seq1 = pF1KE1089.tfa, 1368 bp
seq2 = pF1KE1089/gi568815593f_161750811.tfa (gi568815593f:161750811_161997419), 246609 bp

>pF1KE1089 1368
>gi568815593f:161750811_161997419 (Chr5)

1-74  (100001-100074)   100% ->
75-187  (103348-103460)   100% ->
188-255  (114911-114978)   100% ->
256-476  (122307-122527)   100% ->
477-559  (124750-124832)   100% ->
560-703  (131748-131891)   100% ->
704-856  (140088-140240)   100% ->
857-1059  (144856-145058)   100% ->
1060-1368  (146301-146609)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGAAAAGTCCAGGTCTGTCTGACTGTCTTTGGGCCTGGATCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGAAAAGTCCAGGTCTGTCTGACTGTCTTTGGGCCTGGATCCTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGAGCACACTGACTGGAAGAAG         CTATGGACAGCCGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100051 TCTGAGCACACTGACTGGAAGAAGGTG...CAGCTATGGACAGCCGTCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TACAAGATGAACTTAAAGACAATACCACTGTCTTCACCAGGATTTTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103365 TACAAGATGAACTTAAAGACAATACCACTGTCTTCACCAGGATTTTGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGACTCCTAGATGGTTATGACAATCGCCTGAGACCAGGATTGGGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 103415 AGACTCCTAGATGGTTATGACAATCGCCTGAGACCAGGATTGGGAGGTA.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    188      AGCGTGTAACCGAAGTGAAGACTGATATCTTCGTCACCAGTTTCG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103465 ..CAGAGCGTGTAACCGAAGTGAAGACTGATATCTTCGTCACCAGTTTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GACCCGTTTCAGACCATGATATG         GAATATACAATAGATGTA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 114956 GACCCGTTTCAGACCATGATATGGTA...TAGGAATATACAATAGATGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTTTTCCGTCAAAGCTGGAAGGATGAAAGGTTAAAATTTAAAGGACCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122325 TTTTTCCGTCAAAGCTGGAAGGATGAAAGGTTAAAATTTAAAGGACCTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GACAGTCCTCCGGTTAAATAACCTAATGGCAAGTAAAATCTGGACTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122375 GACAGTCCTCCGGTTAAATAACCTAATGGCAAGTAAAATCTGGACTCCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACACATTTTTCCACAATGGAAAGAAGTCAGTGGCCCACAACATGACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122425 ACACATTTTTCCACAATGGAAAGAAGTCAGTGGCCCACAACATGACCATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCCAACAAACTCCTGCGGATCACAGAGGATGGCACCTTGCTGTACACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122475 CCCAACAAACTCCTGCGGATCACAGAGGATGGCACCTTGCTGTACACCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAG         GCTGACAGTGAGAGCTGAATGTCCGATGCATTTGGAGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122525 GAGGTA...AAGGCTGACAGTGAGAGCTGAATGTCCGATGCATTTGGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACTTCCCTATGGATGCCCATGCTTGCCCACTAAAATTTGGAAGTT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 124788 ACTTCCCTATGGATGCCCATGCTTGCCCACTAAAATTTGGAAGTTGTG..

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    560     ATGCTTATACAAGAGCAGAAGTTGTTTATGAATGGACCAGAGAGCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124838 .TAGATGCTTATACAAGAGCAGAAGTTGTTTATGAATGGACCAGAGAGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGCACGCTCAGTGGTTGTAGCAGAAGATGGATCACGTCTAAACCAGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131794 AGCACGCTCAGTGGTTGTAGCAGAAGATGGATCACGTCTAAACCAGTATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACCTTCTTGGACAAACAGTAGACTCTGGAATTGTCCAGTCAAGTACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 131844 ACCTTCTTGGACAAACAGTAGACTCTGGAATTGTCCAGTCAAGTACAGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    704        GAGAATATGTTGTTATGACCACTCATTTCCACTTGAAGAGAAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131894 A...CAGGAGAATATGTTGTTATGACCACTCATTTCCACTTGAAGAGAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GATTGGCTACTTTGTTATTCAAACATACCTGCCATGCATAATGACAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140131 GATTGGCTACTTTGTTATTCAAACATACCTGCCATGCATAATGACAGTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTCTCTCACAAGTCTCCTTCTGGCTCAACAGAGAGTCTGTACCAGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140181 TTCTCTCACAAGTCTCCTTCTGGCTCAACAGAGAGTCTGTACCAGCAAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACTGTCTTTG         GAGTAACAACTGTGCTCACCATGACAACATT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 140231 ACTGTCTTTGGTA...CAGGAGTAACAACTGTGCTCACCATGACAACATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GAGCATCAGTGCCAGAAACTCCCTCCCTAAGGTGGCTTATGCAACAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144887 GAGCATCAGTGCCAGAAACTCCCTCCCTAAGGTGGCTTATGCAACAGCTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGGATTGGTTTATTGCCGTGTGCTATGCCTTTGTGTTCTCAGCTCTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144937 TGGATTGGTTTATTGCCGTGTGCTATGCCTTTGTGTTCTCAGCTCTGATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAGTTTGCCACAGTAAACTATTTCACTAAGAGAGGTTATGCATGGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144987 GAGTTTGCCACAGTAAACTATTTCACTAAGAGAGGTTATGCATGGGATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAAAAGTGTGGTTCCAGAAAAG         CCAAAGAAAGTAAAGGATC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 145037 CAAAAGTGTGGTTCCAGAAAAGGTA...CAGCCAAAGAAAGTAAAGGATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTCTTATTAAGAAAAACAACACTTACGCTCCAACAGCAACCAGCTACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146320 CTCTTATTAAGAAAAACAACACTTACGCTCCAACAGCAACCAGCTACACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CCTAATTTGGCCAGGGGCGACCCGGGCTTAGCCACCATTGCTAAAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146370 CCTAATTTGGCCAGGGGCGACCCGGGCTTAGCCACCATTGCTAAAAGTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AACCATAGAACCTAAAGAGGTCAAGCCCGAAACAAAACCACCAGAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146420 AACCATAGAACCTAAAGAGGTCAAGCCCGAAACAAAACCACCAGAACCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGAAAACCTTTAACAGTGTCAGCAAAATTGACCGACTGTCAAGAATAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146470 AGAAAACCTTTAACAGTGTCAGCAAAATTGACCGACTGTCAAGAATAGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TTCCCGCTGCTATTTGGAATCTTTAACTTAGTCTACTGGGCTACGTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146520 TTCCCGCTGCTATTTGGAATCTTTAACTTAGTCTACTGGGCTACGTATTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 AAACAGAGAGCCTCAGCTAAAAGCCCCCACACCACATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146570 AAACAGAGAGCCTCAGCTAAAAGCCCCCACACCACATCAA