seq1 = pF1KE0979.tfa, 1722 bp
seq2 = pF1KE0979/gi568815597f_91401717.tfa (gi568815597f:91401717_91624432), 222716 bp

>pF1KE0979 1722
>gi568815597f:91401717_91624432 (Chr1)

1-115  (100001-100115)   100% ->
116-199  (106138-106221)   100% ->
200-335  (106546-106681)   100% ->
336-429  (109881-109974)   100% ->
430-572  (110065-110207)   100% ->
573-822  (111342-111591)   100% ->
823-918  (112232-112327)   100% ->
919-1097  (113103-113281)   100% ->
1098-1180  (114078-114160)   100% ->
1181-1330  (118414-118563)   100% ->
1331-1722  (122325-122716)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCGTCTTTGGGGATTCAGATGGATGAGCCAATGGCTTTTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGCGTCTTTGGGGATTCAGATGGATGAGCCAATGGCTTTTTCTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGCGTGACCGGTTTCAGGCTGAAGGCTCTTTAAAAAAAAACGAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGCGTGACCGGTTTCAGGCTGAAGGCTCTTTAAAAAAAAACGAGCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATTTTAAACTTGCAG         GTGTTAAAAAAGATATTGAGAAGCTT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATTTTAAACTTGCAGGTA...AAGGTGTTAAAAAAGATATTGAGAAGCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TATGAAGCTGTACCACAGCTTAGTAATGTGTTTAAGATTGAGGACAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106164 TATGAAGCTGTACCACAGCTTAGTAATGTGTTTAAGATTGAGGACAAAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGAGAAG         GCACTTTCAGCTCTGTTTATTTGGCCACAGCAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 106214 TGGAGAAGGTA...CAGGCACTTTCAGCTCTGTTTATTTGGCCACAGCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGTTACAAGTAGGACCTGAAGAGAAAATTGCTCTAAAACACTTGATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106579 AGTTACAAGTAGGACCTGAAGAGAAAATTGCTCTAAAACACTTGATTCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACAAGTCATCCTATAAGAATTGCAGCTGAACTTCAGTGCCTAACAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106629 ACAAGTCATCCTATAAGAATTGCAGCTGAACTTCAGTGCCTAACAGTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGG         GGGGCAAGATAATGTCATGGGAGTTAAATACTGCTTTA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106679 TGGGTA...TAGGGGGCAAGATAATGTCATGGGAGTTAAATACTGCTTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGAAGAATGATCATGTAGTTATTGCTATGCCATATCTGGAGCATGAGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109919 GGAAGAATGATCATGTAGTTATTGCTATGCCATATCTGGAGCATGAGTCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTTTTG         GACATTCTGAATTCTCTTTCCTTTCAAGAAGTACG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109969 TTTTTGGTA...TAGGACATTCTGAATTCTCTTTCCTTTCAAGAAGTACG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGAATATATGCTTAATCTGTTCAAAGCTTTGAAACGCATTCATCAGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110100 GGAATATATGCTTAATCTGTTCAAAGCTTTGAAACGCATTCATCAGTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTATTGTTCACCGTGATGTTAAGCCCAGCAATTTTTTATATAATAGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110150 GTATTGTTCACCGTGATGTTAAGCCCAGCAATTTTTTATATAATAGGCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGAAAAA         GTATGCCTTGGTAGACTTTGGTTTGGCCCAAGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 110200 CTGAAAAAGTA...TAGGTATGCCTTGGTAGACTTTGGTTTGGCCCAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AACCCATGATACGAAAATAGAGCTTCTTAAATTTGTCCAGTCTGAAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111375 AACCCATGATACGAAAATAGAGCTTCTTAAATTTGTCCAGTCTGAAGCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGCAGGAAAGGTGTTCACAAAACAAATCCCACATAATCACAGGAAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111425 AGCAGGAAAGGTGTTCACAAAACAAATCCCACATAATCACAGGAAACAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATTCCACTGAGTGGCCCAGTACCTAAGGAGCTGGATCAGCAGTCCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111475 ATTCCACTGAGTGGCCCAGTACCTAAGGAGCTGGATCAGCAGTCCACCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AAAAGCTTCTGTTAAAAGACCCTACACAAATGCACAAATTCAGATTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111525 AAAAGCTTCTGTTAAAAGACCCTACACAAATGCACAAATTCAGATTAAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAGGAAAAGACGGAAAG         GAGGGATCTGTAGGCCTTTCTGTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 111575 AAGGAAAAGACGGAAAGGTT...TAGGAGGGATCTGTAGGCCTTTCTGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CAGCGCTCTGTTTTTGGAGAAAGAAATTTCAATATACACAGCTCCATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112256 CAGCGCTCTGTTTTTGGAGAAAGAAATTTCAATATACACAGCTCCATTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ACATGAGAGCCCTGCAGTGAAA         CTCATGAAGCAGTCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 112306 ACATGAGAGCCCTGCAGTGAAAGTA...CAGCTCATGAAGCAGTCAAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTGTGGATGTACTGTCTAGAAAGTTAGCAACAAAAAAGAAGGCTATTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113122 CTGTGGATGTACTGTCTAGAAAGTTAGCAACAAAAAAGAAGGCTATTTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACAAAAGTTATGAATAGTGCTGTGATGAGGAAAACTGCCAGTTCTTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113172 ACAAAAGTTATGAATAGTGCTGTGATGAGGAAAACTGCCAGTTCTTGCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGCTAGCCTGACCTGTGACTGCTATGCAACAGATAAAGTTTGTAGTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113222 AGCTAGCCTGACCTGTGACTGCTATGCAACAGATAAAGTTTGTAGTATTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GCCTTTCAAG         GCGTCAGCAGGTTGCCCCTAGGGCAGGTACA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 113272 GCCTTTCAAGGTA...AAGGCGTCAGCAGGTTGCCCCTAGGGCAGGTACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CCAGGATTCAGAGCACCAGAGGTCTTGACAAAGTGCCCCAATCAAACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114109 CCAGGATTCAGAGCACCAGAGGTCTTGACAAAGTGCCCCAATCAAACTAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AG         CAATTGACATGTGGTCTGCAGGTGTCATATTTCTTTCTT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114159 AGGTA...CAGCAATTGACATGTGGTCTGCAGGTGTCATATTTCTTTCTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TGCTTAGTGGACGATATCCATTTTATAAAGCAAGTGATGATTTAACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118453 TGCTTAGTGGACGATATCCATTTTATAAAGCAAGTGATGATTTAACTGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TTGGCCCAAATTATGACAATTAGGGGATCCAGAGAAACTATCCAAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118503 TTGGCCCAAATTATGACAATTAGGGGATCCAGAGAAACTATCCAAGCTGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TAAAACTTTTG         GGAAATCAATATTATGTAGCAAAGAAGTTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 118553 TAAAACTTTTGGTA...TAGGGAAATCAATATTATGTAGCAAAGAAGTTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CAGCACAAGACTTGAGAAAACTCTGTGAGAGACTCAGGGGTATGGATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122355 CAGCACAAGACTTGAGAAAACTCTGTGAGAGACTCAGGGGTATGGATTCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 AGCACTCCCAAGTTAACAAGTGATATACAAGGGCATGCTTCTCATCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122405 AGCACTCCCAAGTTAACAAGTGATATACAAGGGCATGCTTCTCATCAACC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 AGCTATTTCAGAGAAGACTGACCATAAAGCTTCTTGCCTCGTTCAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122455 AGCTATTTCAGAGAAGACTGACCATAAAGCTTCTTGCCTCGTTCAAACAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CTCCAGGACAATACTCAGGGAATTCATTTAAAAAGGGGGATAGTAATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122505 CTCCAGGACAATACTCAGGGAATTCATTTAAAAAGGGGGATAGTAATAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 TGTGAGCATTGTTTTGATGAGTATAATACCAATTTAGAAGGCTGGAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122555 TGTGAGCATTGTTTTGATGAGTATAATACCAATTTAGAAGGCTGGAATGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 GGTACCTGATGAAGCTTATGACCTGCTTGATAAACTTCTAGATCTAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122605 GGTACCTGATGAAGCTTATGACCTGCTTGATAAACTTCTAGATCTAAATC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 CAGCTTCAAGAATAACAGCAGAAGAAGCTTTGTTGCATCCATTTTTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122655 CAGCTTCAAGAATAACAGCAGAAGAAGCTTTGTTGCATCCATTTTTTAAA

   1800     .    :
   1711 GATATGAGCTTG
        ||||||||||||
 122705 GATATGAGCTTG