seq1 = pF1KE1142.tfa, 1260 bp
seq2 = pF1KE1142/gi568815594f_6943580.tfa (gi568815594f:6943580_7155051), 211472 bp

>pF1KE1142 1260
>gi568815594f:6943580_7155051 (Chr4)

1-270  (100001-100270)   100% ->
271-1260  (110483-111472)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGAGCTGGGGAAGAAGTACTGCGTGTACTGCCTGGCCGAGGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGAGCTGGGGAAGAAGTACTGCGTGTACTGCCTGGCCGAGGTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCGCTGCGCTTCCGCTGCACCGAGTGCCAGGACATCGAGCTGTGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCGCTGCGCTTCCGCTGCACCGAGTGCCAGGACATCGAGCTGTGCCCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTGCTTCTCGGCCGGCGCCGAGATCGGCCACCACCGCCGCTACCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTGCTTCTCGGCCGGCGCCGAGATCGGCCACCACCGCCGCTACCACGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TACCAGCTGGTGGACGGCGGGCGCTTCACGCTCTGGGGGCCCGAGGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TACCAGCTGGTGGACGGCGGGCGCTTCACGCTCTGGGGGCCCGAGGCCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGCGGCTGGACCAGTCGCGAGGAGCAGCTGCTGCTGGACGCCATCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGCGGCTGGACCAGTCGCGAGGAGCAGCTGCTGCTGGACGCCATCGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGTTCGGCTTCGGAAACTGG         GAAGATATGGCTGCCCACGTT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100251 AGTTCGGCTTCGGAAACTGGGTG...TAGGAAGATATGGCTGCCCACGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGTGCTTCCCGGACTCCCCAAGAGGTGATGGAGCATTACGTGAGCATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110504 GGTGCTTCCCGGACTCCCCAAGAGGTGATGGAGCATTACGTGAGCATGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATCCACGGGAACCTGGGGAAGGCCTGCATCCCCGACACCATCCCCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110554 CATCCACGGGAACCTGGGGAAGGCCTGCATCCCCGACACCATCCCCAACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCGTGACAGACCACACCTGTCCCAGCGGAGGCCCCCTCTCACCCAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110604 GCGTGACAGACCACACCTGTCCCAGCGGAGGCCCCCTCTCACCCAGCCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACCACCCCGCTGCCCCCGCTGGACATCTCTGTGGCTGAGCAGCAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110654 ACCACCCCGCTGCCCCCGCTGGACATCTCTGTGGCTGAGCAGCAGCAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGGCTACATGCCGCTGCGGGATGATTACGAGATCGAGTATGACCAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110704 GGGCTACATGCCGCTGCGGGATGATTACGAGATCGAGTATGACCAGGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCGAGACGCTCATCAGCGGGCTCTCTGTCAACTATGATGACGACGACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110754 CCGAGACGCTCATCAGCGGGCTCTCTGTCAACTATGATGACGACGACGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GAGATCGAGCTGAAGCGCGCCCACGTGGACATGTACGTGCGGAAGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110804 GAGATCGAGCTGAAGCGCGCCCACGTGGACATGTACGTGCGGAAGCTGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGAGAGACAGCGGCGGAAGAACATCGCCCGTGACTACAATCTGGTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110854 AGAGAGACAGCGGCGGAAGAACATCGCCCGTGACTACAATCTGGTGCCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCTTCCTGGGGAAGGACAAGAAGGAGAAGGAAAAGGCGCTGAAGCGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110904 CCTTCCTGGGGAAGGACAAGAAGGAGAAGGAAAAGGCGCTGAAGCGCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ATCACCAAGGAGGAGAAGGAGCTGCGCCTGAAGCTGAGGCCGCTGTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110954 ATCACCAAGGAGGAGAAGGAGCTGCGCCTGAAGCTGAGGCCGCTGTACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GTTCATGTCATGCAAGGAGTTTGATGACCTTTTTGAAAACATGCACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111004 GTTCATGTCATGCAAGGAGTTTGATGACCTTTTTGAAAACATGCACAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AAAAAATGCTCCGGGCCAAGATCCGAGAACTGCAGCGGTACCGGCGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111054 AAAAAATGCTCCGGGCCAAGATCCGAGAACTGCAGCGGTACCGGCGAAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GGGATCACCAAGATGGAAGAGTCGGCAGAGTACGAGGCAGCGCGGCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111104 GGGATCACCAAGATGGAAGAGTCGGCAGAGTACGAGGCAGCGCGGCATAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 ACGGGAGAAGAGGAAGGAGAACAAAAACCTAGCCGGCTCCAAACGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111154 ACGGGAGAAGAGGAAGGAGAACAAAAACCTAGCCGGCTCCAAACGGGGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 AGGAGGACGGCAAAGACAGCGAGTTCGCCGCCATTGAGAACCTTCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111204 AGGAGGACGGCAAAGACAGCGAGTTCGCCGCCATTGAGAACCTTCCAGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 TTCGAGCTCCTGTCAGATCGCGAGAAGGTGCTCTGCAGCTCTTTAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111254 TTCGAGCTCCTGTCAGATCGCGAGAAGGTGCTCTGCAGCTCTTTAAACTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GAGTCCAGCCCGCTACGTGACTGTGAAGACTATTATAATTAAAGACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111304 GAGTCCAGCCCGCTACGTGACTGTGAAGACTATTATAATTAAAGACCACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 TCCAGAAGCGGCAAGGAATCCCCTCCAAAAGCCGCCTTCCTAGCTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111354 TCCAGAAGCGGCAAGGAATCCCCTCCAAAAGCCGCCTTCCTAGCTACCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GACAAAGTCCTAAAGAAAAGGATTTTGAATTTCCTCACAGAAAGCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111404 GACAAAGTCCTAAAGAAAAGGATTTTGAATTTCCTCACAGAAAGCGGCTG

   1250     .    :    .
   1242 GATCTCCAGGGACGCGTCT
        |||||||||||||||||||
 111454 GATCTCCAGGGACGCGTCT