seq1 = pF1KE1263.tfa, 1821 bp
seq2 = pF1KE1263/gi568815596f_233151828.tfa (gi568815596f:233151828_233394347), 242520 bp

>pF1KE1263 1821
>gi568815596f:233151828_233394347 (Chr2)

1-115  (100001-100115)   100% ->
116-209  (104275-104368)   100% ->
210-315  (111303-111408)   100% ->
316-389  (112165-112238)   100% ->
390-641  (113065-113316)   100% ->
642-707  (118175-118240)   100% ->
708-794  (121139-121225)   100% ->
795-851  (121894-121950)   100% ->
852-954  (122849-122951)   100% ->
955-1060  (125741-125846)   100% ->
1061-1131  (129278-129348)   100% ->
1132-1203  (130855-130926)   100% ->
1204-1324  (138027-138147)   100% ->
1325-1430  (138421-138526)   100% ->
1431-1580  (140301-140450)   100% ->
1581-1628  (140560-140607)   100% ->
1629-1730  (141429-141530)   100% ->
1731-1821  (142430-142520)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGTCGGGCCTCCGCGCCGCTGACTTCCCCCGCTGGAAGCGCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGTCGGGCCTCCGCGCCGCTGACTTCCCCCGCTGGAAGCGCCACAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCGGAGCAACTGAGGCGCCGGGACCGGCTGCAGAGACAGGCGTTCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCGGAGCAACTGAGGCGCCGGGACCGGCTGCAGAGACAGGCGTTCGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGATCATCCTGCAGT         ATAACAAATTGCTGGAAAAGTCAGAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGATCATCCTGCAGTGTG...TAGATAACAAATTGCTGGAAAAGTCAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTCATTCAGTGTTGGCCCAGAAACTACAGGCTGAAAAGCATGACGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104301 CTTCATTCAGTGTTGGCCCAGAAACTACAGGCTGAAAAGCATGACGTACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAACAGGCACGAGATAAG         TCCCGGACATGATGGCACATGGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 104351 AAACAGGCACGAGATAAGGTA...TAGTCCCGGACATGATGGCACATGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGACAATCAGCTACAAGAAATGGCCCAACTGAGGATTAAGCACCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111326 ATGACAATCAGCTACAAGAAATGGCCCAACTGAGGATTAAGCACCAAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAACTGACTGAATTACACAAGAAACGTGGGGAG         TTAGCTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 111376 GAACTGACTGAATTACACAAGAAACGTGGGGAGGTA...CAGTTAGCTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACTGGTGATTGACCTGAATAACCAAATGCAGCGGAAGGACAGGGAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112173 ACTGGTGATTGACCTGAATAACCAAATGCAGCGGAAGGACAGGGAGATGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGATGAATGAAGCAAA         AATTGCAGAATGTTTGCAGACTATC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 112223 AGATGAATGAAGCAAAGTG...CAGAATTGCAGAATGTTTGCAGACTATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCTGACCTGGAGACGGAGTGCCTAGACCTGCGCACTAAGCTTTGTGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113090 TCTGACCTGGAGACGGAGTGCCTAGACCTGCGCACTAAGCTTTGTGACCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGAAAGAGCCAACCAGACCCTGAAGGATGAATATGATGCCCTGCAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113140 TGAAAGAGCCAACCAGACCCTGAAGGATGAATATGATGCCCTGCAGATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTTTTACTGCCTTGGAGGGAAAACTGAGGAAAACTACGGAAGAGAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113190 CTTTTACTGCCTTGGAGGGAAAACTGAGGAAAACTACGGAAGAGAACCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGCTGGTCACCAGATGGATGGCTGAGAAAGCCCAGGAAGCCAATCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113240 GAGCTGGTCACCAGATGGATGGCTGAGAAAGCCCAGGAAGCCAATCGGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TAATGCAGAGAATGAAAAAGACTCCAG         GAGGCGGCAAGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 113290 TAATGCAGAGAATGAAAAAGACTCCAGGTG...CAGGAGGCGGCAAGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGCTGCAGAAAGAGCTTGCAGAAGCAGCAAAGGAACCTCTACCAGTCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118189 GGCTGCAGAAAGAGCTTGCAGAAGCAGCAAAGGAACCTCTACCAGTCGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CA         GGATGATGACATTGAGGTCATTGTGGATGAAACTTCTGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118239 CAGTA...CAGGGATGATGACATTGAGGTCATTGTGGATGAAACTTCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCACACAGAAGAGACCTCTCCTGTGCGAGCCATCAGCAGAGCAGCCAC  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 121178 TCACACAGAAGAGACCTCTCCTGTGCGAGCCATCAGCAGAGCAGCCACGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    795        TAAGCGACTCTCGCAGCCTGCTGGAGGCCTTCTGGATTCTATC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121228 A...TAGTAAGCGACTCTCGCAGCCTGCTGGAGGCCTTCTGGATTCTATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACTAATATCTTTGG         GAGACGCTCTGTCTCTTCCTTCCCAGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 121937 ACTAATATCTTTGGGTA...TAGGAGACGCTCTGTCTCTTCCTTCCCAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCCCCAGGACAATGTGGATACTCATCCTGGTTCTGGTAAAGAAGTGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122876 CCCCCAGGACAATGTGGATACTCATCCTGGTTCTGGTAAAGAAGTGAGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TACCAGCTACTGCCTTGTGTGTCTTC         GATGCACATGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 122926 TACCAGCTACTGCCTTGTGTGTCTTCGTA...CAGGATGCACATGATGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GAAGTCAACGCTGTGCAGTTCAGTCCAGGTTCCCGGTTACTGGCCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125756 GAAGTCAACGCTGTGCAGTTCAGTCCAGGTTCCCGGTTACTGGCCACTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGGCATGGACCGCAGGGTTAAGCTTTGGGAAGTATTTGGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 125806 AGGCATGGACCGCAGGGTTAAGCTTTGGGAAGTATTTGGAGGTG...CAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AAAAATGTGAGTTCAAGGGTTCCCTATCTGGCAGTAATGCAGGAATTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129278 AAAAATGTGAGTTCAAGGGTTCCCTATCTGGCAGTAATGCAGGAATTACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AGCATTGAATTTGATAGTGCT         GGATCTTACCTCTTAGCAGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 129328 AGCATTGAATTTGATAGTGCTGTA...CAGGGATCTTACCTCTTAGCAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TTCAAATGATTTTGCAAGCCGAATCTGGACTGTGGATGATTATCGATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130875 TTCAAATGATTTTGCAAGCCGAATCTGGACTGTGGATGATTATCGATTAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GG         CACACACTCACGGGACACAGTGGGAAAGTGCTGTCTGCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130925 GGGTA...TAGCACACACTCACGGGACACAGTGGGAAAGTGCTGTCTGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 AAGTTCCTGCTGGACAATGCGCGGATTGTCTCAGGAAGTCACGACCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138066 AAGTTCCTGCTGGACAATGCGCGGATTGTCTCAGGAAGTCACGACCGGAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TCTCAAACTCTGGGATCTACGCAGCAAAGTCT         GCATAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 138116 TCTCAAACTCTGGGATCTACGCAGCAAAGTCTGTG...CAGGCATAAAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 CAGTGTTTGCAGGATCCAGTTGCAATGATATTGTCTGCACAGAGCAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138430 CAGTGTTTGCAGGATCCAGTTGCAATGATATTGTCTGCACAGAGCAATGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GTAATGAGTGGACATTTTGACAAGAAAATTCGTTTCTGGGACATTCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 138480 GTAATGAGTGGACATTTTGACAAGAAAATTCGTTTCTGGGACATTCGGTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1431       ATCAGAGAGCATAGTTCGAGAGATGGAGCTGTTGGGAAAGATTA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138530 ...TAGATCAGAGAGCATAGTTCGAGAGATGGAGCTGTTGGGAAAGATTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 CTGCCCTGGACTTAAACCCAGAAAGGACTGAGCTCCTGAGCTGCTCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140345 CTGCCCTGGACTTAAACCCAGAAAGGACTGAGCTCCTGAGCTGCTCCCGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 GATGACTTGCTAAAAGTTATTGATCTCCGAACAAATGCTATCAAGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140395 GATGACTTGCTAAAAGTTATTGATCTCCGAACAAATGCTATCAAGCAGAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 ATTCAG         TGCACCTGGGTTCAAGTGCGGCTCTGACTGGACCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140445 ATTCAGGTA...CAGTGCACCTGGGTTCAAGTGCGGCTCTGACTGGACCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 GAGTTGTCTTCAG         CCCTGATGGCAGTTACGTGGCGGCAGGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 140595 GAGTTGTCTTCAGGTT...TAGCCCTGATGGCAGTTACGTGGCGGCAGGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 TCTGCTGAGGGCTCTCTGTATATCTGGAGTGTGCTCACAGGGAAAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141457 TCTGCTGAGGGCTCTCTGTATATCTGGAGTGTGCTCACAGGGAAAGTGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 AAAGGTTCTTTCAAAGCAGCACAG         CTCATCCATCAATGCGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 141507 AAAGGTTCTTTCAAAGCAGCACAGGTA...AAGCTCATCCATCAATGCGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 TGGCGTGGTCGCCCTCTGGCTCGCACGTTGTCAGTGTGGACAAAGGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142447 TGGCGTGGTCGCCCTCTGGCTCGCACGTTGTCAGTGTGGACAAAGGATGC

   1950     .    :    .    :
   1798 AAAGCTGTGCTGTGGGCACAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||
 142497 AAAGCTGTGCTGTGGGCACAGTAC