seq1 = pF1KE1109.tfa, 333 bp
seq2 = pF1KE1109/gi568815575f_52270015.tfa (gi568815575f:52270015_52472672), 202658 bp

>pF1KE1109 333
>gi568815575f:52270015_52472672 (ChrX)

1-81  (100001-100081)   100% ->
82-187  (100553-100658)   100% ->
188-313  (102530-102655)   99% ->
314-333  (105555-105574)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTTGGCGAGGAAGATCAACATATAGGCCTAGGCCAAGAAGAAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTTGGCGAGGAAGATCAACATATAGGCCTAGGCCAAGAAGAAGTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACAGCCTCCTGAGCTGATTGGGGCTATGCTT         GAACCCACTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100051 ACAGCCTCCTGAGCTGATTGGGGCTATGCTTGTG...CAGGAACCCACTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGAAGAGCCTAAAGAAGAGAAACCACCCACTAAAAGTCGGAATCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100563 ATGAAGAGCCTAAAGAAGAGAAACCACCCACTAAAAGTCGGAATCCTACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTGATCAGAAGAGAGAAGATGATCAGGGTGCAGCTGAGATTCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100613 CCTGATCAGAAGAGAGAAGATGATCAGGGTGCAGCTGAGATTCAAGGTG.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    188      TGCCTGACCTGGAAGCCGATCTCCAGGAGCTATGTCAGACAAAGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100663 ..TAGTGCCTGACCTGGAAGCCGATCTCCAGGAGCTATGTCAGACAAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGGGGATGGATGTGAAGGTGGTACTGATGTCAAGGGGAAGATTCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102575 CTGGGGATGGATGTGAAGGTGGTACTGATGTCAAGGGGAAGATTCTACCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAGCAGAGCATTTTAAAATGCCAGAAGCAG         GTGAAGGGAA
        ||||||||||| |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 102625 AAAGCAGAGCACTTTAAAATGCCAGAAGCAGGTG...CAGGTGAAGGGAA

    350     .    :
    324 ATCACAGGTT
        ||||||||||
 105565 ATCACAGGTT