seq1 = pF1KE1096.tfa, 1098 bp
seq2 = pF1KE1096/gi568815595r_172345164.tfa (gi568815595r:172345164_172548413), 203250 bp

>pF1KE1096 1098
>gi568815595r:172345164_172548413 (Chr3)

(complement)

1-796  (100001-100796)   100% ->
797-1098  (102949-103250)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGAACGCGACGCCCAGCGAAGAGCCGGGGTTCAACCTCACACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGAACGCGACGCCCAGCGAAGAGCCGGGGTTCAACCTCACACTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGACCTGGACTGGGATGCTTCCCCCGGCAACGACTCGCTGGGCGACGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGACCTGGACTGGGATGCTTCCCCCGGCAACGACTCGCTGGGCGACGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGCAGCTCTTCCCCGCGCCGCTGCTGGCGGGCGTCACAGCCACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTGCAGCTCTTCCCCGCGCCGCTGCTGGCGGGCGTCACAGCCACCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGGCACTCTTCGTGGTGGGCATCGCTGGCAACCTGCTCACCATGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGGCACTCTTCGTGGTGGGCATCGCTGGCAACCTGCTCACCATGCTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGTGTCGCGCTTCCGCGAGCTGCGCACCACCACCAACCTCTACCTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTGTCGCGCTTCCGCGAGCTGCGCACCACCACCAACCTCTACCTGTCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCATGGCCTTCTCCGATCTGCTCATCTTCCTCTGCATGCCCCTGGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCATGGCCTTCTCCGATCTGCTCATCTTCCTCTGCATGCCCCTGGACCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTTCGCCTCTGGCAGTACCGGCCCTGGAACTTCGGCGACCTCCTCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTTCGCCTCTGGCAGTACCGGCCCTGGAACTTCGGCGACCTCCTCTGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACTCTTCCAATTCGTCAGTGAGAGCTGCACCTACGCCACGGTGCTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACTCTTCCAATTCGTCAGTGAGAGCTGCACCTACGCCACGGTGCTCACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCACAGCGCTGAGCGTCGAGCGCTACTTCGCCATCTGCTTCCCACTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCACAGCGCTGAGCGTCGAGCGCTACTTCGCCATCTGCTTCCCACTCCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCCAAGGTGGTGGTCACCAAGGGGCGGGTGAAGCTGGTCATCTTCGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCCAAGGTGGTGGTCACCAAGGGGCGGGTGAAGCTGGTCATCTTCGTCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTGGGCCGTGGCCTTCTGCAGCGCCGGGCCCATCTTCGTGCTAGTCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTGGGCCGTGGCCTTCTGCAGCGCCGGGCCCATCTTCGTGCTAGTCGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGAGCACGAGAACGGCACCGACCCTTGGGACACCAACGAGTGCCGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGAGCACGAGAACGGCACCGACCCTTGGGACACCAACGAGTGCCGCCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACCGAGTTTGCGGTGCGCTCTGGACTGCTCACGGTCATGGTGTGGGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACCGAGTTTGCGGTGCGCTCTGGACTGCTCACGGTCATGGTGTGGGTGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CAGCATCTTCTTCTTCCTTCCTGTCTTCTGTCTCACGGTCCTCTACAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CAGCATCTTCTTCTTCCTTCCTGTCTTCTGTCTCACGGTCCTCTACAGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCATCGGCAGGAAGCTGTGGCGGAGGAGGCGCGGCGATGCTGTCGTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCATCGGCAGGAAGCTGTGGCGGAGGAGGCGCGGCGATGCTGTCGTGGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCCTCGCTCAGGGACCAGAACCACAAGCAAACCGTGAAAATGCTGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100751 GCCTCGCTCAGGGACCAGAACCACAAGCAAACCGTGAAAATGCTGGGTG.

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797      CTGTAGTGGTGTTTGCCTTCATCCTCTGCTGGCTCCCCTTCCACG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 ..TAGCTGTAGTGGTGTTTGCCTTCATCCTCTGCTGGCTCCCCTTCCACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TAGGGCGATATTTATTTTCCAAATCCTTTGAGCCTGGCTCCTTGGAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102994 TAGGGCGATATTTATTTTCCAAATCCTTTGAGCCTGGCTCCTTGGAGATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GCTCAGATCAGCCAGTACTGCAACCTCGTGTCCTTTGTCCTCTTCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103044 GCTCAGATCAGCCAGTACTGCAACCTCGTGTCCTTTGTCCTCTTCTACCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CAGTGCTGCCATCAACCCCATTCTGTACAACATCATGTCCAAGAAGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103094 CAGTGCTGCCATCAACCCCATTCTGTACAACATCATGTCCAAGAAGTACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GGGTGGCAGTGTTCAGACTTCTGGGATTCGAACCCTTCTCCCAGAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103144 GGGTGGCAGTGTTCAGACTTCTGGGATTCGAACCCTTCTCCCAGAGAAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CTCTCCACTCTGAAAGATGAAAGTTCTCGGGCCTGGACAGAATCTAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103194 CTCTCCACTCTGAAAGATGAAAGTTCTCGGGCCTGGACAGAATCTAGTAT

   1100     .
   1092 TAATACA
        |||||||
 103244 TAATACA