seq1 = pF1KE1314.tfa, 1677 bp
seq2 = pF1KE1314/gi568815593r_39188722.tfa (gi568815593r:39188722_39464464), 275743 bp

>pF1KE1314 1677
>gi568815593r:39188722_39464464 (Chr5)

(complement)

1-77  (100001-100077)   100% ->
78-183  (122269-122374)   100% ->
184-328  (122765-122909)   100% ->
329-476  (123172-123319)   100% ->
477-615  (132651-132789)   100% ->
616-870  (148436-148690)   100% ->
871-1111  (153088-153328)   100% ->
1112-1240  (156107-156235)   100% ->
1241-1416  (157673-157848)   100% ->
1417-1645  (175514-175742)   100% ->
1646-1677  (179232-179263)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGCCTGCCGGAGCTTTGCAGTTGCAATCTGCATTTTAGAAATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAGCCTGCCGGAGCTTTGCAGTTGCAATCTGCATTTTAGAAATAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCCTCACAGCACAGTACACGACCAG         TTATGACCCAGAGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100051 CATCCTCACAGCACAGTACACGACCAGGTG...TAGTTATGACCCAGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAACAGAAAGCAGTGGCTCTGCATCACACATAGACTGCAGAATGAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122283 TAACAGAAAGCAGTGGCTCTGCATCACACATAGACTGCAGAATGAGCCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGGAGTGAATGGTCACAATGCGATCCTTGTCTCAGACAAATG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 122333 TGGAGTGAATGGTCACAATGCGATCCTTGTCTCAGACAAATGGTA...CA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    184  TTTCGTTCAAGAAGCATTGAGGTCTTTGGACAATTTAATGGGAAAAGAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122764 GTTTCGTTCAAGAAGCATTGAGGTCTTTGGACAATTTAATGGGAAAAGAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCACCGACGCTGTGGGAGACAGACGACAGTGTGTGCCCACAGAGCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122814 GCACCGACGCTGTGGGAGACAGACGACAGTGTGTGCCCACAGAGCCCTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGGATGCTGAGGATGACTGCGGAAATGACTTTCAATGCAGTACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 122864 GAGGATGCTGAGGATGACTGCGGAAATGACTTTCAATGCAGTACAGGTA.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    329      GCAGATGCATAAAGATGCGACTTCGGTGTAATGGTGACAATGACT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122914 ..CAGGCAGATGCATAAAGATGCGACTTCGGTGTAATGGTGACAATGACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCGGAGACTTTTCAGATGAGGATGATTGTGAAAGTGAGCCCCGTCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123217 GCGGAGACTTTTCAGATGAGGATGATTGTGAAAGTGAGCCCCGTCCCCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGCAGAGACAGAGTGGTAGAAGAGTCTGAGCTGGCACGAACAGCAGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123267 TGCAGAGACAGAGTGGTAGAAGAGTCTGAGCTGGCACGAACAGCAGGCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGG         GATCAACATTTTAGGGATGGATCCCCTAAGCACACCTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123317 TGGGTG...CAGGATCAACATTTTAGGGATGGATCCCCTAAGCACACCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGACAATGAGTTCTACAATGGACTCTGTAACCGGGATCGGGATGGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132689 TTGACAATGAGTTCTACAATGGACTCTGTAACCGGGATCGGGATGGAAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACTCTGACATACTACCGAAGACCTTGGAACGTGGCTTCTTTGATCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132739 ACTCTGACATACTACCGAAGACCTTGGAACGTGGCTTCTTTGATCTATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 A         ACCAAAGGCGAGAAAAATTTCAGAACCGAACATTACGAAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132789 AGTA...TAGACCAAAGGCGAGAAAAATTTCAGAACCGAACATTACGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AACAAATTGAAGCATTTAAAAGTATCATCCAAGAGAAGACATCAAATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148476 AACAAATTGAAGCATTTAAAAGTATCATCCAAGAGAAGACATCAAATTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AATGCAGCTATATCTCTAAAATTTACACCCACTGAAACAAATAAAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148526 AATGCAGCTATATCTCTAAAATTTACACCCACTGAAACAAATAAAGCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ACAATGTTGTGAGGAAACAGCCTCCTCAATTTCTTTACATGGCAAGGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148576 ACAATGTTGTGAGGAAACAGCCTCCTCAATTTCTTTACATGGCAAGGGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTTTTCGGTTTTCATATTCCAAAAATGAAACTTACCAACTATTTTTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148626 GTTTTCGGTTTTCATATTCCAAAAATGAAACTTACCAACTATTTTTGTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TATTCTTCAAAGAAG         GAAAAAATGTTTCTGCATGTGAAAGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 148676 TATTCTTCAAAGAAGGTA...CAGGAAAAAATGTTTCTGCATGTGAAAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGAAATTCATCTGGGAAGATTTGTAATGAGAAATCGCGATGTTGTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153114 AGAAATTCATCTGGGAAGATTTGTAATGAGAAATCGCGATGTTGTGCTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CAACAACTTTTGTGGATGATATAAAAGCTTTGCCAACTACCTATGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153164 CAACAACTTTTGTGGATGATATAAAAGCTTTGCCAACTACCTATGAAAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GGAGAATATTTTGCCTTTTTGGAAACCTATGGAACTCACTACAGTAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153214 GGAGAATATTTTGCCTTTTTGGAAACCTATGGAACTCACTACAGTAGCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGGGTCTCTAGGAGGACTCTATGAACTAATATATGTTTTGGATAAAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153264 TGGGTCTCTAGGAGGACTCTATGAACTAATATATGTTTTGGATAAAGCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CCATGAAGCGGAAAG         GTGTTGAACTAAAAGACATAAAGAGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 153314 CCATGAAGCGGAAAGGTA...CAGGTGTTGAACTAAAAGACATAAAGAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TGCCTTGGGTATCATCTGGATGTATCTCTGGCTTTCTCTGAAATCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156133 TGCCTTGGGTATCATCTGGATGTATCTCTGGCTTTCTCTGAAATCTCTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TGGAGCTGAATTTAATAAAGATGATTGTGTAAAGAGGGGAGAGGGTAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156183 TGGAGCTGAATTTAATAAAGATGATTGTGTAAAGAGGGGAGAGGGTAGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CTG         TAAACATCACCAGTGAAAACCTCATAGATGATGTTGTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156233 CTGGTA...CAGTAAACATCACCAGTGAAAACCTCATAGATGATGTTGTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TCACTCATAAGAGGTGGAACCAGAAAATATGCATTTGAACTGAAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157711 TCACTCATAAGAGGTGGAACCAGAAAATATGCATTTGAACTGAAAGAAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GCTTCTCCGAGGAACCGTGATTGATGTGACTGACTTTGTCAACTGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157761 GCTTCTCCGAGGAACCGTGATTGATGTGACTGACTTTGTCAACTGGGCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CTTCCATAAATGATGCTCCTGTTCTCATTAGTCAAAAA         CTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 157811 CTTCCATAAATGATGCTCCTGTTCTCATTAGTCAAAAAGTA...CAGCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TCTCCTATATATAATCTGGTTCCAGTGAAAATGAAAAATGCACACCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175517 TCTCCTATATATAATCTGGTTCCAGTGAAAATGAAAAATGCACACCTAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GAAACAAAACTTGGAAAGAGCCATTGAAGACTATATCAATGAATTTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175567 GAAACAAAACTTGGAAAGAGCCATTGAAGACTATATCAATGAATTTAGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TAAGAAAATGCCACACATGCCAAAATGGAGGTACAGTGATTCTAATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175617 TAAGAAAATGCCACACATGCCAAAATGGAGGTACAGTGATTCTAATGGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GGAAAGTGTTTGTGTGCCTGCCCATTCAAATTTGAGGGAATTGCCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175667 GGAAAGTGTTTGTGTGCCTGCCCATTCAAATTTGAGGGAATTGCCTGTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 AATCAGTAAACAAAAAATTTCTGAAG         GATTGCCAGCCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 175717 AATCAGTAAACAAAAAATTTCTGAAGGTG...TAGGATTGCCAGCCCTAG

   1750     .    :    .
   1661 AGTTCCCCAATGAAAAA
        |||||||||||||||||
 179247 AGTTCCCCAATGAAAAA