seq1 = pF1KE1016.tfa, 1320 bp
seq2 = pF1KE1016/gi568815593f_179720937.tfa (gi568815593f:179720937_179936590), 215654 bp

>pF1KE1016 1320
>gi568815593f:179720937_179936590 (Chr5)

1-205  (100001-100205)   100% ->
206-301  (102022-102117)   100% ->
302-531  (102922-103151)   100% ->
532-673  (103246-103387)   100% ->
674-754  (104210-104290)   100% ->
755-969  (112096-112310)   99% ->
970-1167  (112651-112850)   98% ->
1168-1320  (115502-115654)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCGCTCACCGTGAAGGCCTACCTTCTGGGCAAGGAGGACGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTCGCTCACCGTGAAGGCCTACCTTCTGGGCAAGGAGGACGCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGCGAGATTCGCCGCTTCAGCTTCTGCTGCAGCCCCGAGCCTGAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGCGAGATTCGCCGCTTCAGCTTCTGCTGCAGCCCCGAGCCTGAGGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGCCGAGGCTGCGGCGGGTCCGGGACCCTGCGAGCGGCTGCTGAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGCCGAGGCTGCGGCGGGTCCGGGACCCTGCGAGCGGCTGCTGAGCCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGGCCGCCCTGTTCCCCGCGCTGCGGCCTGGCGGCTTCCAGGCGCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGGCCGCCCTGTTCCCCGCGCTGCGGCCTGGCGGCTTCCAGGCGCACTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCGCG         ATGAGGACGGGGACTTGGTTGCCTTTTCCAGTGACG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCGCGGTG...TAGATGAGGACGGGGACTTGGTTGCCTTTTCCAGTGACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGAATTGACAATGGCCATGTCCTACGTGAAGGATGACATCTTCCGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102058 AGGAATTGACAATGGCCATGTCCTACGTGAAGGATGACATCTTCCGAATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TACATTAAAG         AGAAAAAAGAGTGCCGGCGGGACCACCGCCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 102108 TACATTAAAGGTA...TAGAGAAAAAAGAGTGCCGGCGGGACCACCGCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACCGTGTGCTCAGGAGGCGCCCCGCAACATGGTGCACCCCAATGTGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102953 ACCGTGTGCTCAGGAGGCGCCCCGCAACATGGTGCACCCCAATGTGATCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCGATGGCTGCAATGGGCCTGTGGTAGGAACCCGCTACAAGTGCAGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103003 GCGATGGCTGCAATGGGCCTGTGGTAGGAACCCGCTACAAGTGCAGCGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGCCCAGACTACGACTTGTGTAGCGTCTGCGAGGGAAAGGGCTTGCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103053 TGCCCAGACTACGACTTGTGTAGCGTCTGCGAGGGAAAGGGCTTGCACCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGGGCACACCAAGCTCGCATTCCCCAGCCCCTTCGGGCACCTGTCTGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 103103 GGGGCACACCAAGCTCGCATTCCCCAGCCCCTTCGGGCACCTGTCTGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    532         GGCTTCTCGCACAGCCGCTGGCTCCGGAAGGTGAAACACGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103153 TG...CAGGGCTTCTCGCACAGCCGCTGGCTCCGGAAGGTGAAACACGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CACTTCGGGTGGCCAGGATGGGAAATGGGTCCACCAGGAAACTGGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103288 CACTTCGGGTGGCCAGGATGGGAAATGGGTCCACCAGGAAACTGGAGCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ACGTCCTCCTCGTGCAGGGGAGGCCCGCCCTGGCCCCACGGCAGAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103338 ACGTCCTCCTCGTGCAGGGGAGGCCCGCCCTGGCCCCACGGCAGAATCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674          CTTCTGGTCCATCGGAGGATCCGAGTGTGAATTTCCTGAAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103388 GTG...AAGCTTCTGGTCCATCGGAGGATCCGAGTGTGAATTTCCTGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AACGTTGGGGAGAGTGTGGCAGCTGCCCTTAGCCCTCTGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 104251 AACGTTGGGGAGAGTGTGGCAGCTGCCCTTAGCCCTCTGGGTG...TAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CATTGAAGTTGATATCGATGTGGAGCACGGAGGGAAAAGAAGCCGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112097 CATTGAAGTTGATATCGATGTGGAGCACGGAGGGAAAAGAAGCCGCCTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCCCCGTCTCTCCAGAGAGTTCCAGCACAGAGGAGAAGAGCAGCTCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112147 CCCCCGTCTCTCCAGAGAGTTCCAGCACAGAGGAGAAGAGCAGCTCACAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CCAAGCAGCTGCTGCTCTGATCCCAGCAAGCCGGGTGGGAATGTTGAGGG
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 112197 CCAAGCAGCTGCTGCTCTGACCCCAGCAAGCCGGGTGGGAATGTTGAGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CGCCACGCAGTCTCTGGCGGAGCAGATGAGAAAGATCGCCTTGGAGTCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 112247 CGCCACGCAGTCTCTGGCGGAGCAGATGAGGAAGATCGCCTTGGAGTCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGGGGCGCCCTGAG         GAACAGATGGAGTCGGATAACTGTTCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 112297 AGGGGCGCCCTGAGGCA...CAGGAACAGATGGAGTCGGATAACTGTTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GGAGGAGATGATGACTGGACCCATCTGTCTTCAAAAGAAGTGGACCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112678 GGAGGAGATGATGACTGGACCCATCTGTCTTCAAAAGAAGTGGACCCGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TACAGGTGAACTCCAGTCCCTACAGATGCCAGAATCCGAAGGGCCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112728 TACAGGTGAACTCCAGTCCCTACAGATGCCAGAATCCGAAGGGCCAAGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CTCTGGACCCCTCCCAGGAGGGACCCACAGGGCTGAAGGAAGCTGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112778 CTCTGGACCCCTCCCAGGAGGGACCCACAGGGCTGAAGGAAGCTGCCTTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TACCCACATCTCCCGCCAG  AG         GCTGACCCGCGGCTGATT
        |||||||||||||||||||--| >>>...>>>||||||||||||||||||
 112828 TACCCACATCTCCCGCCAGGCAAGTG...GAGGCTGACCCGCGGCTGATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1186 GAGTCCCTCTCCCAGATGCTGTCCATGGGCTTCTCTGATGAAGGCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115520 GAGTCCCTCTCCCAGATGCTGTCCATGGGCTTCTCTGATGAAGGCGGCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1236 GCTCACCAGGCTCCTGCAGACCAAGAACTATGACATCGGAGCGGCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115570 GCTCACCAGGCTCCTGCAGACCAAGAACTATGACATCGGAGCGGCTCTGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .
   1286 ACACCATCCAGTATTCAAAGCATCCCCCGCCGTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115620 ACACCATCCAGTATTCAAAGCATCCCCCGCCGTTG