seq1 = pF1KE1308.tfa, 1572 bp
seq2 = pF1KE1308/gi568815595r_48058948.tfa (gi568815595r:48058948_48287947), 229000 bp

>pF1KE1308 1572
>gi568815595r:48058948_48287947 (Chr3)

(complement)

1-170  (100001-100170)   100% ->
171-247  (101169-101245)   100% ->
248-290  (103253-103295)   100% ->
291-327  (104112-104148)   100% ->
328-429  (104918-105019)   100% ->
430-549  (107108-107227)   100% ->
550-684  (109960-110094)   100% ->
685-756  (110506-110577)   100% ->
757-930  (113491-113664)   100% ->
931-1029  (120004-120102)   100% ->
1030-1092  (122055-122117)   100% ->
1093-1191  (122214-122312)   100% ->
1192-1322  (123511-123641)   100% ->
1323-1434  (128493-128604)   100% ->
1435-1572  (128863-129000)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAACTGGGCCCGGAGCCCCCGCACCGCCGCCGCCTGCTCTTCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAACTGGGCCCGGAGCCCCCGCACCGCCGCCGCCTGCTCTTCGCCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCCCCCCTCCCGCGTCGCAGCCCGTCGTGAAGGCGCTATTTGGCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCCCCCCTCCCGCGTCGCAGCCCGTCGTGAAGGCGCTATTTGGCGCTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGCCGCCGGGGGACTGTCGCCTGTCACCAACCTGACCGTCACTATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGCCGCCGGGGGACTGTCGCCTGTCACCAACCTGACCGTCACTATGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGCTGCAGGGTCTGGGCAG         TGATTATGAGCAACCACTGGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100151 CAGCTGCAGGGTCTGGGCAGGTA...CAGTGATTATGAGCAACCACTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTGAAGAACAACAGTAATCTGCAGAGAATGGGCTCCTCCGAGTCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101190 GGTGAAGAACAACAGTAATCTGCAGAGAATGGGCTCCTCCGAGTCAACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATTCAG         GTTTCTGTCTAGATTCTCCTGGGCCATTGGACAGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101240 ATTCAGGTA...TAGGTTTCTGTCTAGATTCTCCTGGGCCATTGGACAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAGAAAA         CCTTGAAAATCCTATGAGAAGAATACATTCCCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 103288 AAAGAAAAGTA...CAGCCTTGAAAATCCTATGAGAAGAATACATTCCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACCT         CAGAAGCTGTTGGGATGTAGTCCAGCTCTGAAGAGGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104145 ACCTGTA...TAGCAGAAGCTGTTGGGATGTAGTCCAGCTCTGAAGAGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GCCATTCTGATTCTCTTGACCATGACATCTTTCAGCTCATCGACCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104955 GCCATTCTGATTCTCTTGACCATGACATCTTTCAGCTCATCGACCCAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAGAACAAGGAAAAT         GAAGCCTTTGAGTTTAAGAAGCCAGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105005 GAGAACAAGGAAAATGTG...CAGGAAGCCTTTGAGTTTAAGAAGCCAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AAGACCTGTATCTCGTGGCTGCCTGCACTCTCATGGACTCCAGGAGGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107134 AAGACCTGTATCTCGTGGCTGCCTGCACTCTCATGGACTCCAGGAGGGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AAGATCTCTTCACACAGAGGCAGAACTCTGCCCCAGCTCGGATG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 107184 AAGATCTCTTCACACAGAGGCAGAACTCTGCCCCAGCTCGGATGGTA...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    550    CTTTCCTCAAATGAAAGAGATAGCAGTGAACCAGGGAATTTCATTCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109957 CAGCTTTCCTCAAATGAAAGAGATAGCAGTGAACCAGGGAATTTCATTCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TCTTTTTACACCCCAGTCACCTGTGACAGCCACTTTGTCTGATGAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110007 TCTTTTTACACCCCAGTCACCTGTGACAGCCACTTTGTCTGATGAGGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATGGCTTCGTGGACCTTCTCGATGGAGAGAATCTGAAG         AAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 110057 ATGGCTTCGTGGACCTTCTCGATGGAGAGAATCTGAAGGTA...TAGAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GAGGAGGAGACCCCCTCGTGCATGGCAAGCCTCTGGACAGCTCCTCTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110509 GAGGAGGAGACCCCCTCGTGCATGGCAAGCCTCTGGACAGCTCCTCTCGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CATGAGAACTACAAACCTT         GACAACCGATGCAAGCTGTTTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 110559 CATGAGAACTACAAACCTTGTG...AAGGACAACCGATGCAAGCTGTTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ACTCCCCTTCCCTGTGTAGCTCCAGCACTCGGTCAGTGTTGAAGAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113513 ACTCCCCTTCCCTGTGTAGCTCCAGCACTCGGTCAGTGTTGAAGAGACCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAACGATCTCAAGAGGAGTCTCCACCTGGAAGTACAAAGAGGAGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113563 GAACGATCTCAAGAGGAGTCTCCACCTGGAAGTACAAAGAGGAGGAAGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CATGTCTGGGGCCAGCCCCAAAGAGTCAACTAATCCAGAGAAGGCCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113613 CATGTCTGGGGCCAGCCCCAAAGAGTCAACTAATCCAGAGAAGGCCCATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AG         ACTCTTCATCAGTCTTTATCCCTGGCATCTTCCCCCAAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113663 AGGTT...CAGACTCTTCATCAGTCTTTATCCCTGGCATCTTCCCCCAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GGAACCATTGAGAACATTTTGGACAATGACCCAAGGGACCTTATAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120043 GGAACCATTGAGAACATTTTGGACAATGACCCAAGGGACCTTATAGGAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CTTCTCCAAG         GGTTATCTCTTTCATACAGTTGCTGGGAAAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 120093 CTTCTCCAAGGTA...AAGGGTTATCTCTTTCATACAGTTGCTGGGAAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ATCAGGATTTAAAATACATCTCTCCAGAAATT         ATGGCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 122086 ATCAGGATTTAAAATACATCTCTCCAGAAATTGTA...CAGATGGCATCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GTTTTGAATGGCAAGTTTGCCAACCTCATTAAAGAGTTTGTTATCATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122223 GTTTTGAATGGCAAGTTTGCCAACCTCATTAAAGAGTTTGTTATCATCGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CTGTCGATACCCATATGAATACGAGGGAGGCCACATCAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 122273 CTGTCGATACCCATATGAATACGAGGGAGGCCACATCAAGGTA...CAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 GTGCAGTGAACTTGCACATGGAAGAAGAGGTTGAAGACTTCTTATTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123512 GTGCAGTGAACTTGCACATGGAAGAAGAGGTTGAAGACTTCTTATTGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 AAGCCCATTGTACCTACTGATGGCAAGCGTGTCATTGTTGTGTTTCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123562 AAGCCCATTGTACCTACTGATGGCAAGCGTGTCATTGTTGTGTTTCACTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CGAGTTTTCTTCTGAGAGAGGTCCCCGCAT         GTGCCGGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 123612 CGAGTTTTCTTCTGAGAGAGGTCCCCGCATGTG...TAGGTGCCGGTATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 TGAGAGAGAGAGATCGCCTGGGTAATGAATACCCCAAACTCCACTACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128504 TGAGAGAGAGAGATCGCCTGGGTAATGAATACCCCAAACTCCACTACCCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GAGCTGTATGTCCTGAAGGGGGGATACAAGGAGTTCTTTATGAAATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128554 GAGCTGTATGTCCTGAAGGGGGGATACAAGGAGTTCTTTATGAAATGCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 G         TCTTACTGTGAGCCCCCTAGCTACCGGCCCATGCACCACG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128604 GGTA...CAGTCTTACTGTGAGCCCCCTAGCTACCGGCCCATGCACCACG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 AGGACTTTAAAGAAGACCTGAAGAAGTTCCGCACCAAGAGCCGGACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128903 AGGACTTTAAAGAAGACCTGAAGAAGTTCCGCACCAAGAGCCGGACCTGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1525 GCAGGGGAGAAGAGCAAGAGGGAGATGTACAGTCGTCTGAAGAAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128953 GCAGGGGAGAAGAGCAAGAGGGAGATGTACAGTCGTCTGAAGAAGCTC