seq1 = pF1KE1329.tfa, 1791 bp
seq2 = pF1KE1329/gi568815586f_6851608.tfa (gi568815586f:6851608_7060917), 209310 bp

>pF1KE1329 1791
>gi568815586f:6851608_7060917 (Chr12)

8-137  (99997-100124)   97% ->
138-332  (100376-100570)   100% ->
333-522  (103198-103387)   100% ->
523-639  (103544-103660)   100% ->
640-753  (103765-103878)   100% ->
754-850  (104053-104149)   100% ->
851-930  (104535-104614)   100% ->
931-1080  (104812-104961)   99% ->
1081-1212  (106047-106178)   100% ->
1213-1367  (106312-106466)   100% ->
1368-1435  (108320-108387)   100% ->
1436-1587  (108481-108632)   100% ->
1588-1679  (108737-108828)   100% ->
1680-1791  (109199-109310)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      8 CCCGTGGGTGGTTTCACCGAGACCTCAGTGGGCTGGATGCAGAGACCCTG
        ||| -||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99997 CCCA GG TGGTTTCACCGAGACCTCAGTGGGCTGGATGCAGAGACCCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     58 CTCAAGGGCCGAGGTGTCCACGGTAGCTTCCTGGCTCGGCCCAGTCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100045 CTCAAGGGCCGAGGTGTCCACGGTAGCTTCCTGGCTCGGCCCAGTCGCAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    108 GAACCAGGGTGACTTCTCGCTCTCCGTCAG         GGTGGGGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100095 GAACCAGGGTGACTTCTCGCTCTCCGTCAGGTA...CAGGGTGGGGGATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    149 AGGTGACCCATATTCGGATCCAGAACTCAGGGGATTTCTATGACCTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100387 AGGTGACCCATATTCGGATCCAGAACTCAGGGGATTTCTATGACCTGTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    199 GGAGGGGAGAAGTTTGCGACTCTGACAGAGCTGGTGGAGTACTACACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100437 GGAGGGGAGAAGTTTGCGACTCTGACAGAGCTGGTGGAGTACTACACTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    249 GCAGCAGGGTGTCCTGCAGGACCGCGACGGCACCATCATCCACCTCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100487 GCAGCAGGGTGTCCTGCAGGACCGCGACGGCACCATCATCCACCTCAAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    299 ACCCGCTGAACTGCTCCGATCCCACTAGTGAGAG         GTGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100537 ACCCGCTGAACTGCTCCGATCCCACTAGTGAGAGGTG...TAGGTGGTAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    340 CATGGCCACATGTCTGGCGGGCAGGCAGAGACGCTGCTGCAGGCCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103205 CATGGCCACATGTCTGGCGGGCAGGCAGAGACGCTGCTGCAGGCCAAGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    390 CGAGCCCTGGACGTTTCTTGTGCGTGAGAGCCTCAGCCAGCCTGGAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103255 CGAGCCCTGGACGTTTCTTGTGCGTGAGAGCCTCAGCCAGCCTGGAGACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    440 TCGTGCTTTCTGTGCTCAGTGACCAGCCCAAGGCTGGCCCAGGCTCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103305 TCGTGCTTTCTGTGCTCAGTGACCAGCCCAAGGCTGGCCCAGGCTCCCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    490 CTCAGGGTCACCCACATCAAGGTCATGTGCGAG         GGTGGACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103355 CTCAGGGTCACCCACATCAAGGTCATGTGCGAGGTA...CAGGGTGGACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    531 CTACACAGTGGGTGGTTTGGAGACCTTCGACAGCCTCACGGACCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103552 CTACACAGTGGGTGGTTTGGAGACCTTCGACAGCCTCACGGACCTGGTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    581 AGCATTTCAAGAAGACGGGGATTGAGGAGGCCTCAGGCGCCTTTGTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103602 AGCATTTCAAGAAGACGGGGATTGAGGAGGCCTCAGGCGCCTTTGTCTAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    631 CTGCGGCAG         CCGTACTATGCCACGAGGGTGAATGCGGCTGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103652 CTGCGGCAGGTC...CAGCCGTACTATGCCACGAGGGTGAATGCGGCTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    672 CATTGAGAACCGAGTGTTGGAACTGAACAAGAAGCAGGAGTCCGAGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103797 CATTGAGAACCGAGTGTTGGAACTGAACAAGAAGCAGGAGTCCGAGGATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    722 CAGCCAAGGCTGGCTTCTGGGAGGAGTTTGAG         AGTTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 103847 CAGCCAAGGCTGGCTTCTGGGAGGAGTTTGAGGTG...CAGAGTTTGCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    763 AAGCAGGAGGTGAAGAACTTGCACCAGCGTCTGGAAGGGCAGCGGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104062 AAGCAGGAGGTGAAGAACTTGCACCAGCGTCTGGAAGGGCAGCGGCCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    813 GAACAAGGGCAAGAACCGCTACAAGAACATTCTCCCCT         TTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 104112 GAACAAGGGCAAGAACCGCTACAAGAACATTCTCCCCTGTG...CAGTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    854 ACCACAGCCGAGTGATCCTGCAGGGACGGGACAGTAACATCCCCGGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104538 ACCACAGCCGAGTGATCCTGCAGGGACGGGACAGTAACATCCCCGGGTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    904 GACTACATCAATGCCAACTACATCAAG         AACCAGCTGCTAGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 104588 GACTACATCAATGCCAACTACATCAAGGTC...CAGAACCAGCTGCTAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    945 CCCTGATGAGAACGCTAAGACCTACATCGCCAGCCAGGGCTGTCTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 104826 CCCTGATGAGAACGCTAAGACCTACATCGCCAGCCAGGGTTGTCTGGAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    995 CCACGGTCAATGACTTCTGGCAGATGGCGTGGCAGGAGAACAGCCGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104876 CCACGGTCAATGACTTCTGGCAGATGGCGTGGCAGGAGAACAGCCGTGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1045 ATCGTCATGACCACCCGAGAGGTGGAGAAAGGCCGG         AACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 104926 ATCGTCATGACCACCCGAGAGGTGGAGAAAGGCCGGGTA...CAGAACAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1086 ATGCGTCCCATACTGGCCCGAGGTGGGCATGCAGCGTGCTTATGGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106052 ATGCGTCCCATACTGGCCCGAGGTGGGCATGCAGCGTGCTTATGGGCCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1136 ACTCTGTGACCAACTGCGGGGAGCATGACACAACCGAATACAAACTCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106102 ACTCTGTGACCAACTGCGGGGAGCATGACACAACCGAATACAAACTCCGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1186 ACCTTACAGGTCTCCCCGCTGGACAAT         GGAGACCTGATTCG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 106152 ACCTTACAGGTCTCCCCGCTGGACAATGTG...TAGGGAGACCTGATTCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1227 GGAGATCTGGCATTACCAGTACCTGAGCTGGCCCGACCATGGGGTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106326 GGAGATCTGGCATTACCAGTACCTGAGCTGGCCCGACCATGGGGTCCCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1277 GTGAGCCTGGGGGTGTCCTCAGCTTCCTGGACCAGATCAACCAGCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106376 GTGAGCCTGGGGGTGTCCTCAGCTTCCTGGACCAGATCAACCAGCGGCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1327 GAAAGTCTGCCTCACGCAGGGCCCATCATCGTGCACTGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106426 GAAAGTCTGCCTCACGCAGGGCCCATCATCGTGCACTGCAGGTG...CAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1368 CGCCGGCATCGGCCGCACAGGCACCATCATTGTCATCGACATGCTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108320 CGCCGGCATCGGCCGCACAGGCACCATCATTGTCATCGACATGCTCATGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1418 AGAACATCTCCACCAAGG         GCCTGGACTGTGACATTGACATC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 108370 AGAACATCTCCACCAAGGGTG...CAGGCCTGGACTGTGACATTGACATC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1459 CAGAAGACCATCCAGATGGTGCGGGCGCAGCGCTCGGGCATGGTGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108504 CAGAAGACCATCCAGATGGTGCGGGCGCAGCGCTCGGGCATGGTGCAGAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1509 GGAGGCGCAGTACAAGTTCATCTACGTGGCCATCGCCCAGTTCATTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108554 GGAGGCGCAGTACAAGTTCATCTACGTGGCCATCGCCCAGTTCATTGAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1559 CCACTAAGAAGAAGCTGGAGGTCCTGCAG         TCGCAGAAGGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 108604 CCACTAAGAAGAAGCTGGAGGTCCTGCAGGTG...CAGTCGCAGAAGGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1600 CAGGAGTCGGAGTACGGGAACATCACCTATCCCCCAGCCATGAAGAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108749 CAGGAGTCGGAGTACGGGAACATCACCTATCCCCCAGCCATGAAGAATGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1650 CCATGCCAAGGCCTCCCGCACCTCGTCCAA         ACACAAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 108799 CCATGCCAAGGCCTCCCGCACCTCGTCCAAGTG...CAGACACAAGGAGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1691 ATGTGTATGAGAACCTGCACACTAAGAACAAGAGGGAGGAGAAAGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109210 ATGTGTATGAGAACCTGCACACTAAGAACAAGAGGGAGGAGAAAGTGAAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1741 AAGCAGCGGTCAGCAGACAAGGAGAAGAGCAAGGGTTCCCTCAAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109260 AAGCAGCGGTCAGCAGACAAGGAGAAGAGCAAGGGTTCCCTCAAGAGGAA

   1900 
   1791 G
        |
 109310 G