seq1 = pF1KE1035.tfa, 1284 bp
seq2 = pF1KE1035/gi568815592r_31430779.tfa (gi568815592r:31430779_31640532), 209754 bp

>pF1KE1035 1284
>gi568815592r:31430779_31640532 (Chr6)

(complement)

1-211  (100001-100211)   100% ->
212-339  (101259-101386)   100% ->
340-432  (101678-101770)   98% ->
433-616  (103850-104033)   100% ->
617-735  (105048-105166)   100% ->
736-867  (107622-107753)   100% ->
868-977  (109128-109237)   100% ->
978-1122  (109336-109480)   100% ->
1123-1270  (109607-109754)   100% ->
1271-1284  (110083-110096)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGAGAACGATGTGGACAATGAGCTCTTGGACTATGAAGATGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGAGAACGATGTGGACAATGAGCTCTTGGACTATGAAGATGATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGGAGACAGCAGCTGGGGGAGATGGGGCTGAGGCCCCTGCCAAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGGAGACAGCAGCTGGGGGAGATGGGGCTGAGGCCCCTGCCAAGAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGTCAAGGGCTCCTATGTCTCCATCCACAGCTCTGGCTTTCGTGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGTCAAGGGCTCCTATGTCTCCATCCACAGCTCTGGCTTTCGTGACTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCTCAAGCCAGAGTTGCTCCGGGCCATTGTCGACTGTGGCTTTGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGCTCAAGCCAGAGTTGCTCCGGGCCATTGTCGACTGTGGCTTTGAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCCGTCAGAAG         TCCAGCATGAGTGCATCCCTCAGGCCATTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCCGTCAGAAGGTA...TAGTCCAGCATGAGTGCATCCCTCAGGCCATTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGGAATGGATGTCCTGTGCCAGGCCAAGTCGGGCATGGGAAAGACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101289 TGGGAATGGATGTCCTGTGCCAGGCCAAGTCGGGCATGGGAAAGACAGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGTTTGTCTTGGCCACACTGCAACAGCTGGAGCCAGTTACTGGGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101339 GTGTTTGTCTTGGCCACACTGCAACAGCTGGAGCCAGTTACTGGGCAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    340        GTGTCTGTGCTGGTGATGTGTCACACTCGGGAGTTGGCTTTTC
        >...>>>|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101389 A...AAGGTGTCTGTACTGGTGATGTGTCACACTCGGGAGTTGGCTTTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGATCAGCAAGGAATATGAGCGCTTCTCTAAATACATGCCCAATGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101721 AGATCAGCAAGGAATATGAGCGCTTCTCTAAATACATGCCCAATGTCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433          GTTGCTGTTTTTTTTGGTGGTCTGTCTATCAAGAAGGATGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101771 GTA...CAGGTTGCTGTTTTTTTTGGTGGTCTGTCTATCAAGAAGGATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGAGGTGCTGAAGAAGAACTGCCCGCATATCGTCGTGGGGACTCCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103891 AGAGGTGCTGAAGAAGAACTGCCCGCATATCGTCGTGGGGACTCCAGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTATCCTAGCCCTGGCTCGAAATAAGAGCCTCAACCTCAAACACATTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103941 GTATCCTAGCCCTGGCTCGAAATAAGAGCCTCAACCTCAAACACATTAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CACTTTATTTTGGATGAATGTGATAAGATGCTTGAACAGCTCG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103991 CACTTTATTTTGGATGAATGTGATAAGATGCTTGAACAGCTCGGTG...T

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    617   ACATGCGTCGGGATGTCCAGGAAATTTTTCGCATGACCCCCCACGAGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105046 AGACATGCGTCGGGATGTCCAGGAAATTTTTCGCATGACCCCCCACGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGCAGGTCATGATGTTCAGTGCTACCTTGAGCAAAGAGATCCGTCCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105096 AGCAGGTCATGATGTTCAGTGCTACCTTGAGCAAAGAGATCCGTCCAGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGCCGCAAGTTCATGCAAGAT         CCAATGGAGATCTTCGTGGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 105146 TGCCGCAAGTTCATGCAAGATGTA...CAGCCAATGGAGATCTTCGTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGATGAGACGAAGTTGACGCTGCATGGGTTGCAGCAGTACTACGTGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107642 TGATGAGACGAAGTTGACGCTGCATGGGTTGCAGCAGTACTACGTGAAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGAAGGACAACGAGAAGAACCGGAAGCTCTTTGACCTTCTGGATGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107692 TGAAGGACAACGAGAAGAACCGGAAGCTCTTTGACCTTCTGGATGTCCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAGTTCAACCAG         GTGGTGATCTTTGTGAAGTCTGTGCAGCG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 107742 GAGTTCAACCAGGTC...CAGGTGGTGATCTTTGTGAAGTCTGTGCAGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GTGCATTGCCTTGGCCCAGCTACTAGTGGAGCAGAACTTCCCAGCCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109157 GTGCATTGCCTTGGCCCAGCTACTAGTGGAGCAGAACTTCCCAGCCATTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCATCCACCGTGGGATGCCCCAGGAGGAGAG         GCTTTCTCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 109207 CCATCCACCGTGGGATGCCCCAGGAGGAGAGGTG...AAGGCTTTCTCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TATCAGCAGTTTAAAGATTTTCAACGACGAATTCTTGTGGCTACCAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109346 TATCAGCAGTTTAAAGATTTTCAACGACGAATTCTTGTGGCTACCAACCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 ATTTGGCCGAGGCATGGACATCGAGCGGGTGAACATTGCTTTTAATTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109396 ATTTGGCCGAGGCATGGACATCGAGCGGGTGAACATTGCTTTTAATTATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACATGCCTGAGGATTCTGACACCTACCTGCATCGG         GTGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 109446 ACATGCCTGAGGATTCTGACACCTACCTGCATCGGGTA...CAGGTGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AGAGCAGGCCGGTTTGGCACCAAGGGCTTGGCTATCACATTTGTGTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109613 AGAGCAGGCCGGTTTGGCACCAAGGGCTTGGCTATCACATTTGTGTCCGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGAGAATGATGCCAAGATCCTCAATGATGTGCAGGATCGCTTTGAGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109663 TGAGAATGATGCCAAGATCCTCAATGATGTGCAGGATCGCTTTGAGGTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ATATTAGTGAGCTGCCTGATGAGATAGACATCTCCTCCTACA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 109713 ATATTAGTGAGCTGCCTGATGAGATAGACATCTCCTCCTACAGTG...CA

   1350     .    :    .
   1271  TTGAACAGACACGG
        >||||||||||||||
 110082 GTTGAACAGACACGG