seq1 = pF1KE1121.tfa, 1098 bp
seq2 = pF1KE1121/gi568815597r_225786730.tfa (gi568815597r:225786730_225989066), 202337 bp

>pF1KE1121 1098
>gi568815597r:225786730_225989066 (Chr1)

(complement)

1-250  (100001-100250)   100% ->
251-497  (101035-101281)   100% ->
498-737  (101429-101668)   100% ->
738-1098  (101977-102337)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGCCCCTGTGGCTCTGCTGGGCACTCTGGGTGTTGCCCCTGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGCCCCTGTGGCTCTGCTGGGCACTCTGGGTGTTGCCCCTGGCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCGGGGCCGCCCTGACCGGGGAGCAGCTCCTGGGCAGCCTGCTGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCCGGGGCCGCCCTGACCGGGGAGCAGCTCCTGGGCAGCCTGCTGCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCTGCAGCTCAAAGAGGTGCCCACCCTGGACAGGGCCGACATGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCTGCAGCTCAAAGAGGTGCCCACCCTGGACAGGGCCGACATGGAGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGTCATCCCCACCCACGTGAGGGCCCAGTACGTGGCCCTGCTGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGTCATCCCCACCCACGTGAGGGCCCAGTACGTGGCCCTGCTGCAGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCCACGGGGACCGCTCCCGCGGAAAGAGGTTCAGCCAGAGCTTCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGCCACGGGGACCGCTCCCGCGGAAAGAGGTTCAGCCAGAGCTTCCGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251          AGGTGGCCGGCAGGTTCCTGGCGTTGGAGGCCAGCACACAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTG...CAGAGGTGGCCGGCAGGTTCCTGGCGTTGGAGGCCAGCACACAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGCTGGTGTTCGGCATGGAGCAGCGGCTGCCGCCCAACAGCGAGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101076 CTGCTGGTGTTCGGCATGGAGCAGCGGCTGCCGCCCAACAGCGAGCTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCAGGCCGTGCTGCGGCTCTTCCAGGAGCCGGTCCCCAAGGCCGCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101126 GCAGGCCGTGCTGCGGCTCTTCCAGGAGCCGGTCCCCAAGGCCGCGCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACAGGCACGGGCGGCTGTCCCCGCGCAGCGCCCGGGCCCGGGTGACCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101176 ACAGGCACGGGCGGCTGTCCCCGCGCAGCGCCCGGGCCCGGGTGACCGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGTGGCTGCGCGTCCGCGACGACGGCTCCAACCGCACCTCCCTCATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101226 GAGTGGCTGCGCGTCCGCGACGACGGCTCCAACCGCACCTCCCTCATCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTCCAG         GCTGGTGTCCGTCCACGAGAGCGGCTGGAAGGCCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101276 CTCCAGGTG...CAGGCTGGTGTCCGTCCACGAGAGCGGCTGGAAGGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCGACGTGACCGAGGCCGTGAACTTCTGGCAGCAGCTGAGCCGGCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101464 TCGACGTGACCGAGGCCGTGAACTTCTGGCAGCAGCTGAGCCGGCCCCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CAGCCGCTGCTGCTACAGGTGTCGGTGCAGAGGGAGCATCTGGGCCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101514 CAGCCGCTGCTGCTACAGGTGTCGGTGCAGAGGGAGCATCTGGGCCCGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GGCGTCCGGCGCCCACAAGCTGGTCCGCTTTGCCTCGCAGGGGGCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101564 GGCGTCCGGCGCCCACAAGCTGGTCCGCTTTGCCTCGCAGGGGGCGCCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCGGGCTTGGGGAGCCCCAGCTGGAGCTGCACACCCTGGACCTTGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101614 CCGGGCTTGGGGAGCCCCAGCTGGAGCTGCACACCCTGGACCTTGGGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TATGG         AGCTCAGGGCGACTGTGACCCTGAAGCACCAATGAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101664 TATGGGTA...CAGAGCTCAGGGCGACTGTGACCCTGAAGCACCAATGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CGAGGGCACCCGCTGCTGCCGCCAGGAGATGTACATTGACCTGCAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102013 CGAGGGCACCCGCTGCTGCCGCCAGGAGATGTACATTGACCTGCAGGGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TGAAGTGGGCCGAGAACTGGGTGCTGGAGCCCCCGGGCTTCCTGGCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102063 TGAAGTGGGCCGAGAACTGGGTGCTGGAGCCCCCGGGCTTCCTGGCTTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GAGTGTGTGGGCACCTGCCGGCAGCCCCCGGAGGCCCTGGCCTTCAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102113 GAGTGTGTGGGCACCTGCCGGCAGCCCCCGGAGGCCCTGGCCTTCAAGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GCCGTTTCTGGGGCCTCGACAGTGCATCGCCTCGGAGACTGACTCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102163 GCCGTTTCTGGGGCCTCGACAGTGCATCGCCTCGGAGACTGACTCGCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CCATGATCGTCAGCATCAAGGAGGGAGGCAGGACCAGGCCCCAGGTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102213 CCATGATCGTCAGCATCAAGGAGGGAGGCAGGACCAGGCCCCAGGTGGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 AGCCTGCCCAACATGAGGGTGCAGAAGTGCAGCTGTGCCTCGGATGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102263 AGCCTGCCCAACATGAGGGTGCAGAAGTGCAGCTGTGCCTCGGATGGTGC

   1100     .    :    .    :    .
   1074 GCTCGTGCCAAGGAGGCTCCAGCCA
        |||||||||||||||||||||||||
 102313 GCTCGTGCCAAGGAGGCTCCAGCCA