seq1 = pF1KE0995.tfa, 1944 bp
seq2 = pF1KE0995/gi568815595r_36615331.tfa (gi568815595r:36615331_36838659), 223329 bp

>pF1KE0995 1944
>gi568815595r:36615331_36838659 (Chr3)

(complement)

1-1452  (100001-101452)   99% ->
1453-1585  (117001-117133)   100% ->
1586-1753  (120483-120650)   100% ->
1754-1944  (123139-123329)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCAAAGAACCACTGACACTGAAGAGCATTCAGGTGGCTGTAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCAAAGAACCACTGACACTGAAGAGCATTCAGGTGGCTGTAGAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTGTACCCCAACAAAGCCCGGGCCCTGACACTGGCCCAGCACAGCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACTGTACCCCAACAAAGCCCGGGCCCTGACACTGGCCCAGCACAGCCGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCCTTCTCCAAGGCTGAGGAGCAGGCTGTTTAGCAAGGCTCTGAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCCTTCTCCAAGGCTGAGGAGCAGGCTGTTTAGCAAGGCTCTGAAAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACCACCGCTGTGGGGAGACCGAGACCCCCAAGAGCTGCAGCGAAGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACCACCGCTGTGGGGAGACCGAGACCCCCAAGAGCTGCAGCGAAGTTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGGATGCAAGGCAGCCATGAGGCACCAGGGGAAGATCCCCGAGGAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGGATGCAAGGCAGCCATGAGGCACCAGGGGAAGATCCCCGAGGAGCTTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CACTAGATGACAGAGCGAGGACCCAGAAGAAGTGGGGGAGGGGGAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CACTAGATGACAGAGCGAGGACCCAGAAGAAGTGGGGGAGGGGGAAATGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGCCAGAACCCAGTAGCAAGCCCCCCAGGGAAGCCACTCTGGAAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAGCCAGAACCCAGTAGCAAGCCCCCCAGGGAAGCCACTCTGGAAGAGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCACGCAAGGGGAGAGAAGCATCTTGGGGTGGAGATTGAAAAGACCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCACGCAAGGGGAGAGAAGCATCTTGGGGTGGAGATTGAAAAGACCTCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GTGAAATTATCAGATGCGAGAAGTGCAAGAGAGAGAGGGAGCTTCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100401 GTGAAATTATCAGATGCGAGAAGTGCAAGAGAGAGAGGGAGCTCCAGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGCCTGGAGCGTGAGAGGCTTTCTCTGGGGACCAGTGAGCTGGATATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGCCTGGAGCGTGAGAGGCTTTCTCTGGGGACCAGTGAGCTGGATATGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GAAGGGCCCAATGTATGATGTGGAGAAGCTGGTGAGGACCAGAAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GAAGGGCCCAATGTATGATGTGGAGAAGCTGGTGAGGACCAGAAGCTGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GGAGGTCTCCCGAGGCAAATCCTGCAAGTGGGGAGGAAGGGTGGAAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GGAGGTCTCCCGAGGCAAATCCTGCAAGTGGGGAGGAAGGGTGGAAGGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GACAGCCACAGGAGCAGCCCCAGGAATCCCACTCAAGAGCTGAGGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GACAGCCACAGGAGCAGCCCCAGGAATCCCACTCAAGAGCTGAGGAGACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CAGCAAGAGCATGGACAAGAAAGAGGACAGAGGCCCAGAGGATCAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CAGCAAGAGCATGGACAAGAAAGAGGACAGAGGCCCAGAGGATCAAGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCCATGCTCAGGGAGCAGCCAAGGCCAAGAAGGACCTTGTGGAAGTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCCATGCTCAGGGAGCAGCCAAGGCCAAGAAGGACCTTGTGGAAGTTCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCTGTCACAGAGGAGGGGCTGAGGGAGGTGAAGAAGGACACCAGGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCTGTCACAGAGGAGGGGCTGAGGGAGGTGAAGAAGGACACCAGGCCCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GAGCAGGAGCAAACATGGTGGCTGGCTCCTGAGAGAGCACCAGGCGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GAGCAGGAGCAAACATGGTGGCTGGCTCCTGAGAGAGCACCAGGCGGGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTGAGAAGCTCCGCAGGACCCGAGGAGAAGAGAAGGAGGCAGAGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TTGAGAAGCTCCGCAGGACCCGAGGAGAAGAGAAGGAGGCAGAGAAGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AAAAAGCCATGTATGTCTGGAGGCAGAAGGATGACTCTCAGAGATGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AAAAAGCCATGTATGTCTGGAGGCAGAAGGATGACTCTCAGAGATGACCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 ACCTGCAAAGCTAGAAAAGGAGCCCAAGACGAGGCCAGAAGAGAACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 ACCTGCAAAGCTAGAAAAGGAGCCCAAGACGAGGCCAGAAGAGAACAAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CAGAGCGGCCCAGCGGTCGGAAGCCACGGCCCATGGGCATCATTGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CAGAGCGGCCCAGCGGTCGGAAGCCACGGCCCATGGGCATCATTGCCGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AATGTGGAAAAGCATTATGAGACTGGCCGGGTCATTGGGGATGGGAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AATGTGGAAAAGCATTATGAGACTGGCCGGGTCATTGGGGATGGGAACTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TGCTGTCGTGAAGGAGTGTAGGCACCGCGAGACCAGGCAGGCCTATGCGA
        |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
 101101 TGCTGTCGTGAAGGAGTGCAGACACCGCGAGACCAGGCAGGCCTATGCGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TGAAGATCATTGACAAGTCCAGACTCAAGGGCAAGGAGGACATGGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TGAAGATCATTGACAAGTCCAGACTCAAGGGCAAGGAGGACATGGTGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 AGTGAGATCTTGATCATCCAGAGCCTCTCTCACCCCAACATCGTGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 AGTGAGATCTTGATCATCCAGAGCCTCTCTCACCCCAACATCGTGAAATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GCATGAAGTCTACGAAACAGACATGGAAATCTACCTGATCCTGGAGTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GCATGAAGTCTACGAAACAGACATGGAAATCTACCTGATCCTGGAGTACG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 TGCAGGGAGGAGACCTTTTTGACGCCATCATAGAAAGTGTGAAGTTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 TGCAGGGAGGAGACCTTTTTGACGCCATCATAGAAAGTGTGAAGTTCCCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GAGCCCGATGCTGCCCTCATGATCATGGACTTATGCAAAGCCCTCGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GAGCCCGATGCTGCCCTCATGATCATGGACTTATGCAAAGCCCTCGTCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CATGCACGACAAGAGCATTGTCCACCGGGACCTCAAGCCGGAAAACCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 CATGCACGACAAGAGCATTGTCCACCGGGACCTCAAGCCGGAAAACCTTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 TG         GTTCAGCGAAATGAGGACAAATCTACTACCTTGAAATTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 TGGTA...CAGGTTCAGCGAAATGAGGACAAATCTACTACCTTGAAATTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 GCTGATTTTGGACTTGCAAAGCATGTGGTGAGACCTATATTTACTGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117040 GCTGATTTTGGACTTGCAAAGCATGTGGTGAGACCTATATTTACTGTGTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 TGGGACCCCAACTTACGTAGCTCCCGAAATTCTTTCTGAGAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 117090 TGGGACCCCAACTTACGTAGCTCCCGAAATTCTTTCTGAGAAAGGTA...

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1586    GTTATGGACTGGAGGTGGACATGTGGGCTGCTGGCGTGATCCTCTAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120480 CAGGTTATGGACTGGAGGTGGACATGTGGGCTGCTGGCGTGATCCTCTAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 ATCCTGCTGTGTGGCTTTCCCCCATTCCGCAGCCCTGAGAGGGACCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120530 ATCCTGCTGTGTGGCTTTCCCCCATTCCGCAGCCCTGAGAGGGACCAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 CGAGCTCTTTAACATCATCCAGCTGGGCCACTTTGAGTTCCTCCCCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120580 CGAGCTCTTTAACATCATCCAGCTGGGCCACTTTGAGTTCCTCCCCCCTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 ACTGGGACAATATCTCTGATG         CTGCTAAAGATCTGGTGAGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 120630 ACTGGGACAATATCTCTGATGGTG...CAGCTGCTAAAGATCTGGTGAGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 CGGTTGCTGGTGGTAGACCCCAAAAAGCGCTACACAGCTCATCAGGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123159 CGGTTGCTGGTGGTAGACCCCAAAAAGCGCTACACAGCTCATCAGGTTCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1824 TCAGCACCCCTGGATCGAAACAGCTGGCAAGACCAATACAGTGAAACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123209 TCAGCACCCCTGGATCGAAACAGCTGGCAAGACCAATACAGTGAAACGAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1874 AGAAGCAGGTGTCCCCCAGCAGCGAGGGTCACTTCCGGAGCCAGCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123259 AGAAGCAGGTGTCCCCCAGCAGCGAGGGTCACTTCCGGAGCCAGCACAAG

   1950     .    :    .    :
   1924 AGGGTTGTGGAGCAGGTATCA
        |||||||||||||||||||||
 123309 AGGGTTGTGGAGCAGGTATCA