seq1 = pF1KE1152.tfa, 1464 bp
seq2 = pF1KE1152/gi568815595r_122640348.tfa (gi568815595r:122640348_122893680), 253333 bp

>pF1KE1152 1464
>gi568815595r:122640348_122893680 (Chr3)

(complement)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-250  (115775-115960)   100% ->
251-432  (124799-124980)   100% ->
433-569  (134321-134457)   100% ->
570-741  (138250-138421)   100% ->
742-825  (141007-141090)   100% ->
826-936  (152568-152678)   100% ->
937-1464  (152806-153333)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCAGGCTCCGAGGCGACCACTCCTGTGATCGTTGCGGCTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGCAGGCTCCGAGGCGACCACTCCTGTGATCGTTGCGGCTGGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGAGGGGAGGAAG         GTGAACATGTCAAACCTTTTAAGCCAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGAGGGGAGGAAGGTA...TAGGTGAACATGTCAAACCTTTTAAGCCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAAAGCAAAAGAAATTATCATGTCTTTACAACAACCTGCAATCTTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115802 AGAAAGCAAAAGAAATTATCATGTCTTTACAACAACCTGCAATCTTCTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACATGGTGTTTGATTGGCCAGCACGACACTGGAATGCTAAATACCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115852 AACATGGTGTTTGATTGGCCAGCACGACACTGGAATGCTAAATACCTTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAGGTCCTTCATGGCAAGCAGATACGATTCAGAATGGGGATGAAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115902 GCAGGTCCTTCATGGCAAGCAGATACGATTCAGAATGGGGATGAAAAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGAGCACAG         TTCCTCAGTTTGAAACTACATGTAATTACGTA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 115952 TGAGCACAGGTA...CAGTTCCTCAGTTTGAAACTACATGTAATTACGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAGCTACACTCGAAGAGTTTCTGACCTGGAACTGTGACCAGTCTAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124831 GAAGCTACACTCGAAGAGTTTCTGACCTGGAACTGTGACCAGTCTAGTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTCTGGACCATTTAGAGATTATGACCATTCCAAGTTCTGGGCTTATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124881 TTCTGGACCATTTAGAGATTATGACCATTCCAAGTTCTGGGCTTATGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACTATAAATATTTTGTCAGTCTATTTGAAGACAAGACAGATCTTTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124931 ACTATAAATATTTTGTCAGTCTATTTGAAGACAAGACAGATCTTTTCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433          GATGTGAAATGGTCTGACTTCGGGTTTCCTGGAAGAAATGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124981 GTA...CAGGATGTGAAATGGTCTGACTTCGGGTTTCCTGGAAGAAATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACAGGAAAGTACATTGTGGATTGGCTCCTTGGGAGCCCACACACCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134362 ACAGGAAAGTACATTGTGGATTGGCTCCTTGGGAGCCCACACACCCTGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATCTGGACTCCTATGGTTGTAACTTGGTATTCCAGGTACAAGGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 134412 ATCTGGACTCCTATGGTTGTAACTTGGTATTCCAGGTACAAGGAAGGTA.

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    570      GAAACGATGGCATCTCTTTCCTCCTGAAGATACTCCTTTCCTTTA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134462 ..TAGGAAACGATGGCATCTCTTTCCTCCTGAAGATACTCCTTTCCTTTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCCAACTAGAATCCCTTATGAAGAATCTAGTGTGTTCAGTAAAATCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138295 TCCAACTAGAATCCCTTATGAAGAATCTAGTGTGTTCAGTAAAATCAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTGTCAATCCTGATTTAAAGCGTTTTCCTCAGTTCCGGAAAGCTCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138345 TTGTCAATCCTGATTTAAAGCGTTTTCCTCAGTTCCGGAAAGCTCAAAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CATGCGGTTACACTGAGCCCAGGACAG         GTTCTCTTTGTTCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 138395 CATGCGGTTACACTGAGCCCAGGACAGGTA...CAGGTTCTCTTTGTTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAGACACTGGTGGCATTACGTAGAATCCATTGATCCTGTCACTGTCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141021 CAGACACTGGTGGCATTACGTAGAATCCATTGATCCTGTCACTGTCAGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TAAACTCATGGATTGAACTG         GAAGAGGATCACCTAGCCCGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 141071 TAAACTCATGGATTGAACTGGTA...CAGGAAGAGGATCACCTAGCCCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTAGAAGAGGCAATCACCCGTATGCTTGTGTGTGCCCTGAAAACTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152589 GTAGAAGAGGCAATCACCCGTATGCTTGTGTGTGCCCTGAAAACTGCAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GAATCCACAAAATACCAGAGCCTGGTTAAACCCCACTGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 152639 GAATCCACAAAATACCAGAGCCTGGTTAAACCCCACTGAGGTA...TAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTGAGGAAACGTCCCATGCAGTCAACTGTTGCTACTTAAATGCAGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152807 TTGAGGAAACGTCCCATGCAGTCAACTGTTGCTACTTAAATGCAGCTGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TCTGCATTTTTTGATCGCTGCAGAACATCTGAGGTAGTAGAAATCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152857 TCTGCATTTTTTGATCGCTGCAGAACATCTGAGGTAGTAGAAATCCAAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 ACTGAGAACAGATGGAGAGCACATGAAAAAGGAAGAATTAAATGTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152907 ACTGAGAACAGATGGAGAGCACATGAAAAAGGAAGAATTAAATGTGTGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACCACATGGAGGTGGGCCAAACAGGTAGCCAGAACTTGACCACAGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152957 ACCACATGGAGGTGGGCCAAACAGGTAGCCAGAACTTGACCACAGGAACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GACAAACCGGAGGCAGCAAGTCCCTTTGGCCCTGATCTGGTCCCTGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153007 GACAAACCGGAGGCAGCAAGTCCCTTTGGCCCTGATCTGGTCCCTGTAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 ACAGAGGTCCGAAGAACCGCCTTCAGAAAGAGGAGGCATATTTGGAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153057 ACAGAGGTCCGAAGAACCGCCTTCAGAAAGAGGAGGCATATTTGGAAGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ATGGGAAAGACTTTGTGGACAAGGATGGAGAACACTTTGGAAAATTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153107 ATGGGAAAGACTTTGTGGACAAGGATGGAGAACACTTTGGAAAATTGCAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TGTGCCAAGAGACAACAAATAATGAGCAACAGTGAAAATGCAATTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153157 TGTGCCAAGAGACAACAAATAATGAGCAACAGTGAAAATGCAATTGAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 ACAGATTGCCTCAAATACTACTACGACTCCTCAAACATTCATTTCTACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153207 ACAGATTGCCTCAAATACTACTACGACTCCTCAAACATTCATTTCTACGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 ATGACTTGCTGGACTGCTTGGTGAATCCACAAGTAACCAGGATAGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153257 ATGACTTGCTGGACTGCTTGGTGAATCCACAAGTAACCAGGATAGTGGCA

   1500     .    :    .    :    .
   1438 CAACTTTTGATACAAGGAAGAAGTTTA
        |||||||||||||||||||||||||||
 153307 CAACTTTTGATACAAGGAAGAAGTTTA