seq1 = pF1KE1043.tfa, 1410 bp
seq2 = pF1KE1043/gi568815581f_28644113.tfa (gi568815581f:28644113_28849574), 205462 bp

>pF1KE1043 1410
>gi568815581f:28644113_28849574 (Chr17)

1-143  (100001-100143)   100% ->
144-195  (103101-103152)   100% ->
196-300  (103731-103835)   100% ->
301-462  (103905-104066)   100% ->
463-624  (104150-104311)   100% ->
625-780  (104399-104554)   100% ->
781-1410  (104833-105462)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTGGCTTCGACTACAAGTTCCTGGAGAAGCCCAAGCGACGGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTGGCTTCGACTACAAGTTCCTGGAGAAGCCCAAGCGACGGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGCCCACTGTGCGGGAAGCCCATGCGCGAGCCTGTGCAGGTTTCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTGCCCACTGTGCGGGAAGCCCATGCGCGAGCCTGTGCAGGTTTCCACCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGGCCACCGTTTCTGCGATACCTGCCTGCAGGAGTTCCTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100101 GCGGCCACCGTTTCTGCGATACCTGCCTGCAGGAGTTCCTCAGGTG...C

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    144   TGAAGGAGTCTTCAAGTGCCCTGAGGACCAGCTTCCTCTGGACTATGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103099 AGTGAAGGAGTCTTCAAGTGCCCTGAGGACCAGCTTCCTCTGGACTATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAG         ATCTACCCAGACCCGGAGCTGGAAGTACAAGTATTGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103149 CAAGGTG...CAGATCTACCCAGACCCGGAGCTGGAAGTACAAGTATTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCCTGCCTATCCGCTGCATCCACAGTGAGGAGGGCTGCCGCTGGAGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103768 GCCTGCCTATCCGCTGCATCCACAGTGAGGAGGGCTGCCGCTGGAGTGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCACTACGTCATCTACAG         GGCCACCTGAATACCTGCAGCTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 103818 CCACTACGTCATCTACAGGTG...CAGGGCCACCTGAATACCTGCAGCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAATGTCATTCCCTGCCCTAATCGCTGCCCCATGAAGCTGAGCCGCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103928 CAATGTCATTCCCTGCCCTAATCGCTGCCCCATGAAGCTGAGCCGCCGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATCTACCTGCACACTTGCAGCATGACTGCCCCAAGCGGCGCCTCAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103978 ATCTACCTGCACACTTGCAGCATGACTGCCCCAAGCGGCGCCTCAAGTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGTTTTGTGGCTGTGACTTCAGTGGGGAGGCCTATGAG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 104028 GAGTTTTGTGGCTGTGACTTCAGTGGGGAGGCCTATGAGGTG...CAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCATGAGGGTATGTGCCCCCAGGAGAGTGTCTACTGTGAGAATAAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104152 CCATGAGGGTATGTGCCCCCAGGAGAGTGTCTACTGTGAGAATAAGTGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTGCCCGCATGATGCGGCGGCTGCTGGCCCAGCATGCCACCTCTGAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104202 GTGCCCGCATGATGCGGCGGCTGCTGGCCCAGCATGCCACCTCTGAGTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCCAAGCGCACTCAGCCCTGCACCTACTGCACTAAGGAGTTCGTCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104252 CCCAAGCGCACTCAGCCCTGCACCTACTGCACTAAGGAGTTCGTCTTTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CACCATCCAG         AGCCACCAGTACCAGTGCCCAAGGCTGCCTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 104302 CACCATCCAGGTG...CAGAGCCACCAGTACCAGTGCCCAAGGCTGCCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTGCCTGCCCCAACCAATGTGGTGTGGGCACTGTGGCTCGGGAGGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104430 TTGCCTGCCCCAACCAATGTGGTGTGGGCACTGTGGCTCGGGAGGACCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCAGGCCATCTGAAGGACAGCTGTAACACCGCCCTGGTGCTCTGCCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104480 CCAGGCCATCTGAAGGACAGCTGTAACACCGCCCTGGTGCTCTGCCCATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAAAGACTCCGGCTGCAAGCACAGG         TGCCCTAAGCTGGCAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 104530 CAAAGACTCCGGCTGCAAGCACAGGGTG...CAGTGCCCTAAGCTGGCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGGCACGGCATGTGGAGGAGAGTGTGAAGCCACATCTGGCCATGATGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104849 TGGCACGGCATGTGGAGGAGAGTGTGAAGCCACATCTGGCCATGATGTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCCCTGGTGAGCCGGCAACGGCAGGAGCTGCAGGAGCTTCGGCGAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104899 GCCCTGGTGAGCCGGCAACGGCAGGAGCTGCAGGAGCTTCGGCGAGAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGAGGAGCTATCAGTGGGCAGTGATGGCGTGCTCATCTGGAAGATTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104949 GGAGGAGCTATCAGTGGGCAGTGATGGCGTGCTCATCTGGAAGATTGGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCTATGGACGGCGGCTACAGGAGGCCAAGGCCAAGCCCAACCTTGAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104999 GCTATGGACGGCGGCTACAGGAGGCCAAGGCCAAGCCCAACCTTGAGTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TTCAGCCCAGCCTTCTACACACATAAGTATGGTTACAAGCTGCAGGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105049 TTCAGCCCAGCCTTCTACACACATAAGTATGGTTACAAGCTGCAGGTGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGCATTCCTCAATGGCAATGGCAGTGGTGAGGGCACACACCTCTCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105099 TGCATTCCTCAATGGCAATGGCAGTGGTGAGGGCACACACCTCTCACTGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ACATTCGTGTGCTGCCTGGTGCCTTTGACAATCTCCTTGAGTGGCCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105149 ACATTCGTGTGCTGCCTGGTGCCTTTGACAATCTCCTTGAGTGGCCCTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GCCCGCCGTGTCACCTTCTCCCTGCTGGATCAGAGCGACCCTGGGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105199 GCCCGCCGTGTCACCTTCTCCCTGCTGGATCAGAGCGACCCTGGGCTGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TAAACCACAGCACGTCACTGAGACCTTCCACCCCGACCCAAACTGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105249 TAAACCACAGCACGTCACTGAGACCTTCCACCCCGACCCAAACTGGAAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 ATTTCCAGAAGCCAGGCACGTGGCGGGGCTCCCTGGATGAGAGTTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105299 ATTTCCAGAAGCCAGGCACGTGGCGGGGCTCCCTGGATGAGAGTTCTCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GGCTTTGGTTATCCCAAGTTCATCTCCCACCAGGACATTCGAAAGCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105349 GGCTTTGGTTATCCCAAGTTCATCTCCCACCAGGACATTCGAAAGCGAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CTATGTGCGGGATGATGCAGTCTTCATCCGTGCTGCTGTTGAACTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105399 CTATGTGCGGGATGATGCAGTCTTCATCCGTGCTGCTGTTGAACTGCCCC

   1450     .    :
   1397 GGAAGATCCTCAGC
        ||||||||||||||
 105449 GGAAGATCCTCAGC