seq1 = pF1KE1011.tfa, 684 bp
seq2 = pF1KE1011/gi568815595r_72278388.tfa (gi568815595r:72278388_72546623), 268236 bp

>pF1KE1011 684
>gi568815595r:72278388_72546623 (Chr3)

(complement)

27-158  (99999-100128)   98% ->
159-335  (167197-167373)   100% ->
336-434  (167486-167584)   100% ->
435-684  (167987-168236)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     27 GACCAGGCCAAAAAGACAAGCGAAACCTGCCGCAGACGAAGGGTTTTGGG
        ||--||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 GA  AGGCCAAAAAGACAAGCGAAACCTGCCGCAGACGAAGGGTTTTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     77 ATTGTAGCGTCTGCACCTTCAGAAACAGTGCTGAAGCCTTTAAATGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100047 ATTGTAGCGTCTGCACCTTCAGAAACAGTGCTGAAGCCTTTAAATGCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    127 ATCTGCGATGTGAGGAAAGGCACCTCCACCAG         AAAACCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100097 ATCTGCGATGTGAGGAAAGGCACCTCCACCAGGTA...CAGAAAACCTCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    168 GATCAATTCTCAGCTGGTGGCACAACAAGTGGCACAACAGTATGCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167206 GATCAATTCTCAGCTGGTGGCACAACAAGTGGCACAACAGTATGCCACCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    218 CACCACCCCCTAAAAAGGAGAAGAAGGAGAAAGTTGAAAAGCAGGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167256 CACCACCCCCTAAAAAGGAGAAGAAGGAGAAAGTTGAAAAGCAGGACAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    268 GAGAAACCTGAGAAAGACAAGGAAATTAGTCCTAGTGTTACCAAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167306 GAGAAACCTGAGAAAGACAAGGAAATTAGTCCTAGTGTTACCAAGAAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    318 TACCAACAAGAAAACCAA         ACCAAAGTCTGACATTCTGAAAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 167356 TACCAACAAGAAAACCAAGTA...TAGACCAAAGTCTGACATTCTGAAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    359 ATCCTCCTAGTGAAGCAAACAGCATACAGTCTGCAAATGCTACAACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167509 ATCCTCCTAGTGAAGCAAACAGCATACAGTCTGCAAATGCTACAACAAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    409 ACCAGCGAAACAAATCACACCTCAAG         GCCCCGGCTGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 167559 ACCAGCGAAACAAATCACACCTCAAGGTA...TAGGCCCCGGCTGAAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    450 CGTGGACAGGAGCACTGCACAGCAGTTGGCAGTAACTGTGGGCAACGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168002 CGTGGACAGGAGCACTGCACAGCAGTTGGCAGTAACTGTGGGCAACGTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    500 CCGTCATTATCACAGACTTTAAGGAAAAGACTCGCTCCTCATCGACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168052 CCGTCATTATCACAGACTTTAAGGAAAAGACTCGCTCCTCATCGACATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    550 TCATCCACAGTGACCTCCAGTGCAGGGTCAGAACAGCAGAACCAGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168102 TCATCCACAGTGACCTCCAGTGCAGGGTCAGAACAGCAGAACCAGAGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    600 CTCGGGGTCAGAGAGCACAGACAAGGGCTCCTCCCGTTCCTCCACGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168152 CTCGGGGTCAGAGAGCACAGACAAGGGCTCCTCCCGTTCCTCCACGCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .
    650 AGGGCGACATGTCAGCAGTCAATGATGAATCTTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168202 AGGGCGACATGTCAGCAGTCAATGATGAATCTTTC