seq1 = pF1KE1195.tfa, 2484 bp
seq2 = pF1KE1195/gi568815597r_58560000.tfa (gi568815597r:58560000_58800052), 240053 bp

>pF1KE1195 2484
>gi568815597r:58560000_58800052 (Chr1)

(complement)

1-68  (100001-100068)   100% ->
69-147  (104846-104924)   100% ->
148-218  (107122-107192)   100% ->
219-296  (109636-109713)   100% ->
297-320  (109804-109827)   100% ->
321-399  (110937-111015)   100% ->
400-498  (114802-114900)   100% ->
499-1259  (117508-118268)   99% ->
1260-1390  (122997-123127)   99% ->
1391-1494  (124473-124576)   100% ->
1495-1572  (126403-126480)   100% ->
1573-1661  (128095-128183)   100% ->
1662-1716  (131015-131069)   100% ->
1717-1767  (131371-131421)   100% ->
1768-1842  (132132-132206)   100% ->
1843-2031  (132827-133015)   100% ->
2032-2164  (134422-134554)   100% ->
2165-2270  (138542-138647)   100% ->
2271-2328  (138826-138883)   100% ->
2329-2484  (139898-140053)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCTGAAGAGGCGGATGTGGATATCGAAGGGGACGTGGTAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCTGAAGAGGCGGATGTGGATATCGAAGGGGACGTGGTAGCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGGGGGCACAGCCAGG         AAGTGGTGAAAATACAGCATCAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100051 GGCGGGGGCACAGCCAGGGTG...CAGAAGTGGTGAAAATACAGCATCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTTTACAAAAAGATCACTATCTTGATTCATCTTGGAGAACAGAGAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104869 TTTTACAAAAAGATCACTATCTTGATTCATCTTGGAGAACAGAGAATGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTATT         CCTTGGACCTTGGATAACACCATCAGTGAAGAGAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104919 CTTATTGTA...TAGCCTTGGACCTTGGATAACACCATCAGTGAAGAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAGAGCTGTTATTGAGAAAATGTTGTTGGAAGAAGA         ATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 107157 CAGAGCTGTTATTGAGAAAATGTTGTTGGAAGAAGAGTA...CAGATATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ATTTATCTAAAAAATCACAACCGGAAAAAGTCTGGCTTGATCAAAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109641 ATTTATCTAAAAAATCACAACCGGAAAAAGTCTGGCTTGATCAAAAGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GATGATAAAAAATACATGAAGAG         TCTGCAGAAAACAGCAAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 109691 GATGATAAAAAATACATGAAGAGGTA...CAGTCTGCAGAAAACAGCAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AATCAT         GGTACACTCTCCTACAAAACCAGCCAGTTACTCAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109822 AATCATGTA...CAGGGTACACTCTCCTACAAAACCAGCCAGTTACTCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 TAAAGTGGACGATAGAAGAAAAAGAGCTGTTTGAACAAGGGCTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 110972 TAAAGTGGACGATAGAAGAAAAAGAGCTGTTTGAACAAGGGCTGGTA...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    400    GCTAAATTTGGCCGAAGATGGACCAAAATTTCAAAGCTAATTGGAAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114799 CAGGCTAAATTTGGCCGAAGATGGACCAAAATTTCAAAGCTAATTGGAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 CCGCACTGTTTTACAAGTGAAGAGTTATGCAAGACAGTATTTTAAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114849 CCGCACTGTTTTACAAGTGAAGAGTTATGCAAGACAGTATTTTAAAAATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AG         GTCAAATGCGGTCTGGATAAAGAAACACCAAATCAGAAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114899 AGGTA...AAGGTCAAATGCGGTCTGGATAAAGAAACACCAAATCAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 ACCGGCCATAATCTTCAAGTTAAAAATGAAGATAAAGGGACAAAGGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117547 ACCGGCCATAATCTTCAAGTTAAAAATGAAGATAAAGGGACAAAGGCATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GACACCATCATGTTTAAGGGGACGTGCTGATCCCAACTTGAATGCTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117597 GACACCATCATGTTTAAGGGGACGTGCTGATCCCAACTTGAATGCTGTAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AAATTGAAAAGTTATCTGATGATGAAGAAGTAGACATCACAGATGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117647 AAATTGAAAAGTTATCTGATGATGAAGAAGTAGACATCACAGATGAGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GACGAGTTGTCTTCTCAAACACCCCAGAAGAATTCTAGCAGTGATCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117697 GACGAGTTGTCTTCTCAAACACCCCAGAAGAATTCTAGCAGTGATCTCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GTTAGACTTTCCTAATAGTAAAATGCATGAAACCAATCAAGGAGAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117747 GTTAGACTTTCCTAATAGTAAAATGCATGAAACCAATCAAGGAGAATTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TTGCTTCTGACAGCCAGGAAGCTCTCTTTTCTAAGTCTTCCAGGGGCTGT
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117797 TTACTTCTGACAGCCAGGAAGCTCTCTTTTCTAAGTCTTCCAGGGGCTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTTCAAAATGAAAAGCAAGATGAAACACTTTCAAGCTCAGAAATTACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117847 CTTCAAAATGAAAAGCAAGATGAAACACTTTCAAGCTCAGAAATTACACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GTGGACTGAGAAACAGAGCAATGGTGACAAAAAATCAATTGAATTAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117897 GTGGACTGAGAAACAGAGCAATGGTGACAAAAAATCAATTGAATTAAATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACCAGAAATTTAATGAATTGATTAAAAACTGCAACAAGCATGATGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117947 ACCAGAAATTTAATGAATTGATTAAAAACTGCAACAAGCATGATGGAAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GGAATAATAGTTGATGCCAGGCAGTTGCCTTCTCCAGAGCCTTGTGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117997 GGAATAATAGTTGATGCCAGGCAGTTGCCTTCTCCAGAGCCTTGTGAAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TCAGAAAAATTTGAATGATAATGAAATGCTTTTTCATTCTTGCCAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118047 TCAGAAAAATTTGAATGATAATGAAATGCTTTTTCATTCTTGCCAAATGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TAGAGGAAAGCCATGAGGAAGAAGAGCTTAAGCCACCAGAACAGGAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118097 TAGAGGAAAGCCATGAGGAAGAAGAGCTTAAGCCACCAGAACAGGAAATA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GAAATAGATAGAAATATCATTCAAGAAGAAGAAAAACAAGCAATTCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118147 GAAATAGATAGAAATATCATTCAAGAAGAAGAAAAACAAGCAATTCCTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GTTTTTTGAGGGGCGCCAAGCTAAAACACCAGAACGCTATTTGAAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118197 GTTTTTTGAGGGGCGCCAAGCTAAAACACCAGAACGCTATTTGAAAATTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GAAATTATATTTTGGATCAATG         GGAGATATGCAAACCGAAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||| |||
 118247 GAAATTATATTTTGGATCAATGGTA...TAGGGAGATATGCAAACCAAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TACTTAAATAAGACCTCAGTACGTCCTGGCCTGAAGAACTGTGGAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123016 TACTTAAATAAGACCTCAGTACGTCCTGGCCTGAAGAACTGTGGAGATGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TAATTGTATTGGACGGATTCATACATACCTCGAATTGATAGGAGCAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123066 TAATTGTATTGGACGGATTCATACATACCTCGAATTGATAGGAGCAATCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 ATTTTGGATGTG         AACAGGCTGTGTATAATAGGCCACAAACA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 123116 ATTTTGGATGTGGTA...TAGAACAGGCTGTGTATAATAGGCCACAAACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GTTGACAAAGTACGAATCAGAGACAGAAAAGATGCAGTAGAAGCATACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124502 GTTGACAAAGTACGAATCAGAGACAGAAAAGATGCAGTAGAAGCATACCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 ACTTGCCCAGCGTCTGCAGTCTATG         CGTACAAGGAGACGTA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 124552 ACTTGCCCAGCGTCTGCAGTCTATGGTA...CAGCGTACAAGGAGACGTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GGGTCCGAGACCCATGGGGAAACTGGTGTGATGCAAAGGACTTAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126419 GGGTCCGAGACCCATGGGGAAACTGGTGTGATGCAAAGGACTTAGAAGGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CAAACGTTTGAG         CATCTCTCTGCTGAGGAGTTGGCAAAAAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 126469 CAAACGTTTGAGGTA...TAGCATCTCTCTGCTGAGGAGTTGGCAAAAAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 AAGAGAAGAGGAAAAAGGCAGACCTGTTAAATCTTTAAAAGTGCCAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128124 AAGAGAAGAGGAAAAAGGCAGACCTGTTAAATCTTTAAAAGTGCCAAGAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 CAACAAAAAG         CTCGTTTGATCCCTTCCAACTGATACCTTGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 128174 CAACAAAAAGGTG...CAGCTCGTTTGATCCCTTCCAACTGATACCTTGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 AATTTTTTTAGTGAAGAAAAGCAG         GAGCCATTTCAGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 131046 AATTTTTTTAGTGAAGAAAAGCAGGTA...CAGGAGCCATTTCAGGTGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 AGTGGCTTCAGAAGCACTTTTAATAATGGATTTG         CATGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 131388 AGTGGCTTCAGAAGCACTTTTAATAATGGATTTGGTA...TAGCATGCTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 ATGTTTCTATGGCAGAAGTGATTGGTCTGTTAGGAGGAAGATACTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132139 ATGTTTCTATGGCAGAAGTGATTGGTCTGTTAGGAGGAAGATACTCAGAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 GTTGATAAAGTAGTTGAA         GTCTGTGCAGCAGAACCATGTAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 132189 GTTGATAAAGTAGTTGAAGTA...TAGGTCTGTGCAGCAGAACCATGTAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 CAGTCTGAGTACAGGACTACAGTGTGAGATGGATCCTGTATCACAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132850 CAGTCTGAGTACAGGACTACAGTGTGAGATGGATCCTGTATCACAAACAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 AGGCCTCAGAAACCTTGGCTGTTAGAGGCTTCAGTGTTATTGGATGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132900 AGGCCTCAGAAACCTTGGCTGTTAGAGGCTTCAGTGTTATTGGATGGTAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 CATTCTCATCCTGCTTTTGATCCTAATCCTTCCTTACGAGATATTGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132950 CATTCTCATCCTGCTTTTGATCCTAATCCTTCCTTACGAGATATTGACAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 ACAAGCTAAATACCAG         AGTTACTTCTCCAGAGGAGGTGCAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 133000 ACAAGCTAAATACCAGGTA...TAGAGTTACTTCTCCAGAGGAGGTGCAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 AGTTCATTGGGATGATTGTTAGTCCCTATAATCGAAATAATCCCTTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134447 AGTTCATTGGGATGATTGTTAGTCCCTATAATCGAAATAATCCCTTACCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 TATTCTCAGATTACCTGCCTGGTTATAAGTGAGGAAATTAGCCCAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134497 TATTCTCAGATTACCTGCCTGGTTATAAGTGAGGAAATTAGCCCAGATGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 CTCTTATC         GCTTACCTTACAAATTTGAAGTACAGCAGATGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 134547 CTCTTATCGTA...TAGGCTTACCTTACAAATTTGAAGTACAGCAGATGT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 TAGAAGAACCTCAGTGGGGATTAGTATTTGAAAAGACAAGATGGATAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138575 TAGAAGAACCTCAGTGGGGATTAGTATTTGAAAAGACAAGATGGATAATA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 GAAAAATACAGGCTCTCCCATAG         CAGCGTCCCCATGGATAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 138625 GAAAAATACAGGCTCTCCCATAGGTA...CAGCAGCGTCCCCATGGATAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 AATCTTTCGCCGGGATTCTGACCTGACTTGTTTGCAGAAA         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 138844 AATCTTTCGCCGGGATTCTGACCTGACTTGTTTGCAGAAAGTA...TAGC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2330 TTTTGGAGTGTATGAGGAAGACTCTGAGCAAAGTGACCAATTGCTTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139899 TTTTGGAGTGTATGAGGAAGACTCTGAGCAAAGTGACCAATTGCTTTATG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2380 GCTGAAGAATTCTTGACTGAAATAGAAAATTTGTTCCTTTCCAATTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139949 GCTGAAGAATTCTTGACTGAAATAGAAAATTTGTTCCTTTCCAATTATAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 AAGCAACCAAGAGAATGGAGTAACCGAAGAGAACTGTACAAAGGAATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139999 AAGCAACCAAGAGAATGGAGTAACCGAAGAGAACTGTACAAAGGAATTGT

   2650     .
   2480 TAATG
        |||||
 140049 TAATG