seq1 = pF1KE1328.tfa, 1092 bp
seq2 = pF1KE1328/gi568815586f_112807040.tfa (gi568815586f:112807040_113017754), 210715 bp

>pF1KE1328 1092
>gi568815586f:112807040_113017754 (Chr12)

1-180  (100001-100180)   100% ->
181-469  (101497-101785)   100% ->
470-654  (104012-104196)   99% ->
655-884  (109470-109699)   100% ->
885-1092  (110508-110715)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGGATCTCAGAAATACCCCAGCCAAATCTCTGGACAAGTTCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGGATCTCAGAAATACCCCAGCCAAATCTCTGGACAAGTTCATTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGACTATCTCTTGCCAGACACGTGTTTCCGCATGCAAATCAACCATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGACTATCTCTTGCCAGACACGTGTTTCCGCATGCAAATCAACCATGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGACATCATCTGTGGGTTCCTGAAGGAAAGGTGCTTCCGAGGTAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGACATCATCTGTGGGTTCCTGAAGGAAAGGTGCTTCCGAGGTAGCTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TACCCTGTGTGTGTGTCCAAGGTGGTAAAG         GGTGGCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100151 TACCCTGTGTGTGTGTCCAAGGTGGTAAAGGTG...CAGGGTGGCTCCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGGCAAGGGCACCACCCTCAGAGGCCGATCTGACGCTGACCTGGTTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101508 AGGCAAGGGCACCACCCTCAGAGGCCGATCTGACGCTGACCTGGTTGTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCCTCAGTCCTCTCACCACTTTTCAGGATCAGTTAAATCGCCGGGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101558 TCCTCAGTCCTCTCACCACTTTTCAGGATCAGTTAAATCGCCGGGGAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCATCCAGGAAATTAGGAGACAGCTGGAAGCCTGTCAAAGAGAGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101608 TTCATCCAGGAAATTAGGAGACAGCTGGAAGCCTGTCAAAGAGAGAGAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ATTTTCCGTGAAGTTTGAGGTCCAGGCTCCACGCTGGGGCAACCCCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101658 ATTTTCCGTGAAGTTTGAGGTCCAGGCTCCACGCTGGGGCAACCCCCGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CGCTCAGCTTCGTACTGAGTTCGCTCCAGCTCGGGGAGGGGGTGGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101708 CGCTCAGCTTCGTACTGAGTTCGCTCCAGCTCGGGGAGGGGGTGGAGTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GATGTGCTGCCTGCCTTTGATGCCCTGG         GTCAGTTGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101758 GATGTGCTGCCTGCCTTTGATGCCCTGGGTG...CAGGTCAGTTGACTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAGCTATAAACCTAACCCCCAAATCTATGTCAAGCTCATCGAGGAGTGCA
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104025 CGGCTATAAACCTAACCCCCAAATCTATGTCAAGCTCATCGAGGAGTGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCGACCTGCAGAAAGAGGGCGAGTTCTCCACCTGCTTCACAGAACTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104075 CCGACCTGCAGAAAGAGGGCGAGTTCTCCACCTGCTTCACAGAACTACAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AGAGACTTCCTGAAGCAGCGCCCCACCAAGCTCAAGAGCCTCATCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104125 AGAGACTTCCTGAAGCAGCGCCCCACCAAGCTCAAGAGCCTCATCCGCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AGTCAAGCACTGGTACCAAAAT         TGTAAGAAGAAGCTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 104175 AGTCAAGCACTGGTACCAAAATGTA...CAGTGTAAGAAGAAGCTTGGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGCTGCCACCTCAGTATGCCCTGGAGCTCCTGACGGTCTATGCTTGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109489 AGCTGCCACCTCAGTATGCCCTGGAGCTCCTGACGGTCTATGCTTGGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CGAGGGAGCATGAAAACACATTTCAACACAGCCCAGGGATTTCGGACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109539 CGAGGGAGCATGAAAACACATTTCAACACAGCCCAGGGATTTCGGACGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CTTGGAATTAGTCATAAACTACCAGCAACTCTGCATCTACTGGACAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109589 CTTGGAATTAGTCATAAACTACCAGCAACTCTGCATCTACTGGACAAAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ATTATGACTTTAAAAACCCCATTATTGAAAAGTACCTGAGAAGGCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109639 ATTATGACTTTAAAAACCCCATTATTGAAAAGTACCTGAGAAGGCAGCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 ACGAAACCCAG         GCCTGTGATCCTGGACCCGGCGGACCCTAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 109689 ACGAAACCCAGGTA...CAGGCCTGTGATCCTGGACCCGGCGGACCCTAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AGGAAACTTGGGTGGTGGAGACCCAAAGGGTTGGAGGCAGCTGGCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110538 AGGAAACTTGGGTGGTGGAGACCCAAAGGGTTGGAGGCAGCTGGCACAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGGCTGAGGCCTGGCTGAATTACCCATGCTTTAAGAATTGGGATGGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110588 AGGCTGAGGCCTGGCTGAATTACCCATGCTTTAAGAATTGGGATGGGTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CCAGTGAGCTCCTGGATTCTGCTGGTGAGACCTCCTGCTTCCTCCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110638 CCAGTGAGCTCCTGGATTCTGCTGGTGAGACCTCCTGCTTCCTCCCTGCC

   1100     .    :    .    :    .
   1065 ATTCATCCCTGCCCCTCTCCATGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||
 110688 ATTCATCCCTGCCCCTCTCCATGAAGCT