seq1 = pF1KE1327.tfa, 1407 bp
seq2 = pF1KE1327/gi568815592f_33101246.tfa (gi568815592f:33101246_33303810), 202565 bp

>pF1KE1327 1407
>gi568815592f:33101246_33303810 (Chr6)

1-411  (100001-100411)   100% ->
412-580  (100500-100668)   100% ->
581-634  (100827-100880)   100% ->
635-799  (101018-101182)   100% ->
800-940  (101315-101455)   100% ->
941-1137  (101665-101861)   100% ->
1138-1407  (102296-102565)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAGAGGCCTGGGGGCCCCCCACTGGGTGGCCGTGGGACTGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAGAGGCCTGGGGGCCCCCCACTGGGTGGCCGTGGGACTGCTGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGGGCGACCTTGGGGCTTCTGGTGGCTGGACTCGGGGGTCATGACGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGGGCGACCTTGGGGCTTCTGGTGGCTGGACTCGGGGGTCATGACGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCACGACGATCTGCAAGAGGACTTCCATGGCCACAGCCACAGGCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCACGACGATCTGCAAGAGGACTTCCATGGCCACAGCCACAGGCACTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CATGAAGATTTCCACCATGGCCACAGCCATGCCCATGGCCATGGCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CATGAAGATTTCCACCATGGCCACAGCCATGCCCATGGCCATGGCCACAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCACGAGAGCATCTGGCATGGACATACCCACGATCACGACCATGGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCACGAGAGCATCTGGCATGGACATACCCACGATCACGACCATGGACATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CACATGAGGATTTACACCATGGCCATAGCCATGGCTACTCCCATGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CACATGAGGATTTACACCATGGCCATAGCCATGGCTACTCCCATGAGAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTCTACCACAGAGGACATGGACATGACCATGAGCATAGCCATGGAGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTCTACCACAGAGGACATGGACATGACCATGAGCATAGCCATGGAGGCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGGGGAGTCTGGGGCTCCAGGCATCAAGCAGGACCTGGATGCTGTCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGGGGAGTCTGGGGCTCCAGGCATCAAGCAGGACCTGGATGCTGTCACTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCTGGGCTTAT         GCACTGGGGGCCACAGTGCTGATCTCAGCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCTGGGCTTATGTG...CAGGCACTGGGGGCCACAGTGCTGATCTCAGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCTCCATTTTTTGTCCTCTTCCTTATCCCCGTGGAGTCGAACTCTCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100530 GCTCCATTTTTTGTCCTCTTCCTTATCCCCGTGGAGTCGAACTCTCCCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCATCGCTCTCTACTTCAGATCTTGCTCAGTTTTGCTTCCGGTGGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100580 GCATCGCTCTCTACTTCAGATCTTGCTCAGTTTTGCTTCCGGTGGGCTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGGGAGATGCTTTCCTGCACCTCATTCCTCATGCTCTTG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100630 TGGGAGATGCTTTCCTGCACCTCATTCCTCATGCTCTTGGTA...CAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CCTCATTCTCACCACACTCTGGAGCAACCCGGACATGGACACTCCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100829 CCTCATTCTCACCACACTCTGGAGCAACCCGGACATGGACACTCCCACAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TG         GCCAGGGCCCCATTCTGTCTGTGGGACTGTGGGTTCTCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100879 TGGTG...CAGGCCAGGGCCCCATTCTGTCTGTGGGACTGTGGGTTCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GTGGAATTGTTGCCTTTCTTGTCGTGGAGAAATTTGTGAGACATGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101057 GTGGAATTGTTGCCTTTCTTGTCGTGGAGAAATTTGTGAGACATGTGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGAGGACATGGTCACAGTCATGGACATGGACACGCTCACAGTCATACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101107 GGAGGACATGGTCACAGTCATGGACATGGACACGCTCACAGTCATACACG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGGAAGTCATGGACATGGAAGACAAG         AGCGTTCTACCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101157 TGGAAGTCATGGACATGGAAGACAAGGTG...CAGAGCGTTCTACCAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGAAGCAGAGCTCAGAGGAAGAAGAAAAGGAAACAAGAGGGGTTCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101330 AGAAGCAGAGCTCAGAGGAAGAAGAAAAGGAAACAAGAGGGGTTCAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AGGCGAGGAGGGAGCACAGTACCCAAAGATGGGCCAGTGAGACCTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101380 AGGCGAGGAGGGAGCACAGTACCCAAAGATGGGCCAGTGAGACCTCAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CGCTGAAGAAGAAAAAAGAGGCTTAG         ACCTGCGTGTGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101430 CGCTGAAGAAGAAAAAAGAGGCTTAGGTA...AAGACCTGCGTGTGTCGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GGTACCTGAATCTGGCTGCTGACTTGGCACACAACTTCACTGATGGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101680 GGTACCTGAATCTGGCTGCTGACTTGGCACACAACTTCACTGATGGTCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GCCATTGGGGCTTCCTTTCGAGGGGGCCGGGGACTAGGGATCCTGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101730 GCCATTGGGGCTTCCTTTCGAGGGGGCCGGGGACTAGGGATCCTGACCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AATGACTGTCCTGCTACATGAAGTGCCCCACGAGGTCGGAGACTTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101780 AATGACTGTCCTGCTACATGAAGTGCCCCACGAGGTCGGAGACTTTGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TCTTGGTCCAGTCTGGCTGCAGCAAAAAGCAG         GCGATGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101830 TCTTGGTCCAGTCTGGCTGCAGCAAAAAGCAGGTT...CAGGCGATGCGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CTGCAACTACTGACAGCAGTAGGGGCACTGGCAGGCACAGCCTGTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102305 CTGCAACTACTGACAGCAGTAGGGGCACTGGCAGGCACAGCCTGTGCCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TCTCACTGAAGGAGGAGCAGTGGGCAGTGAAATTGCAGGTGGTGCAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102355 TCTCACTGAAGGAGGAGCAGTGGGCAGTGAAATTGCAGGTGGTGCAGGTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CTGGCTGGGTCCTGCCATTTACTGCAGGTGGCTTTATCTACGTAGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102405 CTGGCTGGGTCCTGCCATTTACTGCAGGTGGCTTTATCTACGTAGCAACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GTGTCTGTGTTGCCCGAGCTGCTGAGGGAGGCATCACCATTGCAATCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102455 GTGTCTGTGTTGCCCGAGCTGCTGAGGGAGGCATCACCATTGCAATCACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 TCTGGAGGTGCTGGGGCTGCTGGGGGGAGTTATCATGATGGTGCTGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102505 TCTGGAGGTGCTGGGGCTGCTGGGGGGAGTTATCATGATGGTGCTGATTG

   1450     .    :
   1397 CCCACCTTGAG
        |||||||||||
 102555 CCCACCTTGAG