seq1 = pF1KE1037.tfa, 1161 bp
seq2 = pF1KE1037/gi568815587f_26955431.tfa (gi568815587f:26955431_27227450), 272020 bp

>pF1KE1037 1161
>gi568815587f:26955431_27227450 (Chr11)

1-219  (100001-100219)   100% ->
220-334  (101771-101885)   100% ->
335-533  (137738-137936)   99% ->
534-639  (160022-160127)   100% ->
640-836  (164219-164415)   100% ->
837-1003  (170224-170390)   99% ->
1004-1161  (171863-172020)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTGTACCATCCAAAAGGCAGAAGCACTTGACGGGGCTCATTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTGTACCATCCAAAAGGCAGAAGCACTTGACGGGGCTCATTTGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGATCCTCTGGTATGATGAGGAAGAGTCTCTCTACCCAGCTGTATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGATCCTCTGGTATGATGAGGAAGAGTCTCTCTACCCAGCTGTATGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAGAGACAACTGTCCGTGCTCTGATTGCTACCTGGATTCTGCAAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGAGAGACAACTGTCCGTGCTCTGATTGCTACCTGGATTCTGCAAAAGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGGAAACTTCTAGTGGAAGCTCTTGATGTGAACATTGGAATTAAAGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGGAAACTTCTAGTGGAAGCTCTTGATGTGAACATTGGAATTAAAGGCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GATATTTGACAGAAAAAAG         GTGTACATCACATGGCCCGATG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100201 GATATTTGACAGAAAAAAGGTA...AAGGTGTACATCACATGGCCCGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCATTACAGTGAATTCCAGGCTGATTGGCTGAAGAAAAGATGCTTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101793 AGCATTACAGTGAATTCCAGGCTGATTGGCTGAAGAAAAGATGCTTTTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGCAGGCCAGAGCAAAGCTCCAAAGAGAATTGTTTTTTCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101843 AAGCAGGCCAGAGCAAAGCTCCAAAGAGAATTGTTTTTTCCAGGTA...C

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    335   AATGCCAATACTGGGGCTCAGAGCTCCAGCTACCCACTTTGGATTTTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137736 AGAATGCCAATACTGGGGCTCAGAGCTCCAGCTACCCACTTTGGATTTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAGATGTTTTAAGATATGATGAACATGCATACAAGTGGCTCTCCACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 137786 AAGATGTTTTAAGATATGATGAACACGCATACAAGTGGCTCTCCACCCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGAAAGTAGGCATAGTAAGACTCACCGGAGCATCTGACAAACCAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137836 AAGAAAGTAGGCATAGTAAGACTCACCGGAGCATCTGACAAACCAGGAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGTTTCAAAACTTGGGAAAAGGATGGGTTTCCTCTATCTCACATTTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137886 AGTTTCAAAACTTGGGAAAAGGATGGGTTTCCTCTATCTCACATTTTATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 G         ACATACTTGGCAAGTGCAAGACAAAATCGATGCAAACAAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137936 GGTG...CAGACATACTTGGCAAGTGCAAGACAAAATCGATGCAAACAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTGGCTTACACAACTGGGAAGCTAAGCTTTCACACTGATTATCCAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160062 GTGGCTTACACAACTGGGAAGCTAAGCTTTCACACTGATTATCCAGCCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCATCATCCACCTGGG         GTTCAGCTTCTTCACTGCATAAAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 160112 CCATCATCCACCTGGGGTA...TAGGTTCAGCTTCTTCACTGCATAAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAACAGTCACAGGGGGTGATTCAGAAATTGTAGATGGGTTTAATGTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164244 AAACAGTCACAGGGGGTGATTCAGAAATTGTAGATGGGTTTAATGTGTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CAAAAACTAAAGAAAAATAATCCTCAGGCATTCCAGATTTTGTCCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164294 CAAAAACTAAAGAAAAATAATCCTCAGGCATTCCAGATTTTGTCCTCTAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTTTGTGGACTTTACAGACATTGGAGTGGATTACTGTGATTTTTCTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164344 CTTTGTGGACTTTACAGACATTGGAGTGGATTACTGTGATTTTTCTGTAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AATCAAAACATAAAATTATAGA         GTTAGATGATAAAGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 164394 AATCAAAACATAAAATTATAGAGTA...CAGGTTAGATGATAAAGGCCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GTGGTTCGCATCAACTTCAATAACGCAACTAGGGACACAATATTTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170243 GTGGTTCGCATCAACTTCAATAACGCAACTAGGGACACAATATTTGATGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 ACCTGTTGAAAGAGTTCAGCCTTTTTATGCTGCTCTGAAGGAGTTTGTTG
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170293 GCCTGTTGAAAGAGTTCAGCCTTTTTATGCTGCTCTGAAGGAGTTTGTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ACCTCATGAACAGCAAAGAATCCAAGTTTACCTTCAAGATGAATCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 170343 ACCTCATGAACAGCAAAGAATCCAAGTTTACCTTCAAGATGAATCCAGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1004        GTGATGTGATTACTTTTGATAACTGGCGCTTACTTCATGGCCG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170393 C...TAGGTGATGTGATTACTTTTGATAACTGGCGCTTACTTCATGGCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 ACGTAGCTATGAAGCAGGAACTGAGATATCCCGCCATCTAGAAGGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171906 ACGTAGCTATGAAGCAGGAACTGAGATATCCCGCCATCTAGAAGGAGCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ATGCTGACTGGGATGTGGTCATGTCAAGGCTTCGTATCTTAAGGCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171956 ATGCTGACTGGGATGTGGTCATGTCAAGGCTTCGTATCTTAAGGCAGAGG

   1200     .    :    .
   1147 GTGGAGAATGGAAAC
        |||||||||||||||
 172006 GTGGAGAATGGAAAC