seq1 = pF1KE1004.tfa, 486 bp
seq2 = pF1KE1004/gi568815587r_63474948.tfa (gi568815587r:63474948_63698163), 223216 bp

>pF1KE1004 486
>gi568815587r:63474948_63698163 (Chr11)

(complement)

12-118  (99998-100103)   98% ->
119-387  (107796-108064)   100% ->
388-486  (123118-123216)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     12 CATTCCAGAGCCTAAGCCTGGAGACCTGATTGAGATTTTTCGCCCTTTCT
        || -||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 CAG CCAGAGCCTAAGCCTGGAGACCTGATTGAGATTTTTCGCCCTTTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     62 ACAGACACTGGGCCATCTATGTTGGCGATGGATATGTGGTTCATCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100047 ACAGACACTGGGCCATCTATGTTGGCGATGGATATGTGGTTCATCTGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    112 CCTCCAA         GTGAGGTCGCAGGAGCTGGTGCAGCCAGTGTCAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100097 CCTCCAAGTA...CAGGTGAGGTCGCAGGAGCTGGTGCAGCCAGTGTCAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    153 GTCCGCCCTGACTGACAAGGCCATCGTGAAGAAGGAATTGCTGTATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107830 GTCCGCCCTGACTGACAAGGCCATCGTGAAGAAGGAATTGCTGTATGATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    203 TGGCCGGGAGTGACAAGTACCAGGTCAACAACAAACATGATGACAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107880 TGGCCGGGAGTGACAAGTACCAGGTCAACAACAAACATGATGACAAGTAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    253 TCGCCGCTGCCCTGCAGCAAAATCATCCAGCGGGCGGAGGAGCTGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107930 TCGCCGCTGCCCTGCAGCAAAATCATCCAGCGGGCGGAGGAGCTGGTGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    303 GCAGGAGGTGCTCTACAAGCTGACCAGTGAGAACTGCGAGCACTTTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107980 GCAGGAGGTGCTCTACAAGCTGACCAGTGAGAACTGCGAGCACTTTGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    353 ATGAGCTGCGCTATGGAGTCGCCCGCAGTGACCAG         GTCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 108030 ATGAGCTGCGCTATGGAGTCGCCCGCAGTGACCAGGTG...CAGGTCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    394 GATGTCATCATCGCTGCAAGCGTTGCAGGAATGGGCTTGGCAGCCATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123124 GATGTCATCATCGCTGCAAGCGTTGCAGGAATGGGCTTGGCAGCCATGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :
    444 CCTTATTGGAGTCATGTTCTCAAGAAACAAGCGACAAAAGCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123174 CCTTATTGGAGTCATGTTCTCAAGAAACAAGCGACAAAAGCAA