seq1 = pF1KE1129.tfa, 498 bp
seq2 = pF1KE1129/gi568815596r_70353218.tfa (gi568815596r:70353218_70653241), 300024 bp

>pF1KE1129 498
>gi568815596r:70353218_70653241 (Chr2)

(complement)

1-61  (100001-100061)   100% ==
112-233  (187505-187626)   100% ->
234-383  (196754-196903)   100% ->
384-498  (199915-200026)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCAAGATCGGCAGAGGCGCCCTCGATCTCTTTTCAGAGCTCTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCAAGATCGGCAGAGGCGCCCTCGATCTCTTTTCAGAGCTCTTGAG

     50     .    :
     51 CTTTGGGGGTA
        |||||||||||
 100051 CTTTGGGGGTA

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    112 GCAGACCCGCCCGTGGCTGCAGCAGTGGTGTCCCATTTTAATGACTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187505 GCAGACCCGCCCGTGGCTGCAGCAGTGGTGTCCCATTTTAATGACTGCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    162 AGATTCCCACACTCAGTTCTGCTTCCATGGAACCTGCAGGTTTTTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187555 AGATTCCCACACTCAGTTCTGCTTCCATGGAACCTGCAGGTTTTTGGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    212 AGGAGGACAAGCCAGCATGTGT         CTGCCATTCTGGGTACGTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 187605 AGGAGGACAAGCCAGCATGTGTGTA...CAGCTGCCATTCTGGGTACGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    253 GGTGCACGCTGTGAGCATGCGGACCTCCTGGCCGTGGTGGCTGCCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196773 GGTGCACGCTGTGAGCATGCGGACCTCCTGGCCGTGGTGGCTGCCAGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    303 GAAGAAGCAGGCCATCACCGCCTTGGTGGTGGTCTCCATCGTGGCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196823 GAAGAAGCAGGCCATCACCGCCTTGGTGGTGGTCTCCATCGTGGCCCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    353 CTGTCCTTATCATCACATGTGTGCTGATACA         CTGCTGCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 196873 CTGTCCTTATCATCACATGTGTGCTGATACAGTG...CAGCTGCTGCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    394 GTCCGAAAACACTGTGAGTGGTGCCGGGCCCTCATCTGCCGGCACGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199925 GTCCGAAAACACTGTGAGTGGTGCCGGGCCCTCATCTGCCGGCACGAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    444 GCCCAGCGCCCTCCTGAAGGGAAGAACCGCTTGCTGCCACTCAGAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199975 GCCCAGCGCCCTCCTGAAGGGAAGAACCGCTTGCTGCCACTCAGAAACAG

    400     .
    494 TGGTC
        -|-|-
 200025  G T