seq1 = pF1KE1014.tfa, 906 bp
seq2 = pF1KE1014/gi568815577f_4925006.tfa (gi568815577f:4925006_5133444), 208439 bp

>pF1KE1014 906
>gi568815577f:4925006_5133444 (Chr21)

12-55  (100001-100044)   100% ->
56-406  (101275-101625)   100% ->
407-697  (102930-103220)   100% ->
698-862  (107048-107212)   100% ->
863-906  (108403-108445)   93%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     12 CAGTCCTGGACTGCTCTTCCTGCTCTTCAGCAGCCTTCGAGCTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100001 CAGTCCTGGACTGCTCTTCCTGCTCTTCAGCAGCCTTCGAGCTGGTA...

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     56    ATACTCAGGAGAAGGAAGTCAGAGCGATGGTAGGCAGCGACGTGGAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101272 CAGATACTCAGGAGAAGGAAGTCAGAGCGATGGTAGGCAGCGACGTGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    103 CTCAGCTGCGCTTGCCCTGAAGGAAGCCGTTTTGATTTAAATGATGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101322 CTCAGCTGCGCTTGCCCTGAAGGAAGCCGTTTTGATTTAAATGATGTTTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    153 CGTATATTGGCAAACCAGTGAGTCGAAAACCGTGGTGACCTACCACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101372 CGTATATTGGCAAACCAGTGAGTCGAAAACCGTGGTGACCTACCACATCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    203 CACAGAACAGCTCCTTGGAAAACGTGGACAGCCGCTACCGGAACCGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101422 CACAGAACAGCTCCTTGGAAAACGTGGACAGCCGCTACCGGAACCGAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    253 CTGATGTCACCGGCCGGCATGCTGCGGGGCGACTTCTCCCTGCGCTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101472 CTGATGTCACCGGCCGGCATGCTGCGGGGCGACTTCTCCCTGCGCTTGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    303 CAACGTCACCCCCCAGGACGAGCAGAAGTTTCACTGCCTGGTGTTGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101522 CAACGTCACCCCCCAGGACGAGCAGAAGTTTCACTGCCTGGTGTTGAGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    353 AATCCCTGGGATTCCAGGAGGTTTTGAGCGTTGAGGTTACACTGCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101572 AATCCCTGGGATTCCAGGAGGTTTTGAGCGTTGAGGTTACACTGCATGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    403 GCAG         CAAACTTCAGCGTGCCCGTCGTCAGCGCCCCCCACAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101622 GCAGGTA...CAGCAAACTTCAGCGTGCCCGTCGTCAGCGCCCCCCACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    444 CCCCTCCCAGGATGAGCTCACCTTCACGTGTACATCCATAAACGGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102967 CCCCTCCCAGGATGAGCTCACCTTCACGTGTACATCCATAAACGGCTACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    494 CCAGGCCCAACGTGTACTGGATCAATAAGACGGACAACAGCCTGCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103017 CCAGGCCCAACGTGTACTGGATCAATAAGACGGACAACAGCCTGCTGGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    544 CAGGCTCTGCAGAATGACACCGTCTTCTTGAACATGCGGGGCTTGTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103067 CAGGCTCTGCAGAATGACACCGTCTTCTTGAACATGCGGGGCTTGTATGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    594 CGTGGTCAGCGTGCTGAGGATCGCACGGACCCCCAGCGTGAACATTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103117 CGTGGTCAGCGTGCTGAGGATCGCACGGACCCCCAGCGTGAACATTGGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    644 GCTGCATAGAGAACGTGCTTCTGCAGCAGAACCTGACTGTCGGCAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103167 GCTGCATAGAGAACGTGCTTCTGCAGCAGAACCTGACTGTCGGCAGCCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    694 ACAG         GAAATGACATCGGAGAGAGAGACAAGATCACAGAGAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103217 ACAGGTA...TAGGAAATGACATCGGAGAGAGAGACAAGATCACAGAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    735 TCCAGTCAGTACCGGCGAGAAAAACGCGGCCACGTGGAGCATCCTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107085 TCCAGTCAGTACCGGCGAGAAAAACGCGGCCACGTGGAGCATCCTGGCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    785 TCCTGTGCCTGCTTGTGGTCGTGGCGGTGGCCATAGGCTGGGTGTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107135 TCCTGTGCCTGCTTGTGGTCGTGGCGGTGGCCATAGGCTGGGTGTGCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    835 GACCGATGCCTCCAACACAGCTATGCAG         GTGCCTGGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 107185 GACCGATGCCTCCAACACAGCTATGCAGGTA...CAGGTGCCTGGGCTGT

    900     .    :    .    :    .    :
    876 GAGTCCGGAGACAGAGCTCACTGGCCACGTT
        ||||||||||||||||||||||||  |-|||
 108416 GAGTCCGGAGACAGAGCTCACTGGTGA GTT