAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAATGGAATCCTTCTCCTCCTGCTTGTGAGCCCA         ATAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 113837 AAATGGAATCCTTCTCCTCCTGCTTGTGAGCCCAGTA...TAGATAGTTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TATTAATTTACCAGACATTCCACATGCTTCCTGGGAAACATATCCTAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118528 TATTAATTTACCAGACATTCCACATGCTTCCTGGGAAACATATCCTAGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CGACAAAAGAGGATGTGTATGTTGTTGGGACTGTGTTAAGGTACCGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118578 CGACAAAAGAGGATGTGTATGTTGTTGGGACTGTGTTAAGGTACCGCTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CATCCTGGCTACAAACCCACTACAGATGAGCCTACGACTGTGATTTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118628 CATCCTGGCTACAAACCCACTACAGATGAGCCTACGACTGTGATTTGTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GAAAAATTTGAGATGGACCCCATACCAAGGATGTGAGG         CGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 118678 GAAAAATTTGAGATGGACCCCATACCAAGGATGTGAGGGTG...CAGCGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TATGTTGCCCTGAACCAAAGCTAAATAATGGTGAAATCACTCAACACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121382 TATGTTGCCCTGAACCAAAGCTAAATAATGGTGAAATCACTCAACACAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AAAAGTCGTCCTGCCAATCACTGTGTTTATTTCTATGGAGATGAGATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121432 AAAAGTCGTCCTGCCAATCACTGTGTTTATTTCTATGGAGATGAGATTTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 ATTTTCATGTCATGAGACCAGTAGGTTTTCAGCTATATGCCAAGGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121482 ATTTTCATGTCATGAGACCAGTAGGTTTTCAGCTATATGCCAAGGAGATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GCACGTGGAGTCCCCGAACACCATCATGTGGAGACA         TTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 121532 GCACGTGGAGTCCCCGAACACCATCATGTGGAGACAGTA...AAGTTTGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AATTTTCCTCCTAAAATTGCCCATGGGCATTATAAACAATCTAGTTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128086 AATTTTCCTCCTAAAATTGCCCATGGGCATTATAAACAATCTAGTTCATA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CAGCTTTTTCAAAGAAGAGATTATATATGAATGTGATAAAGGCTACATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128136 CAGCTTTTTCAAAGAAGAGATTATATATGAATGTGATAAAGGCTACATTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TGGTCGGACAGGCGAAACTCTCCTGCAGTTATTCACACTGGTCAGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128186 TGGTCGGACAGGCGAAACTCTCCTGCAGTTATTCACACTGGTCAGCTCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GCCCCTCAATGTAAAG         CTCTGTGTCGGAAACCAGAATTAGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 128236 GCCCCTCAATGTAAAGGTA...CAGCTCTGTGTCGGAAACCAGAATTAGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GAATGGAAGGTTGTCTGTGGATAAGGATCAGTATGTTGAGCCTGAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130818 GAATGGAAGGTTGTCTGTGGATAAGGATCAGTATGTTGAGCCTGAAAATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TCACCATCCAATGTGATTCTGGCTATGGTGTGGTTGGTCCCCAAAGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130868 TCACCATCCAATGTGATTCTGGCTATGGTGTGGTTGGTCCCCAAAGTATC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 ACTTGCTCTGGGAACAGAACCTGGTACCCAGAGGTGCCCAAGTGTGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130918 ACTTGCTCTGGGAACAGAACCTGGTACCCAGAGGTGCCCAAGTGTGAGTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 G         GAGACCCCCGAAGGCTGTGAACAAGTGCTCACAGGCAAAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130968 GGTA...TAGGAGACCCCCGAAGGCTGTGAACAAGTGCTCACAGGCAAAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 GACTCATGCAGTGTCTCCCAAACCCAGAGGATGTGAAAATGGCCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131559 GACTCATGCAGTGTCTCCCAAACCCAGAGGATGTGAAAATGGCCCTGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GTATATAAGCTGTCTCTGGAAATTGAACAACTGGAACTACAGAGAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131609 GTATATAAGCTGTCTCTGGAAATTGAACAACTGGAACTACAGAGAGACAG

   1850     .    :    .    :    .    :
   1761 CGCAAGACAATCCACTTTGGATAAAGAACTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 131659 CGCAAGACAATCCACTTTGGATAAAGAACTA