seq1 = pF1KE1139.tfa, 1191 bp
seq2 = pF1KE1139/gi568815581r_78576094.tfa (gi568815581r:78576094_78774742), 198649 bp

>pF1KE1139 1191
>gi568815581r:78576094_78774742 (Chr17)

(complement)

19-105  (65008-65093)   98% ->
106-170  (66482-66546)   100% ->
171-237  (72139-72205)   100% ->
238-356  (72503-72621)   100% ->
357-437  (72992-73072)   100% ->
438-550  (74300-74412)   100% ->
551-699  (75775-75923)   100% ->
700-811  (76363-76474)   100% ->
812-888  (82250-82326)   100% ->
889-960  (93701-93772)   100% ->
961-1115  (94399-94553)   100% ->
1116-1191  (98574-98649)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     19 TACGTTCCCAGTGACCTGACAGCAGAGGAGCGTCAAGAACTGGAGAACAT
        ||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65008 TA GTTCCCAGTGACCTGACAGCAGAGGAGCGTCAAGAACTGGAGAACAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     69 CCGACGGAGAAAACAGGAGCTGCTGGCTGACATTCAG         AGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
  65057 CCGACGGAGAAAACAGGAGCTGCTGGCTGACATTCAGGTA...TAGAGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    110 TGAAGGATGAGATAGCAGAAGTAGCTAATGAAATTGAAAACCTGGGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  66486 TGAAGGATGAGATAGCAGAAGTAGCTAATGAAATTGAAAACCTGGGATCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    160 ACAGAGGAAAG         GAAAAACATGCAGAGGAACAAACAGGTAGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
  66536 ACAGAGGAAAGGTG...CAGGAAAAACATGCAGAGGAACAAACAGGTAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATGGGCAGGAAAAAATTTAATATGGACCCTAAAAAG         GGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
  72169 CATGGGCAGGAAAAAATTTAATATGGACCCTAAAAAGGTA...TAGGGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCCAGTTCTTAATAGAGAACGACCTCCTGAAGAACACTTGTGAAGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  72507 TCCAGTTCTTAATAGAGAACGACCTCCTGAAGAACACTTGTGAAGACATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCCAGTTCTTATATAAAGGCGAAGGGCTCAACAAGACAGCCATCGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  72557 GCCCAGTTCTTATATAAAGGCGAAGGGCTCAACAAGACAGCCATCGGCGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTACCTAGGGGAGAG         AGATGAGTTTAATATCCAGGTTCTTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
  72607 CTACCTAGGGGAGAGGTA...TAGAGATGAGTTTAATATCCAGGTTCTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGCATTTGTGGAGCTGCATGAGTTCACTGATCTTAATCTCGTCCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  73018 ATGCATTTGTGGAGCTGCATGAGTTCACTGATCTTAATCTCGTCCAGGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTACG         GCAGTTCCTGTGGAGCTTCCGGCTACCCGGAGAGGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  73068 CTACGGTG...CAGGCAGTTCCTGTGGAGCTTCCGGCTACCCGGAGAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCAGAAGATCGACCGGATGATGGAGGCGTTTGCCCAGCGATATTGTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  74336 CCAGAAGATCGACCGGATGATGGAGGCGTTTGCCCAGCGATATTGTCAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCAATAATGGCGTGTTCCAGTCCACGG         ATACTTGTTACGTC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  74386 GCAATAATGGCGTGTTCCAGTCCACGGGTA...TAGATACTTGTTACGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTCTCCTTTGCCATCATCATGTTGAACACCAGTCTGCACAACCCCAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  75789 CTCTCCTTTGCCATCATCATGTTGAACACCAGTCTGCACAACCCCAATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAAAGATAAGCCCACTGTGGAGAGGTTCATTGCCATGAACCGAGGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  75839 CAAAGATAAGCCCACTGTGGAGAGGTTCATTGCCATGAACCGAGGCATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATGATGGGGGAGACCTGCCGGAGGAGCTCCTCCGG         AATCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
  75889 ATGATGGGGGAGACCTGCCGGAGGAGCTCCTCCGGGTA...CAGAATCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TATGAGAGCATAAAAAATGAACCCTTTAAAATCCCAGAAGACGACGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  76369 TATGAGAGCATAAAAAATGAACCCTTTAAAATCCCAGAAGACGACGGGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGACCTCACTCACACTTTCTTCAATCCAGACCGAGAAGGCTGGCTATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  76419 TGACCTCACTCACACTTTCTTCAATCCAGACCGAGAAGGCTGGCTATTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AACTCG         GTGGCAGGGTAAAGACTTGGAAGAGACGCTGGTTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
  76469 AACTCGGTA...CAGGTGGCAGGGTAAAGACTTGGAAGAGACGCTGGTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATTCTGACTGACAACTGCCTTTACTACTTTGAGTATACCACG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
  82285 ATTCTGACTGACAACTGCCTTTACTACTTTGAGTATACCACGGTG...TA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    889  GATAAGGAGCCCCGTGGAATCATCCCTTTAGAGAATCTGAGTATCCGGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  93700 GGATAAGGAGCCCCGTGGAATCATCCCTTTAGAGAATCTGAGTATCCGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAGTGGAGGACTCCAAAAAACCA         AACTGCTTTGAGCTTTAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
  93750 AAGTGGAGGACTCCAAAAAACCAGTG...CAGAACTGCTTTGAGCTTTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATCCCCGACAATAAAGACCAAGTTATCAAGGCCTGCAAGACCGAGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  94417 ATCCCCGACAATAAAGACCAAGTTATCAAGGCCTGCAAGACCGAGGCTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CGGGCGGGTGGTGGAGGGGAACCACACTGTTTACCGGATCTCAGCTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  94467 CGGGCGGGTGGTGGAGGGGAACCACACTGTTTACCGGATCTCAGCTCCGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CGCCCGAGGAGAAGGAGGAGTGGATTAAGTGCATTAA         AGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
  94517 CGCCCGAGGAGAAGGAGGAGTGGATTAAGTGCATTAAGTA...CAGAGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GCCATCAGCAGGGACCCTTTCTACGAAATGCTCGCAGCACGGAAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  98578 GCCATCAGCAGGGACCCTTTCTACGAAATGCTCGCAGCACGGAAAAAGAA

   1250     .    :    .    :
   1170 GGTCTCCTCCACGAAGCGACAC
        ||||||||||||||||||||||
  98628 GGTCTCCTCCACGAAGCGACAC